税務調査のセカンドオピニオン｜顧問税理士がいても相談する場面を元国税調査官が解説

著者：市田佳祐（元大阪国税局 国税OB税理士）

「調査官の指摘に、顧問税理士が言い返してくれない」
「重加算税と言われたが、本当にそうなのか納得できない」
「修正申告書を提出する前に、誰か別の専門家の意見を聞きたい」

税務調査のセカンドオピニオンとは、調査対応の途中や調査結果の説明を受けた段階で、顧問税理士とは別の税理士に第三者としての意見を求めることです。医療の世界で手術の前に別の医師の意見を聞くのと同じで、顧問を替える話ではありません。調査というスポットの局面に限って、指摘内容の妥当性や対応方針を別の目で点検してもらう使い方です。

この記事では、大阪国税局の資料調査課で調査事務に従事していた税理士が、セカンドオピニオンが結果を左右しやすい場面、検討する中身、そして依頼するタイミングとして修正申告書の提出前がなぜ重要なのかを解説します。

結論：セカンドオピニオンの価値が最も大きいのは「修正申告書を提出する前」。提出後は争う手段が限られる

先に結論をお伝えします。修正申告書を提出すると、自ら確定させた本税額については、原則として不服申立て（再調査の請求・審査請求）をすることができなくなります（減額を求めるには更正の請求によることになります）。一方、その後に行われる重加算税等の賦課決定は別個の処分であり、賦課決定自体には不服申立てができます。つまり重要なのは、提出前に本税の争点と加算税の争点を分けて検討することです。本税について修正申告に応じるか、更正処分を受けて争うかを比較できるのは、提出前という最も選択肢の多い段階です。重加算税の示唆、金額への疑問、顧問税理士の対応への不安。いずれかに心当たりがあるなら、提出前に第三者の意見を聞く価値があります。

1. 税務調査のセカンドオピニオンとは：顧問契約とは別のスポット相談

セカンドオピニオンは、顧問契約の切り替えとは別のものです。日常の記帳や申告は引き続き顧問税理士に任せたまま、税務調査という個別の局面についてだけ、別の税理士に意見を求めます。相談の形は、指摘事項と資料を見てもらって意見をもらう単発の相談から、調査への立会いや税務署との折衝まで含む依頼まで幅があります。税理士は複数人が税務代理人となることも制度上可能なため、顧問税理士と調査対応の税理士が並行して関与する形も取れます。

前提として押さえておきたいのは、税理士にも得意分野があるということです。記帳・申告・節税の設計が得意な税理士と、調査の現場での事実認定や交渉に慣れた税理士は、同じ資格でも経験がまったく異なります。顧問税理士の能力の問題ではなく、局面によって求められる経験が違う。セカンドオピニオンはその差を埋めるための仕組みです。

2. 元調査官から見て、税理士の対応で着地が変わっていた場面

私が資料調査課（国税局で大口事案・悪質事案を担当する部署。通称「料調」）で調査事務に従事していた経験から言えば、同じような指摘事項でも、納税者側の税理士の対応によって議論の深まり方が違うというのが実際でした。特に差が出ていたのは次の3つの場面です。

第1に、事実関係の整理です。調査官の指摘に対して、契約書・帳簿・入出金の流れを時系列で整理し、「この取引はこういう事実関係だから、この処理になる」と事実で反論する税理士との議論は、争点が絞られ、指摘が撤回されたり金額が見直されたりする余地がありました。感情的な抗弁や、根拠を示さない「おかしい」の繰り返しでは、議論は動きません。第2に、重加算税の要件への理解です。重加算税は、課税標準等の計算の基礎となる事実を隠蔽・仮装し、それに基づいて申告した場合等に課されます。単なる計上漏れや解釈の誤りだけで、直ちに重加算税となるものではありません。この区別を理解して事実を主張する税理士がいる事案と、示唆されるまま受け入れる事案とでは、加算税の結論が変わることがありました。第3に、質問応答記録書への向き合い方です。調査での説明内容は、事案に応じて質問応答記録書として書面化され、重加算税の判断等に用いられることがあります。記載内容が事実と乖離していないかを確認せずに署名・押印してしまうと、後から覆すのは容易ではありません。

裏を返せば、この3つは、いま関与している税理士の対応を点検する視点でもあります。私が共著した『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）でも、この書面への対応が調査の結果に与える影響を整理しています。

