税務調査で売上除外と指摘されたら？｜売上漏れ・重加算税との違いを元国税調査官が解説

2026年10月12日 2026年10月12日

市田佳祐

著者：市田佳祐（税理士・元国税調査官）

「税務調査で、売上の一部を除外していると言われた」
「申告から売上が漏れていたが、重加算税まで課されるのか不安」
「個人口座への入金や現金売上を、意図的な売上除外と判断されそう」

税務調査で売上の申告漏れが見つかると、「売上漏れ」なのか「売上除外」なのかが大きな争点になることがあります。両者は同じ意味ではありません。売上が申告から漏れているという結果だけで、重加算税の対象となる隠蔽・仮装まで直ちに認定できるわけではないからです。

私は大阪国税局で個人課税や富裕層に対する調査事務に従事した後、税理士として税務調査対応に強みを持っています。この記事では、売上除外と指摘された場合に、単純な売上漏れや計上時期の誤りと何が違うのか、調査官がどの資料を確認するのか、重加算税や修正申告をどう考えるのかを、調査する側の視点も交えて整理します。

Table of Contents

結論：売上が漏れている事実と、隠蔽・仮装があるかは分けて確認する

税務調査で売上除外を指摘された場合、最初に確認すべきなのは「申告売上が正しかったか」と「なぜ売上が漏れたのか」です。売上の集計漏れ、計上時期の誤り、入金口座の集計漏れ、帳簿への意図的な不記載では、税務上の評価が異なります。

「売上除外」は税法上の定義語ではなく、実務上、計上すべき売上げを帳簿や申告から外している場面を表すために使われることがあります。一方、重加算税について国税通則法第68条が問題にするのは、課税標準等や税額等の計算の基礎となる事実を「隠蔽し、又は仮装し」、それに基づいて申告したかどうかです。

したがって、税務署から「売上除外です」と説明されたとしても、対象となる取引、売上計上時期、帳簿への記載状況、入金後の資金移動、調査時の説明などを取引単位で確認します。重加算税を受け入れるかどうかは、売上漏れの金額だけではなく、隠蔽・仮装の根拠まで確認した上で判断する必要があります。

この記事でわかること

売上除外・売上漏れ・計上時期の誤りの違い
調査官が通帳・請求書・決済履歴をどう確認するか
どのような事実が重加算税の論点になり得るか
所得税・法人税・消費税と加算税への影響
売上を復元し、修正申告前に確認する実務上の手順

第1章売上除外・売上漏れ・計上時期の誤りは分けて考える

（1）単純な集計漏れ

売上台帳には記録されていたものの確定申告書への集計時に一部を落とした、複数の決済サービスのうち一つを集計し忘れた、といったケースです。申告額が過少であれば是正は必要ですが、集計漏れという事実だけで、隠蔽・仮装があったと結論付けることはできません。

（2）特定口座や一部の決済手段を集計していないケース

売上の振込先が複数あり、そのうち一つの口座だけ申告に反映されていない場合があります。ここでは、なぜその口座が集計から外れたのか、帳簿には記載されているのか、その口座を事業でどのように使用していたのかを確認します。個人口座に入金されたという理由だけで、直ちに売上除外となるわけではありません。

（3）計上時期を翌年・翌期にずらしているケース

本来は当年分・当期の売上にすべき金額を、翌年分・翌期に計上していることがあります。これは当年分・当期だけを見れば売上の申告漏れですが、翌年分・翌期に売上として計上されているか、どのような基準で計上時期を判断したかによって評価が変わります。

国税庁の重加算税に関する事務運営指針でも、相手方との通謀や帳簿書類の破棄・隠匿・改ざん等によらず、収入の計上を翌年分・翌事業年度へ繰り越している一定の場合は、帳簿書類の隠匿・虚偽記載等に該当しない例として示されています。

