適格合併の繰越欠損金引継ぎ｜5年要件・みなし共同事業を元国税調査官が解説

著者：市田佳祐（税理士・元国税調査官）

「赤字の子会社を吸収合併すれば、繰越欠損金を引き継げるのか」

「買収した会社を5年以内に合併すると、欠損金が使えなくなるのか」

「適格合併なのに、繰越欠損金の引継ぎが制限されるのはなぜか」

企業グループの整理やM&A、事業承継を目的として合併を行う際、重要な税務論点となるのが繰越欠損金の取扱いです。

特に注意したいのは、適格合併に該当することと、繰越欠損金を制限なく引き継げることは別問題という点です。

法人税法では、適格合併による未処理欠損金額の引継ぎを認める一方、一定の支配関係にある法人間の合併について、引継ぎや利用を制限する規定を設けています。

私は大阪国税局で個人課税や富裕層に対する調査事務に従事した後、税理士として税務に関する相談や税務調査対応に携わっています。

本記事では、令和8年11月8日時点の制度を前提として、適格合併における繰越欠損金の引継ぎ、支配関係5年継続要件、みなし共同事業要件、合併法人自身の欠損金の利用制限について、具体例を交えて解説します。

結論：適格合併でも繰越欠損金の引継ぎ・利用が制限される場合がある

適格合併が行われた場合、法人税法第57条第2項により、被合併法人の未処理欠損金額は、原則として合併法人に引き継がれます。

しかし、合併法人と被合併法人との間に支配関係がある場合には、同条第3項に基づく引継制限を確認する必要があります。

特に、所定の支配関係5年継続要件と、みなし共同事業要件のいずれも満たさない場合には、被合併法人の欠損金の一部又は全部が引継ぎの対象から除外されることがあります。

さらに、法人税法第57条第4項によって、合併法人自身が保有していた繰越欠損金についても、利用が制限される場合があります。

つまり、適格合併を検討する際には、次の3段階の確認が必要です。

第1章 適格合併と繰越欠損金の基本

（1）繰越欠損金とは何か

法人税法上の繰越欠損金とは、過去の事業年度に生じた税務上の欠損金額のうち、所定の要件を満たすことで、その後の事業年度の所得金額から控除できるものです。

例えば、過去に1,000万円の欠損金が生じ、その後の事業年度に500万円の所得が発生した場合、繰越控除の要件を満たしていれば、その所得から欠損金を控除することができます。

ただし、実際の控除額は、法人の区分や損金算入限度額などによって異なります。

国税庁タックスアンサーNo.5762によれば、平成30年4月1日以後に開始した事業年度に生じた青色申告に係る欠損金額については、原則として10年間の繰越控除が認められています。

平成30年4月1日前に開始した事業年度に生じた欠損金額の繰越期間は9年間です。

また、欠損金が生じた事業年度に青色申告書を提出していること、その後の事業年度について連続して確定申告書を提出していること、必要な帳簿書類を保存していることなども確認する必要があります。

したがって、合併を検討する前に、そもそも引継ぎの対象となり得る税務上の未処理欠損金額がいくら存在するのかを確定させることが重要です。

なお、適格合併によって繰越欠損金を引き継いだとしても、繰越期間が合併時点から新たに10年間となるわけではありません。

法人税法第57条第2項では、被合併法人の未処理欠損金額を、原則として、その欠損金額が生じた事業年度の開始の日が属する合併法人の事業年度に生じた欠損金額とみなします。

ただし、被合併法人の事業年度の開始の日が、合併法人の合併事業年度開始の日以後である場合には、合併法人の合併事業年度の前事業年度に生じた欠損金額とみなされます。

例えば、次のケースを考えます。

この場合、B社の令和8年7月1日開始事業年度の未処理欠損金額は、原則として、A社の令和7年4月1日開始事業年度に生じた欠損金額とみなされます。

つまり、被合併法人の最終事業年度に生じた欠損金額が、合併法人の合併事業年度そのものではなく、その前事業年度に対応する場合があります。

この取扱いは、両法人の決算期が同じ場合にも適用されます。被合併法人の事業年度開始日が、合併法人の合併事業年度開始日と同日又はその後である場合には、合併法人の前事業年度に生じた欠損金額とみなされる点に注意が必要です。