3. セカンドオピニオンが有効な5つの場面

次のいずれかに当てはまるなら、第三者の意見を聞く意味は大きいと考えられます。

（1）重加算税を示唆された。加算税の中でも重い負担で、一定の再発要件を満たす場合にはさらに加重されることがあります。これとは別に、偽りその他不正の行為により税を免れた場合等には、更正・決定等ができる期間が通常の5年ではなく7年となることがあります（税務調査は何年分さかのぼる?）。「隠蔽・仮装」に当たる事実が本当にあるのかは、検討する価値があります。（2）指摘された金額に納得できない。推計の前提や経費否認の範囲など、金額の根拠は説明を求め、検証できるものです。（3）顧問税理士が調査対応に不慣れ、または立会いや折衝に消極的。（4）そもそも税理士がおらず、無申告や自力対応の状態で調査の連絡が来た。この場合はセカンドではなく最初の意見になりますが、判断の構図は同じです。（5）質問応答記録書への署名・押印を求められて迷っている。署名の前に内容を確認する時間を取ることは可能です。

4. セカンドオピニオンでは何を検討するのか

相談を受けた税理士が検討するのは、主に4点です。第1に、指摘の法的な根拠。その処理が本当に誤りなのか、通達や裁決例に照らして争える論点なのか。第2に、金額の妥当性。対象年分の範囲、推計の前提、経費否認の線引きが適切か。第3に、加算税の区分。重加算税とされている部分に「隠蔽・仮装」の事実があるといえるのか、過少申告加算税にとどまる話ではないのか。第4に、その先の選択肢。修正申告に応じる場合と、応じずに更正処分を受けて不服申立てで争う場合の、負担・時間・見通しの比較です。すべてを争うのではなく、「ここは受け入れ、ここは主張する」という線を引くための材料を揃えるのが、セカンドオピニオンの実務です。

5. タイミングが重要：修正申告書の提出前に相談する

実地調査の終盤には、法律で定められた手続があります。調査の結果、更正決定等をすべきと認められる場合、調査官は指摘の内容（金額と理由を含む）を納税者に説明し、修正申告や期限後申告を勧奨することができます。このとき調査官は、「修正申告をした場合には不服申立てをすることはできないが、更正の請求をすることはできる」旨を説明し、その旨を記載した書面を交付しなければならないとされています（国税通則法第74条の11）。

この教示が意味するのは、修正申告書を提出すると、その修正申告によって自ら申告した税額について、後から再調査の請求や審査請求をすることはできない、ということです。減額を求めるには更正の請求（原則、法定申告期限から5年以内。理由の記載と事実を証明する書類の提出が必要です）によることになります（請求が認められず更正をすべき理由がない旨の通知を受けた場合、その通知処分には不服申立てができます）。ただし、その後に行われる重加算税等の賦課決定は別個の処分であり、賦課決定自体に不服がある場合は不服申立てができます。また、修正申告に応じず更正処分を受ければ、処分の通知を受けた日の翌日から3か月以内に不服申立てができます。修正申告書を提出する前は、本税について修正申告に応じるか、更正処分を受けて争うかを比較できる、最も選択肢の多い段階です。調査結果の説明を受けたら、その場で即答せず、検討の時間を取ってから回答することをおすすめします。

6. 顧問税理士との関係は壊れないか

セカンドオピニオンをためらう理由で最も多いのが、顧問税理士への気まずさです。ここは考え方を整理してください。第1に、納税者が別の専門家に相談することは自由であり、追徴税額を最終的に負担するのは納税者自身です。第2に、顧問を替える話ではなく、調査対応の専門性を補う趣旨の相談だと説明することで、理解を得られる場合があります。医療のセカンドオピニオンが定着したのと同じ構図です。第3に、伝え方としては「金額が大きいので、調査対応の経験が多い税理士の意見も聞いてみたい」と事実ベースで伝えるのが摩擦の少ない形です。黙って進めるより、顧問税理士に資料の共有を協力してもらう方が、検討の精度も上がります。

7. 相談時に用意する資料

セカンドオピニオンの精度は、資料で決まります。（1）調査官から受けた指摘事項のメモ（税目・年分・金額・理由。調査結果の説明を受けた段階なら、その内容）、（2）対象年分の申告書・決算書一式、（3）指摘に関係する契約書・請求書・通帳などの原資料、（4）質問応答記録書について交付または開示を受けた写しがあればその写し（なければ質問・回答の内容や署名を求められた経過のメモ）、（5）顧問税理士とのやり取りの経過。これらが揃っていれば、初回相談でも論点の当たりは付けられます。逆に「なんとなく不安」という状態でも、調査のどの段階にいるかが分かれば、次に何を確認すべきかの整理はできます。なお、事前通知のない調査が入った直後で情報が混乱している場合は、まず状況の整理から始めます（無予告調査とは何か）。

8. 費用の考え方と、相談先を選ぶ視点

セカンドオピニオンは、顧問料とは別のスポット相談として有料で受ける税理士事務所が一般的です。費用を判断するときは、相談料の額そのものではなく、検討対象になっている追徴税額・加算税と比べてください。重加算税か過少申告加算税かの区分が変わるだけでも、負担額は大きく動きます。相談先を選ぶ視点としては、税務調査の対応経験（特に争点になっている税目・論点での経験）、調査手続や加算税の要件への理解、そして「争う・受け入れる」の線引きを冷静に示してくれるかどうかです。なお、調査が来る前の段階で申告内容に不安がある場合は、税務署から文書で確認を求められる段階もあります（税務署から「お尋ね」が届いたら）。早い段階の相談ほど、選択肢は多く残っています。

よくある質問

Q1. セカンドオピニオンを頼むと、顧問税理士を替えないといけませんか?