（4）帳簿に記載せず、申告から外しているケース

一方、売上が発生していることを認識しながら、その一部を帳簿へ記録せず、申告にも反映していない場合は、重加算税の論点が強くなります。法人税の重加算税に関する事務運営指針では、帳簿書類を作成・記録せずに売上げその他の収入を脱ろうしていることが、隠蔽・仮装に該当する例として示されています。

ただし、実際の事案では「帳簿に載っていない」という結果だけを見るのではなく、記録方法、売上資料の保存状況、入金後の資金の扱い、納税者の説明などを含めて判断する必要があります。

第2章調査官が重点的に確認するポイント

（1）売上帳・総勘定元帳と通帳の入金が一致するか

振込売上がある事業では、売上帳や総勘定元帳と銀行口座への入金を照合します。入金額と売上計上額が一致しない場合には、未収金の回収、複数請求の合算、返金、借入金、資金移動など、差額の理由を確認します。通帳に入金があるというだけで売上とは限らないため、取引内容まで確認することが重要です。

通帳や事業用以外の口座が税務調査でどのように確認されるかは、税務調査で通帳はどこまで見られるかで詳しく解説しています。

（2）請求書・領収書・レジ・POS・予約記録との整合

売上の発生を示す資料は通帳だけではありません。請求書、領収書控え、レジ記録、POSデータ、予約台帳、顧客管理システム、販売サイトや決済サービスの取引履歴などを照合し、帳簿に記載された売上との整合を確認します。

現金による売上がある業種では、入金記録が銀行口座に残らないことがあります。その場合でも、領収書控え、レジ記録、予約件数、商品・材料の動きなど周辺資料から売上の実態を確認できる場合があります。

（3）クレジットカード・QR決済等の入金が漏れていないか

複数の決済サービスを利用している事業では、決済会社ごとの売上総額と入金額を分けて確認します。手数料が差し引かれる場合、入金額だけを売上にすると過少になることがあるため、売上一覧、手数料明細、入金記録を一連で確認します。

（4）取引先側の記録と一致するか

本人の資料だけでは事実が確認できない場合、取引先等への反面調査が行われることがあります。国税庁の案内でも、税務調査上必要がある場合には取引先等に質問や検査等を行うことがあるとされています。売上先の支払記録、請求書控え、契約書などと本人側の売上計上が一致するかが確認されることがあります。

反面調査の位置づけや対応については、反面調査とは？どんなときに行われるか・拒否できるかもあわせてご覧ください。

（5）売上の漏れ方に規則性がないか

私が大阪国税局で調査事務に従事していた経験から言えば、売上漏れが見つかったときは、金額だけでなく「どの売上が漏れているか」を見ることが重要です。例えば、特定の取引先だけ、特定の口座だけ、特定の決済方法だけが継続して帳簿から外れているのか、それとも単発の入力漏れなのかで、事実関係の見え方は変わります。

また、帳簿・請求書・通帳・決済データを時系列に並べると、売上が漏れた原因が単純な集計ミスなのか、特定の取引だけ意図的に帳簿から外したと疑われる状況なのかを整理しやすくなります。

第3章売上の計上時期を間違えただけのケースもある

（1）個人事業では入金日だけで売上年分を決めない

個人事業の事業所得では、その年において収入すべき金額は、原則として年末までに実際に代金を受け取ったかどうかではなく、収入すべき権利が確定した金額で判断します。国税庁も、商品を年内に販売し、代金を翌年に受け取った場合でも、原則として販売した年の収入になる例を示しています。

したがって、12月に提供した商品・サービスの代金が1月に入金された場合に、入金日だけを基準として翌年の売上にしていると、当年分の売上漏れとして指摘されることがあります。ただし、収入すべき時期は取引内容、契約、慣習等によって異なるため、個別の確認が必要です。

（2）法人も取引内容に応じた収益計上時期を確認する

法人税では、資産の販売や役務提供に係る収益は、原則として資産の引渡しや役務提供の日の属する事業年度に益金算入する枠組みがあります。役務提供が一定期間にわたる場合などは別の判定が必要になるため、単純に請求日や入金日だけで判断するものではありません。