したがって、合併後の繰越控除を検討する際には、両法人の事業年度の対応関係を確認する必要があります。

（2）適格合併では被合併法人の欠損金を引き継ぐのが原則

法人税法第57条第2項は、適格合併が行われた場合、一定の要件の下で、被合併法人の未処理欠損金額を合併法人の欠損金額とみなすことを定めています。

例えば、A社がB社を吸収合併する場合、A社が合併法人、B社が被合併法人です。

B社に税務上の未処理欠損金額が2,000万円あるとき、適格合併であれば、その2,000万円がA社に引き継がれる可能性があります。

一方、非適格合併では、法人税法第57条第2項による未処理欠損金額の引継ぎは認められません。

ここで注意したいのは、適格合併に該当しても、直ちに欠損金2,000万円の全額を引き継ぎ、自由に使用できるわけではないという点です。

次に説明する引継制限や、合併後の繰越控除の要件を確認しなければなりません。

（3）適格合併の共同事業要件とは別の判定が必要

組織再編税制には、適格合併そのものを判定するための共同事業要件があります。

これに対して、繰越欠損金の引継制限を回避するために問題となるのが、一般に「みなし共同事業要件」と呼ばれるものです。

両者は似た名称ですが、根拠規定と判定目的が異なります。

特に、100％子会社を吸収合併する場合、完全支配関係類型の適格合併に該当しても、それだけで欠損金の引継制限がなくなるわけではありません。

第2章 適格合併でも欠損金の引継ぎが制限される理由

（1）法人税法第57条第3項による引継制限

法人税法第57条第3項は、支配関係がある法人間で適格合併が行われた場合の欠損金引継制限を定めています。

一定の要件を満たさない場合に、被合併法人の未処理欠損金額のうち、所定の金額を引継対象から除外する制度です。

この規定が設けられている背景には、欠損金を保有する法人を買収し、その後に合併することで、欠損金を利用した法人税負担の軽減が可能になるという問題があります。

例えば、利益を計上しているA社が、過去に多額の欠損金を生じさせたB社を買収し、直後に吸収合併するケースを考えます。

合併が適格合併となるだけで、B社の過去の欠損金を無条件に引き継げるのであれば、欠損金を利用すること自体を主な目的とする組織再編が行われる余地が生じます。

そこで法人税法は、一定の支配関係の継続や、事業の共同性を確認する仕組みを設けています。

（2）5年要件又はみなし共同事業要件を確認する

法人税法第57条第3項における重要な判定は、原則として次の2つです。

• 所定の期間、合併法人と被合併法人との支配関係が継続しているか。
• 合併が、政令で定める共同で事業を行うための合併に該当するか。

これらは原則として、いずれかを満たすことにより、同項の引継制限を受けないという関係にあります。

したがって、支配関係の継続期間が5年に満たないからといって、それだけで直ちに被合併法人の繰越欠損金をすべて引き継げなくなるわけではありません。

みなし共同事業要件を満たす場合には、同項の引継制限が適用されない余地があります。

また、いずれも満たさない場合でも、引継制限の対象になる欠損金額は、発生時期や内容によって異なります。

（3）合併法人自身の欠損金にも制限がある

法人税法第57条第4項は、合併法人自身の欠損金の利用制限を定めています。

例えば、A社とB社の双方に多額の繰越欠損金がある場合、B社の欠損金を引き継げるかという問題だけでなく、A社が以前から保有していた欠損金を引き続き利用できるかという問題も生じます。

この点を見落とすと、合併によって税負担が軽減されると見込んでいたにもかかわらず、反対に既存の繰越欠損金の利用が制限される可能性があります。

被合併法人からの引継制限と、合併法人自身の利用制限は、必ず分けて判定する必要があります。

第3章 支配関係5年継続要件の判定

（1）合併日から単純に5年間を数えるわけではない

支配関係5年継続要件について、実務上特に注意したいのは、判定の起算日です。

法人税法第57条第3項では、一般的な吸収合併の場合、次の日のうち最も遅い日を基準として、合併法人と被合併法人との支配関係が継続しているかを確認します。

1. 合併法人の合併の日の属する事業年度開始の日の5年前の日
2. 被合併法人の設立の日
3. 合併法人の設立の日

したがって、合併の日そのものから単純に5年を逆算する説明は正確ではありません。

また、合併法人又は被合併法人が比較的新しい法人である場合、設立日から支配関係が継続していることにより、実際の支配関係の継続期間が5年未満でも要件を満たすことがあります。

ただし、設立後5年以内の法人については、法人税法施行令第112条第4項第2号に定める例外にも注意が必要です。

同号では、一定の適格組織再編成や他の法人の残余財産の確定が行われている場合、設立日から支配関係が継続しているという事実だけでは、引継制限を回避できないことがあります。

これは、合併等によって新たに設立された法人や、設立後に他の法人の事業等を承継した法人について、単純に設立日だけを基準として判定できるとは限らないためです。

したがって、設立後5年未満の法人については、設立日、支配関係の発生日に加えて、過去に行われた適格合併、適格分割、適格現物出資その他の組織再編成等の有無を確認する必要があります。