A. いいえ。顧問契約はそのままで、税務調査という個別の局面についてだけ別の税理士の意見を聞く形が一般的です。税務代理は複数の税理士が並行して行うことも制度上可能で、顧問税理士と協力しながら進めることもできます。

Q2. 修正申告書を出した後でも、セカンドオピニオンの意味はありますか?

A. 意味が残る場合はあります。修正申告後、その修正申告そのものについては不服申立てができませんが、更正の請求（原則、法定申告期限から5年以内）で誤りを主張できる可能性があり、その後の重加算税等の賦課決定は別個の処分として不服申立ての対象になります。ただし選択肢は提出前より狭まるため、迷っている段階で相談する方が有利です。

Q3. 調査の途中でも相談できますか? 調査が終わってからの方がよいですか?

A. 途中の方が選択肢は多く残っています。特に、質問応答記録書への署名・押印を求められた段階や、調査結果の説明を受けた段階は、その後の結論に直結するタイミングです。署名や修正申告書の提出は、内容を検討してから行っても遅くありません。

Q4. 重加算税と言われたら、もう覆らないのでしょうか?

A. そうとは限りません。重加算税は、課税標準等の計算の基礎となる事実を隠蔽・仮装し、それに基づいて申告した場合等に課されます。単なる計上漏れや見解の相違だけで直ちに適用されるものではありません。どの事実が隠蔽・仮装に当たるとされているのかを確認し、当てはまらない事情があれば賦課の前に主張する余地がありますし、賦課決定が行われた後も、その処分自体に不服申立てをすることができます。

Q5. セカンドオピニオンの相談で、何を持っていけばよいですか?

A. 指摘事項のメモ（税目・年分・金額・理由）、対象年分の申告書・決算書、指摘に関係する契約書や通帳などの原資料、質問応答記録書が作成されていればその記載内容が分かるものです。揃っていなくても、調査のどの段階にいるかが分かれば初回の整理は可能です。

Q6. 顧問税理士に知られずに相談することはできますか?

A. 相談自体は可能で、税理士には守秘義務があります。ただし、資料の共有や事実関係の確認では顧問税理士の協力があった方が検討の精度は上がるため、可能であれば「調査対応の経験が多い税理士の意見も聞きたい」と伝えたうえで進めることをおすすめします。

まとめ：提出する前の一度の相談が、結論を変えることがある

税務調査のセカンドオピニオンは、顧問税理士を疑うためのものではなく、追徴税額という自分自身の負担について、判断材料を揃えるための仕組みです。重加算税の示唆、金額への疑問、対応への不安。心当たりがあるなら、修正申告書を提出する前が、第三者の意見を取り入れながら本税と加算税の争点を分けて検討できる重要な段階です。調査結果の説明を受けても、その場で即答する義務はありません。検討の時間を取り、必要なら第三者の目を入れてから、納得して結論を出してください。

セカンドオピニオンに限らず、大阪で税務調査の連絡が来てお困りの方は、対応の流れや料金をまとめた「大阪の税務調査に強い国税OB税理士」のページもあわせてご覧ください。

引用・参考文献

• 国税通則法第74条の11（調査の終了の際の手続：調査結果の内容の説明、修正申告等の勧奨、不服申立てをすることはできないが更正の請求をすることはできる旨の説明・書面交付）
• 国税通則法第23条（更正の請求）、第65条（過少申告加算税）、第68条（重加算税）、第70条（更正・決定の期間制限）
• 国税不服審査制度（再調査の請求・審査請求：処分の通知を受けた日の翌日から3か月以内）、国税庁タックスアンサーNo.7210（「不服申立て」ができる場合、できない場合）
• 国税庁「税務手続について（税務調査手続・権利救済手続）」広報資料
• 税理士法第2条（税理士の業務：税務代理）、第30条（税務代理の権限の明示）、第38条（秘密を守る義務）
• 市田佳祐ほか『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）

この記事を書いた人

市田佳祐（いちだ けいすけ）
税理士。市田税理士事務所代表（大阪市）。平成23年に大阪国税局入局後、令和5年6月まで国税職員として勤務し、同年8月に税理士登録（登録番号151935、近畿税理士会所属）。大阪国税局では資料調査課にて国際課税や富裕層に対する調査事務に従事したほか、総務課、個人課税課において税務行政に関する事務に従事。1級FP技能士。
共著に『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）、『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）に寄稿。

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