（3）消費税も入金日だけで判断しない

消費税でも、原則として資産の引渡しやサービスの提供が行われた時期が課税売上げの時期になります。前受金や未収金がある場合でも、決済時期だけで課税時期が決まるわけではありません。売上除外を指摘されたときは、まず本来どの課税期間に売上を計上すべきだったのかを確認する必要があります。

ただし、所得税法第67条の現金主義による所得計算の特例を適用する一定の小規模事業者等では、所得税の収入・費用の計上時期について現金の収支を基準とする取扱いがあります。また、消費税でも、この特例の適用を受ける個人事業者について、一定の要件の下で対価を収入した日・費用を支出した日を資産の譲渡等・課税仕入れの時期とする取扱いがあります。

第4章売上漏れと重加算税の対象となる隠蔽・仮装は同じではない

（1）重加算税は国税通則法第68条の要件で判断する

過少申告に対する重加算税は、国税通則法第68条第1項により、課税標準等または税額等の計算の基礎となる事実を隠蔽・仮装し、その隠蔽・仮装したところに基づいて納税申告書を提出していた場合に問題となります。過少申告型の税率は原則35％です。

無申告の場合には、同条第2項の要件を満たすと、無申告加算税に代えて原則40％の重加算税が問題になります。したがって、「売上が漏れた金額が大きいから重加算税」という仕組みではなく、隠蔽・仮装と評価できる事実があるかが重要です。

（2）二重帳簿・虚偽記載・売上の意図的な不記載は重要な事情

国税庁の事務運営指針では、法人について、二重帳簿、帳簿書類の破棄・隠匿・改ざん、虚偽記載、意図的な集計違算、帳簿への記録をせず売上げその他の収入を脱ろうする行為などが、隠蔽・仮装に該当する例として示されています。

個人の申告所得税に関する事務運営指針でも、二重帳簿、帳簿書類の破棄・隠匿、改ざん・虚偽記載、虚偽・架空の契約書等の作成、秘匿した売上代金等による本人以外の名義・架空名義の資産取得などが例示されています。

（3）期ずれや単純ミスをそのまま隠蔽・仮装としない

一方、法人税の事務運営指針では、相手方との通謀や証憑書類の破棄・隠匿・改ざん等によらず、売上げ等の収入を翌事業年度へ繰り延べ、その翌事業年度の収益に計上していることが確認された場合は、帳簿書類の隠匿・虚偽記載等に該当しない例とされています。

個人の事務運営指針でも、収入金額を翌年分へ繰り越して計上している一定の場合や、売上げに計上すべき収入を仮受金・前受金等で経理し翌年分の収入に計上している一定の場合について、同様の考え方が示されています。

重加算税の基本的な考え方は、税務調査で「重加算税になる」と言われたらでも詳しく解説しています。

第5章売上除外が認定された場合の税金・加算税を整理する

（1）所得税・法人税は売上を正しい年分・事業年度へ加算する

申告から漏れていた売上が本来の収入・益金に該当する場合は、その年分・事業年度の所得計算へ反映します。ただし、売上の増加だけを見るのではなく、その売上を得るために実際に必要だった原価・経費で、税務上認められるものがあるかも別途確認します。

（2）過少申告加算税と重加算税は区別する

期限内申告をしていたケースで、隠蔽・仮装が認められない通常の過少申告であれば、過少申告加算税が問題になります。調査による更正を予知した後の修正申告や更正では原則10％で、一定額を超える部分は15％です。調査通知後で更正を予知する前の自主修正には5％・10％の区分があります。一方、調査通知前かつ更正を予知する前に自主的に修正申告した場合は、原則として過少申告加算税は課されません。

これに対し、隠蔽・仮装の要件を満たす部分については、過少申告加算税に代えて原則35％の重加算税が課されます。申告漏れのすべてが隠蔽・仮装に基づくとは限らないため、重加算税の対象となる所得・税額の範囲も分けて確認します。