なお、新設合併などについては判定方法に特則があります。本記事では、主に既存の法人が他の法人を吸収合併する場合を想定します。

（2）具体例：令和8年10月1日に合併する場合

A社を合併法人、B社を被合併法人とします。

両社の事業年度は4月1日から翌年3月31日までで、A社が令和8年10月1日にB社を吸収合併するものとします。

この場合、合併法人A社の合併事業年度開始の日は令和8年4月1日です。

したがって、その5年前の日は、令和3年4月1日となります。

ここで、A社が平成28年4月1日に設立され、B社が令和5年7月1日に設立されていた場合を考えます。

仮に、B社が設立された令和5年7月1日から、A社との間に支配関係が継続しているのであれば、支配関係の実際の継続期間が5年未満でも、所定の継続要件を満たすことが考えられます。

この例では、法人税法施行令第112条第4項第2号の除外事由となる組織再編成等は行われていないものとします。

このように、設立後5年を経過していない法人との合併については、設立日だけでなく、過去の組織再編成等の有無も含めて判定する必要があります。

名古屋国税局が平成29年11月7日に回答した文書回答事例でも、合併法人の事業年度開始の日、合併当事法人の設立日、支配関係の継続期間を踏まえた検討が行われています。

（3）支配関係は直接保有だけで判断しない

支配関係とは、単に親会社が子会社株式を直接50％超保有している関係だけを指すものではありません。

法人税法第2条第12号の7の5及び法人税法施行令第4条の2等に基づき、間接保有や同一の者による支配関係も含めて判定します。

例えば、個人株主が複数の法人を支配している場合、法人間で直接株式を保有していなくても、同一の者による支配関係が成立することがあります。

個人株主については、政令上の特殊関係者に該当する親族等を含めた判定が必要になる場合もあります。

また、グループ内で株式を移動した場合でも、移動の前後を通じて法令上の支配関係が継続していれば、株式の直接保有関係が変わったことだけで支配関係が途切れるとは限りません。

ただし、同一の株主グループに属するように見える場合であっても、支配関係の判定は法令上の定義に従って行う必要があります。

第4章 みなし共同事業要件とは何か

（1）支配関係が5年未満でも引継制限を受けない場合がある

法人税法第57条第3項は、支配関係5年継続要件を満たさない場合でも、一定の共同事業に係る要件を満たす適格合併について、欠損金引継制限を適用しないこととしています。