（3）売上帳簿の不提示・記載不足には別の加重措置がある

令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来するものについては、税務調査で売上に関する帳簿の提示等を求められた際に提示しなかった場合や、帳簿への売上金額の記載が不十分な場合、過少申告加算税・無申告加算税を加重する制度があります。

加重割合は、帳簿の提示等をしなかった場合、または帳簿に記載された売上金額が本来記載すべき金額の2分の1未満の場合は10％、2分の1以上3分の2未満の場合は5％です。3分の2以上であれば、この記載水準を理由とする加重はありません。

この措置は過少申告加算税・無申告加算税を対象とするもので、これらに代えて重加算税が課される部分について、さらに5％・10％を上乗せするものではありません。また、災害その他やむを得ない事情など、納税者の責めに帰すべき事由がない場合には適用されません。

なお、売上の計上時期が翌年にずれている場合でも、翌年の帳簿に記載されていることが確認できるなど、国税庁Q&Aで示された一定の要件を満たすときは、この加重措置の判定上、本来記載すべき年分の帳簿に記載されているものとして取り扱われることがあります。帳簿の記載不足と重加算税の隠蔽・仮装は、別の要件として整理する必要があります。

（4）延滞税も別途生じる

修正申告や更正によって追加納税が生じる場合には、加算税とは別に延滞税が生じることがあります。税額の試算では、本税だけでなく、加算税と延滞税を分けて整理することが重要です。

第6章消費税にも影響することがある

（1）課税売上げの除外なら消費税の申告額も変わり得る

消費税の課税事業者が国内の課税売上げを申告から外していた場合には、所得税・法人税だけでなく消費税の税額にも影響することがあります。簡易課税を適用している場合でも、課税売上高は税額計算の基礎になるため、売上除外の影響を別途計算します。

（2）売上の性質を確認する

通帳への入金がすべて消費税の課税売上げになるわけではありません。非課税取引、不課税取引、借入金、預り金、資金移動などもあるため、入金内容を取引ごとに確認します。所得税・法人税上の売上と、消費税上の課税売上げを同じものとして機械的に扱わないことが重要です。

（3）売上除外により課税事業者判定等へ波及する場合もある

個人事業者では、ある年の課税売上高が後年の基準期間における課税事業者判定へ影響することがあります。過年度の売上除外を修正すると、対象年分の消費税だけでなく、その後の年分の納税義務判定に影響しないかも確認します。インボイス登録期間については、売上規模とは別に申告義務が生じる場合があります。

第7章帳簿が不完全なときは既存資料から売上を復元する

（1）まず売上経路を一覧化する

売上を復元するときは、銀行振込、現金、クレジットカード、QR決済、ECモール、予約サイトなど、売上が発生する経路を先に一覧化します。経路ごとに資料が異なるため、売上を一つの数字だけで追いかけるより、漏れの有無を確認しやすくなります。

（2）「売上資料」と「入金資料」を分ける

請求書、レジ・POS、予約記録、販売管理データは売上の発生を示す資料です。通帳や決済会社の入金明細は代金回収を示す資料です。両者を分けた上で突合すると、未収金、前受金、手数料控除、返金などの差額理由を整理できます。

（3）日次・月次で整合を取る

資料が大量にある場合は、まず月ごとに売上総額を復元し、差額が大きい月や問題となっている月を日次・取引単位で確認します。復元表に根拠資料の名称や該当ページ・データ名を付けると、説明時に確認しやすくなります。

（4）存在しなかった帳簿を当時のものとして作らない

帳簿が不完全だからといって、後から作成した資料を当時から存在した帳簿であるかのように見せることは避けるべきです。後日作成した復元表であれば、作成日、根拠資料、計算方法を明らかにして、調査対応のために再整理した資料であることが分かる形にします。