この判定が、いわゆる「みなし共同事業要件」です。

ここで重要なのは、適格合併そのものの共同事業要件と、欠損金引継制限に係るみなし共同事業要件を混同しないことです。

例えば、企業グループ内の100％子会社を吸収合併する場合、適格合併の判定では完全支配関係類型に該当することがあります。

しかし、欠損金の引継制限を検討する場面では、支配関係の継続期間やみなし共同事業要件を別に確認します。

（2）みなし共同事業要件には2つの基本的な判定ルートがある

法人税法施行令第112条第3項に基づくみなし共同事業要件には、基本的に次の2つの判定ルートがあります。

同項では、第1号から第4号までの要件を満たす場合、又は第1号及び第5号の要件を満たす場合が規定されています。

事業規模による判定では、事業関連性があるだけでは足りません。

合併当事法人の事業規模の比較に加えて、支配関係が生じた時から合併直前までの事業の継続や規模の変動も確認します。

一方、特定役員による判定では、事業関連性に加えて、合併前の双方の所定の役員等が、合併後の合併法人の特定役員となる見込みが必要です。

さらに、対象となる特定役員には、最後に支配関係が生じた日前の役員等であったことなどの要件があります。

（3）事業規模5倍と規模継続2倍は別の判定

みなし共同事業要件では、「5倍」と「2倍」という2つの基準が登場します。

この2つは、比較する対象が異なります。

事業規模5倍以内

被合併法人と合併法人の関連する事業について、売上金額、従業者数、資本金の額等、法令上認められる指標により、両社間の事業規模を比較します。

例えば、合併直前において、関連する事業の売上金額がA社3億6,000万円、B社8,000万円であれば、事業規模の割合は4.5倍となります。

事業規模継続2倍以内

こちらは、被合併法人と合併法人それぞれについて、支配関係が生じた時と合併直前の事業規模を比較するものです。

例えば、支配関係が生じた時点のA社の売上金額が3億円、合併直前が3億6,000万円であれば、その割合は1.2倍です。

同様に、B社の売上金額が1億円から8,000万円になっていれば、その規模の割合は1.25倍です。

この例では、売上金額を適切な比較指標として使用できることを前提に、両社間の規模比と、各社の時点間の規模変動の双方が基準内となっています。

ただし、実際の判定では、事業関連性、比較対象となる事業の範囲、使用できる指標、比較期間等を確認する必要があります。

特に重要なのは、5倍判定と2倍判定に使用する指標の対応関係です。

法人税法施行令第112条第3項第3号・第4号では、事業規模継続要件について、第2号の事業規模割合の計算の基礎とした指標を使用する仕組みとなっています。

したがって、例えば5倍判定を従業者数で行ったにもかかわらず、2倍判定では売上金額を使用するというように、指標を任意に変更することはできません。

5倍判定を売上金額で行った場合には、2倍判定でも原則として同じ売上金額の指標を使用します。

また、売上金額を指標とする場合には、比較対象となる事業の範囲や集計期間にも注意が必要です。

例えば、決算期が異なる法人同士を比較する場合、片方は12か月分の売上金額、もう片方は6か月分の売上金額を使用すると、適切な規模比較になりません。

比較する期間の長さをそろえ、客観的に比較可能な数値を用いる必要があります。

なお、支配関係発生後に一定の適格組織再編成等によって事業を承継した場合には、規模継続の判定に用いる時点についても政令上の調整があるため、個別の確認が必要です。

（4）特定役員引継要件は支配関係発生前の役員等であることが重要

事業規模による判定に代えて、特定役員引継要件によってみなし共同事業要件を検討することもできます。

この場合、合併前の被合併法人の特定役員のいずれかと、合併法人の特定役員のいずれかが、それぞれ合併後の合併法人の特定役員となる見込みが必要です。

ただし、合併前の双方の特定役員が合併後も残ることだけでは、この要件を満たすとは限りません。

法人税法施行令第112条第3項第5号では、合併前の特定役員について、原則として最後に支配関係を有することとなった日前に、それぞれの法人の役員又はこれに準ずる者であったことなどの条件が設けられています。

なお、役員に準ずる者については、同条が定める時点において、法人の経営に従事していた者であることが求められます。

具体的には、被合併法人及び合併法人のそれぞれについて、次の事項を確認します。

1. 合併前に、法令上の特定役員に該当していること
2. 原則として、最後に支配関係が生じた日前に、その法人の役員又は所定のこれに準ずる者であったこと
3. 合併後の合併法人の特定役員となることが見込まれていること

なお、この規定は、支配関係が生じた日前から合併直前まで、継続して役員に在任していることを直接要求するものではありません。

したがって、支配関係発生日前の役員等としての該当性と、合併前の特定役員としての該当性を、それぞれ確認する必要があります。

また、支配関係がいずれかの法人の設立によって生じた場合には、その設立日を基準として判定します。

例えば、A社がB社を買収した後、合併直前にB社の取締役として新たに就任させた者を、合併後も特定役員として残すケースを考えます。

その者が支配関係発生前からB社の所定の役員等であった者に該当しなければ、原則として、この特定役員引継要件の対象にはなりません。

また、A社の代表取締役だけが合併後も残り、B社の所定の特定役員が全員退任する場合にも、通常、この要件を満たしません。

したがって、確認すべきなのは、単に合併後の役員名簿ではありません。

最後に支配関係が生じた日、その日前の役員等としての該当性、合併前の特定役員としての該当性、合併後の特定役員就任予定を確認する必要があります。

なお、適格合併そのものの共同事業要件における特定役員引継要件と、欠損金引継制限に係るみなし共同事業要件の特定役員引継要件は、同一の条文で規定されているわけではありません。

特に、支配関係発生前の役員等であることという条件を見落とさないことが重要です。

第5章 被合併法人の欠損金が引き継げない場合

（1）引継制限の対象は欠損金の発生時期によって異なる

支配関係5年継続要件及びみなし共同事業要件のいずれも満たさない場合、法人税法第57条第3項に基づき、被合併法人の未処理欠損金額に制限が生じます。

具体的には、主として次の2つが問題となります。

1. 支配関係事業年度前の各事業年度に生じた欠損金額
2. 支配関係事業年度以後の各事業年度に生じた欠損金額のうち、特定資産譲渡等損失額に相当する部分として政令で定める金額

このように、法令上は欠損金の発生時期と内容によって引継制限の範囲が区分されています。

したがって、「5年要件を満たさなければ、欠損金は全額引き継げない」という説明は正確ではありません。

（2）支配関係事業年度とは何か

支配関係事業年度とは、原則として、被合併法人が合併法人との間に最後に支配関係を有することとなった日の属する事業年度をいいます。

例えば、B社が3月決算であり、令和7年7月1日にA社との間に支配関係が生じた場合を考えます。

この場合、B社の支配関係事業年度は、令和7年4月1日から令和8年3月31日までの事業年度となります。

ここで注意したいのは、支配関係発生日そのものと、支配関係事業年度の開始日を区別することです。

法人税法第57条第3項第1号は、支配関係事業年度「前」の各事業年度に生じた欠損金額を対象としています。

そのため、単純に支配関係が生じた日より前の損失をすべて同号の対象にするわけではありません。

（3）欠損金3,000万円があっても全額失われるとは限らない

例えば、B社に次の未処理欠損金額があるとします。

このうち、支配関係事業年度以後の1,000万円が通常の事業活動による欠損金であり、特定資産譲渡等損失相当額に該当する部分がないと仮定します。

さらに、支配関係5年継続要件及びみなし共同事業要件をいずれも満たさず、ほかの特例も適用されない場合を考えます。

この場合、支配関係事業年度より前の欠損金2,000万円は、原則として引継制限の対象となります。

一方、支配関係事業年度以後の1,000万円については、同じ理由で一律に引継ぎが否定されるわけではありません。

これは制度の基本的な仕組みを示す単純化した例です。実際には、欠損金の発生年度、特定資産譲渡等損失相当額、ほかの組織再編の有無、政令上の特例などを踏まえて計算します。

（4）特定資産譲渡等損失と施行令第113条の特例

特定資産譲渡等損失額に相当する金額については、法人税法第57条第3項第2号及び法人税法施行令の規定に基づく確認が必要です。

例えば、支配関係が生じる前から保有していた含み損のある資産について、支配関係発生後に譲渡等が行われた場合、一定の損失が欠損金引継制限の対象となることがあります。

ただし、すべての資産の譲渡損失が自動的に特定資産譲渡等損失額になるわけではありません。

資産の保有時期、帳簿価額、時価、譲渡等の時期、対象資産の範囲、政令上の除外規定などを確認する必要があります。

また、法人税法施行令第113条には、引継対象外未処理欠損金額の計算に係る特例が設けられています。

この特例では、例えば、被合併法人の支配関係事業年度の前事業年度終了の時における時価純資産価額と簿価純資産価額の関係などを踏まえ、通常の引継制限とは異なる計算が認められる場合があります。

時価純資産価額が簿価純資産価額以上の場合

時価純資産価額が簿価純資産価額を上回る場合には、その超過額と支配関係前未処理欠損金額との関係により、引継対象外となる欠損金額が調整されることがあります。

例えば、所定の時点における時価純資産超過額が、支配関係前未処理欠損金額の合計額以上である場合などには、同条第1項第1号に基づく特例計算が問題となります。

時価純資産価額が簿価純資産価額を下回る場合

また、時価純資産価額が簿価純資産価額を下回る場合で、その差額が所定の特定資産譲渡等損失相当額の合計額に満たないときにも、同条第1項第3号による特例計算が認められる場合があります。

この場合には、簿価純資産超過額と特定資産譲渡等損失相当額との関係に基づき、法令に従って制限対象額を計算します。

したがって、支配関係発生前の欠損金額や特定資産譲渡等損失相当額についても、施行令第113条の適用可能性を確認する必要があります。

ただし、特例を適用するためには、同条第2項に基づき、申告書等への所定の計算明細の添付や、時価純資産価額の算定根拠となる書類等の保存が必要です。

実務上は、資産・負債の時価評価資料や別表七（一）付表三等を確認対象に加えることが考えられます。

なお、同条第3項には、所定の書類の保存がない場合でも、税務署長がやむを得ない事情を認めるときの取扱いが設けられています。ただし、通常の実務では、必要な資料を事前に整備しておくことが重要です。

このように、支配関係5年継続要件とみなし共同事業要件を満たさないという理由だけで、最終的な引継対象額を確定させないことが重要です。

第6章 合併法人が保有する繰越欠損金の利用制限

（1）被合併法人だけでなく合併法人側にも制限がある

法人税法第57条第4項は、適格組織再編成等が行われた場合の合併法人等の繰越欠損金について、一定の利用制限を定めています。

例えば、A社がB社を吸収合併する場合、A社が合併前から保有していた繰越欠損金についても、所定の要件を満たさない場合には利用が制限されることがあります。

この規定は、被合併法人B社から引き継ぐ欠損金を制限する法人税法第57条第3項とは、対象が異なります。

したがって、A社の欠損金とB社の欠損金は、それぞれ別の計算として整理する必要があります。

（2）赤字会社を存続会社にすればよいとは限らない

例えば、A社とB社がいずれも繰越欠損金を保有している場合を考えます。

A社を合併法人とすると、B社の欠損金の引継制限が問題となります。

そこで、B社を合併法人としてA社を吸収する形に変更すれば、欠損金を維持できるのではないかと考えることがあります。

しかし、合併法人を変更しただけで、必ず欠損金の利用制限を回避できるわけではありません。

被合併法人からの引継制限と、合併法人自身の利用制限がそれぞれ存在するためです。

また、合併法人を変更すると、適格合併の判定や株主の課税関係、会社法上の手続、資産・負債の承継などにも影響が生じることがあります。

合併の方向を決める際には、税務だけでなく事業上の合理性も踏まえた検討が必要です。

（3）欠損金を引き継げても一度に全額控除できるとは限らない

繰越欠損金については、引継ぎが認められる金額と、合併後の各事業年度で実際に損金算入できる金額も区別する必要があります。

法人税法第57条第1項は、繰越欠損金の損金算入について限度額を定めています。

一定の中小法人等については、原則として所得金額の全額を限度に控除できる一方、中小法人等以外の法人については、原則として繰越控除前の所得金額の50％を限度とする取扱いがあります。

例えば、繰越欠損金を3,000万円保有する法人に1,000万円の所得が発生した場合でも、法人の区分によって当期の控除限度額は異なります。

したがって、欠損金引継ぎの判定が終わった後も、合併法人の区分、所得金額、欠損金の繰越期限、控除順序などを確認する必要があります。

第7章 具体例で確認する繰越欠損金の引継判定

（1）設立以来100％保有している子会社を吸収合併

A社がB社を設立し、設立時からB社の株式を100％保有しているケースです。

B社の設立日が、合併法人A社の合併事業年度開始の日の5年前の日より後であっても、所定の基準日から支配関係が継続していれば、支配関係5年継続要件を満たすことが考えられます。

そのため、単に「B社の設立から5年が経過していない」という理由だけで、欠損金の引継ぎが否定されるわけではありません。

ただし、法人税法施行令第112条第4項第2号には、一定の適格組織再編成や残余財産の確定が行われていた場合の除外規定があります。

したがって、設立以来100％保有している場合でも、過去の組織再編成等の有無を確認する必要があります。

また、欠損金自体の繰越要件や、ほかの制限規定についても別途確認が必要です。

（2）赤字会社を買収し、翌年に吸収合併

A社が令和7年7月1日にB社の株式を取得し、令和8年10月1日にB社を吸収合併するケースです。

両社は以前から存在しており、株式取得前には法令上の支配関係がなかったものとします。

この場合、所定の支配関係5年継続要件を満たさないことが考えられます。

さらに、みなし共同事業要件も満たさないのであれば、B社の未処理欠損金額について、法人税法第57条第3項の引継制限が問題となります。

特に、B社が買収前の事業年度に生じさせた欠損金額については注意が必要です。

ただし、支配関係事業年度以後の欠損金のうち、制限対象とならない部分は引き継げる余地があります。

（3）共通の個人株主が保有する兄弟会社の合併

個人甲がA社とB社の株式をいずれも100％保有しているケースです。

A社とB社は直接の親子会社ではありませんが、同一の者による完全支配関係が成立していると考えられます。

この場合、適格合併の要件を満たすかを判定したうえで、欠損金の引継制限について、支配関係の継続期間を確認します。

例えば、同一の者による支配関係が、両社の設立時から継続している場合には、その事実が5年継続要件の判定に影響します。

一方、合併直前に株主をそろえただけの場合には、それ以前から支配関係が継続していたかどうかを確認する必要があります。

なお、親族が複数の法人を保有している場合は、特殊関係者を含む支配関係の判定が必要になることがあります。

（4）合併法人と被合併法人の双方に繰越欠損金がある場合

A社に1,500万円、B社に2,500万円の未処理欠損金額があるとします。

A社がB社を吸収合併する場合、単純に両社の繰越欠損金を合計した4,000万円が、そのまま利用できるとは限りません。

まず、B社の2,500万円について法人税法第57条第2項・第3項に基づく引継判定を行います。

次に、A社の1,500万円について、同条第4項に基づく利用制限の有無を確認します。

さらに、引継ぎ又は利用が認められる欠損金額について、繰越期限や所得金額に応じた損金算入限度額を確認します。

このように、両社に繰越欠損金がある場合には、合併前の欠損金の発生事業年度別に判定表を作成することが重要です。

また、引継ぎを受けたB社の欠損金については、法人税法第57条第2項に基づくA社の事業年度への対応関係も確認します。

例えば、B社の最終事業年度の開始日がA社の合併事業年度開始日以後となる場合には、その欠損金をA社の合併事業年度の前事業年度に生じたものとみなす取扱いがあります。

第8章 組織再編成に係る行為計算否認と留意点

（1）形式的に要件を満たせば必ず認められるとは限らない

繰越欠損金の引継制限については、支配関係の継続期間やみなし共同事業要件など、具体的な法令要件が設けられています。

ただし、これらの形式的な要件を満たすことだけを目的として取引を組み合わせる場合には、別の税務上の論点が生じる可能性があります。

例えば、合併の直前に株式を移転したり、役員構成を変更したり、事業規模の比較指標に影響する取引を行ったりするケースです。

このような取引については、各取引の法的・経済的な実態を確認する必要があります。

法人税法第132条の2には、組織再編成に係る行為又は計算の否認規定があります。

もっとも、合併前に株式移転や役員変更を行ったことだけを理由として、直ちに行為計算否認の対象になるわけではありません。

取引の目的、経済合理性、事業上の必要性、取引の経緯などを踏まえた個別判断が必要です。

（2）欠損等法人の繰越控除の不適用も別に確認する

欠損金の利用制限には、法人税法第57条第3項・第4項以外にも関連する規定があります。

その一つが、法人税法第57条の2に規定する、特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の繰越しの不適用です。

これは、一定の欠損金額や評価損資産を有する法人について、新たな特定支配関係が生じた後、所定の期間内に一定の事由に該当する場合に問題となる規定です。

例えば、旧事業の廃止や事業規模を大きく変える取引などが関係します。

同条は、適格合併の欠損金引継制限と同一の制度ではありませんが、赤字会社の買収や事業再編を検討する際には、あわせて確認すべき規定です。

（3）グループ通算制度の適用法人は別途確認が必要

本記事では、主にグループ通算制度を適用していない内国法人間の合併を想定しています。

グループ通算制度を適用する法人については、通算グループ内外の合併、特定欠損金額、通算制度の加入・離脱、時価評価などの問題が生じる場合があります。

そのため、通常の単体法人における欠損金引継ぎの考え方を、そのまま通算法人に当てはめることはできません。

グループ通算制度の適用がある場合には、法人税法第57条の適用関係に加えて、グループ通算制度固有の規定を確認する必要があります。

第9章 合併前に確認する実務チェックリスト

（1）欠損金の金額だけでなく発生年度を確認する

合併前の税務検討では、繰越欠損金の総額だけでなく、発生年度ごとの内訳を確認する必要があります。

具体的には、過去の法人税申告書、別表七（一）、青色申告書の提出状況、帳簿書類の保存状況などを確認します。

また、過去に組織再編が行われている場合、現在の欠損金に他の法人から引き継いだ欠損金が含まれている可能性があります。

その場合は、過去の組織再編時の適格判定や引継制限も確認する必要があります。

なお、合併によって欠損金の繰越期間が新たに10年間に更新されるわけではありません。

引き継いだ欠損金についても、発生事業年度と合併法人の事業年度との対応関係を確認し、残存する繰越期間を管理する必要があります。

特に、被合併法人の事業年度開始日が合併法人の合併事業年度開始日以後となる場合には、法人税法第57条第2項の括弧書きによる取扱いを確認します。

（2）株式取得日と支配関係の変遷を整理する

次に、株主名簿、株式譲渡契約書、資本関係図、法人の設立日などを確認します。

特に重要なのは、合併直前の資本関係だけでなく、いつから法令上の支配関係が継続しているかという点です。

途中で直接保有関係が変わった場合や、株主が親族間で異動した場合には、支配関係が継続しているかを個別に検討する必要があります。

また、設立後5年未満の法人については、過去の適格組織再編成や残余財産の確定が、法人税法施行令第112条第4項第2号の除外事由に該当しないかを確認します。

（3）みなし共同事業要件の根拠資料を保存する

みなし共同事業要件を満たすことを前提として欠損金を引き継ぐ場合には、その判定根拠となる資料を整理します。

例えば、次の資料が考えられます。

• 合併当事法人の事業内容を示す資料
• 関連する事業の売上金額・従業者数・資本金額等
• 支配関係発生時と合併直前の事業規模が分かる資料
• 5倍判定と2倍判定で使用した指標及び集計期間
• 支配関係発生日前の役員等としての該当性を示す資料
• 合併前の特定役員としての該当性と合併後の就任予定
• 合併契約書、取締役会議事録、事業統合計画
• 適格判定と欠損金引継判定を整理した検討資料

特に特定役員引継要件については、支配関係が生じた日前の役員等の該当性を確認できる登記事項証明書、株主総会議事録、役員選任に関する資料等が参考になります。

ただし、役員等の在任については、支配関係発生日から合併直前まで継続していることが法令上の直接の要件ではない点に注意が必要です。

また、施行令第113条の特例を検討する場合には、所定の時点における資産・負債の時価及び帳簿価額を確認できる資料、時価評価の算定根拠等も整理します。

これらは、法令上の要件に該当することを説明するための実務上の資料です。

すべての合併で同一の書類が法令上必要になるという意味ではありません。

ただし、施行令第113条の特例など、法令上、申告書への明細添付や書類保存が適用要件とされているものについては、その要件を満たす必要があります。

（4）申告書では別表七（一）と付表を確認する

国税庁が令和8年4月以降に提供している法人税申告書様式では、欠損金の損金算入等に関する明細書として別表七（一）が設けられています。

また、組織再編に関連する付表として、例えば次のものがあります。

実際に作成が必要となる別表は、合併の内容や適用規定によって異なります。

また、特定資産譲渡等損失額に関する申告書様式として、次の別表もあります。

これらは特定資産譲渡等損失額の損金不算入に関する明細書等であり、組織再編の内容や適用規定によって使用する様式が異なります。

また、施行令第113条の特例を適用する場合には、別表七（一）付表三の計算内容に加えて、資産・負債の評価資料や申告書への添付書類・保存書類の要件を確認する必要があります。

合併契約を締結する前に、適格判定と欠損金引継判定の双方を検討しておくことが重要です。

合併後に欠損金の利用制限が判明すると、当初想定していた税務上の効果が得られない可能性があります。

よくある質問

Q1. 適格合併であれば、被合併法人の繰越欠損金を全額引き継げますか？

必ずしも全額を引き継げるわけではありません。 法人税法第57条第2項による引継ぎが原則ですが、同条第3項に基づく引継制限が適用される場合があります。 支配関係5年継続要件、みなし共同事業要件、欠損金の発生事業年度、特定資産譲渡等損失相当額などを確認する必要があります。

Q2. 子会社を設立してから5年経過しないと欠損金を引き継げませんか？

いいえ。 支配関係5年継続要件では、合併法人の合併事業年度開始の日の5年前の日と、合併法人・被合併法人それぞれの設立日のうち、最も遅い日を基準として判定します。 設立時から支配関係が継続していれば、設立後5年未満でも要件を満たす場合があります。 ただし、一定の適格組織再編成や残余財産の確定が行われている場合には、法人税法施行令第112条第4項第2号の除外規定に注意が必要です。

Q3. 買収後5年以内に合併すると、繰越欠損金はすべて失われますか？

いいえ。 みなし共同事業要件を満たす場合には、法人税法第57条第3項による引継制限を受けないことがあります。 また、同項の制限が適用される場合でも、欠損金の発生年度や内容によって引継ぎが認められる部分が残ることがあります。

Q4. みなし共同事業要件と適格合併の共同事業要件は同じですか？

同じではありません。 適格合併の共同事業要件は、合併そのものの税制適格性を判定するものです。 一方、みなし共同事業要件は、一定の支配関係がある法人間の合併について、繰越欠損金の引継制限等を判定するものです。 特に、みなし共同事業要件における特定役員引継要件では、最後に支配関係が生じた日前の所定の役員等であったことなども確認する必要があります。

Q5. 合併法人自身の繰越欠損金も使えなくなることがありますか？

あります。 法人税法第57条第4項では、一定の適格組織再編成等について、合併法人自身の繰越欠損金の利用制限が定められています。 被合併法人から引き継ぐ欠損金とは別に確認する必要があります。

Q6. 100％の兄弟会社同士の合併でも5年要件を確認しますか？

はい。 同一の者による完全支配関係がある場合でも、欠損金の引継制限に関して支配関係の継続期間を確認する必要があります。 直接の親子会社ではないことだけで、欠損金の引継ぎが認められないというわけではありません。

まとめ：適格合併と繰越欠損金の引継ぎは別々に判定する

適格合併が行われた場合、被合併法人の未処理欠損金額は、原則として合併法人に引き継がれます。

しかし、所定の支配関係5年継続要件とみなし共同事業要件のいずれも満たさない場合には、引継制限が生じることがあります。

また、合併法人自身が保有していた欠損金についても、別途利用制限が設けられています。

特に重要なのは、次の点です。

• 5年要件は合併日から単純に逆算するものではないこと
• 設立日から支配関係が継続していても、一定の組織再編成等が行われている場合には例外があること
• みなし共同事業要件は、適格合併の共同事業要件とは別の判定であること
• みなし共同事業要件の5倍・2倍判定では、使用する事業規模の指標を対応させる必要があること
• 特定役員引継要件では、支配関係発生日前の役員等であること、合併前の特定役員であること、合併後の特定役員となる見込みを確認すること
• 引継制限が適用されても、必ず欠損金の全額が失われるわけではないこと
• 被合併法人と合併法人の双方について欠損金を検討する必要があること
• 被合併法人と合併法人の決算期が異なる場合には、欠損金の発生事業年度の対応関係を確認する必要があること

組織再編を行う際には、合併自体の税制適格性だけでなく、欠損金の発生時期、支配関係の継続、事業活動の実態を総合的に確認することが重要です。

引用・参考文献

• e-Gov法令検索「法人税法」第57条、第57条の2、第62条の7、第132条の2
• e-Gov法令検索「法人税法施行令」第4条の2、第112条、第113条
• e-Gov法令検索「法人税法施行規則」第26条の2の4
• 国税庁「No.5762 青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越控除」
• 名古屋国税局「株主が個人である法人が適格合併を行った場合の未処理欠損金額の引継ぎについて」（平成29年11月7日回答）
• 国税庁「株式の保有関係が変更している場合の青色欠損金額の引継ぎ」
• 国税庁「令和8年4月以降に提供した法人税等各種別表関係」
• 国税庁「No.5930 帳簿書類等の保存期間」

この記事を書いた人

市田佳祐（いちだ けいすけ）

税理士。市田税理士事務所代表（大阪市）。平成23年に大阪国税局入局後、令和5年6月まで国税職員として勤務し、同年8月に税理士登録（登録番号151935、近畿税理士会所属）。

大阪国税局では資料調査課にて国際課税や富裕層に対する調査事務に従事したほか、総務課、個人課税課において税務行政に関する事務に従事。1級FP技能士。

共著に『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）、『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）に寄稿。

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