第8章修正申告をする前に認定事実と重加算税の範囲を確認する

（1）調査官の指摘を具体的な取引へ落とし込む

「売上を抜いている」「売上除外だ」という抽象的な指摘だけでは、修正内容を判断できません。どの取引先、どの請求、どの入金、どの年分・事業年度が対象なのか、売上除外額はいくらなのか、調査官がどの資料を根拠にしているのかを確認します。

（2）修正申告の勧奨に応じるかは任意

国税庁の税務調査手続FAQでは、調査結果の説明後に行われる修正申告の勧奨に応じるかどうかは、納税者の任意の判断とされています。勧奨に応じなければ、税務署が調査結果に基づいて更正等の処分を行うことになりますが、応じなかったことだけを理由に、応じた場合より基本的に不利な取扱いを受けることはないとされています。

修正申告と更正処分の違いについては、修正申告と更正処分の違いは？で整理しています。

（3）修正申告後は、その修正申告自体に不服申立てはできない

修正申告を提出した場合、その修正申告自体は税務署の処分ではないため、不服申立てはできません。申告税額が過大であると考える場合には、要件を満たせば更正の請求を検討します。一方、税務署が行った更正処分や重加算税の賦課決定処分は、不服申立ての対象となり得ます。

（4）確認される年分は事案によって異なる

税務署長が更正・決定を行うことができる期間は原則として法定申告期限から5年です。偽りその他不正の行為により税額を免れた場合などは7年となることがあります。ただし、「売上除外と言われたら7年分」と一律に決まるわけではありません。各年分の事実関係と法定の期間制限を確認します。

（5）質問応答記録書は内容を確認してから署名する

売上除外や重加算税が問題になる調査では、事実関係について質問応答記録書が作成されることがあります。署名を求められた場合は、売上を帳簿へ記載しなかった理由、口座の利用目的、入金の性質などが自身の認識どおり記載されているかを確認します。誤りや不足がある場合には、署名前に訂正・補足を求めることが重要です。

質問応答記録書については、質問応答記録書とは？署名を求められたらで詳しく解説しています。

よくある質問

Q1. 売上が申告から漏れていれば、重加算税になりますか?

売上が申告から漏れていることだけで重加算税が決まるわけではありません。重加算税は、課税標準等や税額等の計算の基礎となる事実を隠蔽・仮装し、それに基づいて申告した場合などに問題となります。単純な集計漏れ、計上時期の誤り、帳簿への意図的な不記載など、事実関係を分けて確認する必要があります。

Q2. 事業用ではない個人口座に入金があれば、売上除外と判断されますか?

個人口座への入金があるという事実だけで売上除外と判断できるわけではありません。その入金が事業の売上なのか、借入金、資金移動、立替金の精算など別の性質なのかを確認します。事業の売上であれば、帳簿や申告にどのように反映されているかも確認が必要です。

Q3. 現金売上の記録が一部残っていない場合はどうすればよいですか?

現存する資料から売上を復元します。レジ・POS、予約記録、領収書控え、クレジットカードやQR決済の履歴、仕入・在庫、顧客別資料などを時系列で整理します。存在しなかった記録を後から当時の資料のように作成するのではなく、復元資料の作成時期と根拠を明確にすることが重要です。

Q4. 入金が翌年になった売上は、入金した年の売上にすればよいですか?

入金日だけでは決まりません。個人事業の事業所得では、原則として収入すべき権利が確定した年に収入金額を計上します。法人や消費税でも、資産の引渡しや役務提供の時期など取引内容に応じた基準があります。単なる入金時期の違いと売上除外を混同しないことが重要です。

Q5. 売上除外を指摘されると7年分を修正することになりますか?

一律に7年分となるわけではありません。税務署長が更正・決定を行える期間は原則として法定申告期限から5年ですが、偽りその他不正の行為により税額を免れた場合などは7年となることがあります。実際に確認される年分や修正対象は、各年分の事実関係を踏まえて判断します。

Q6. 税務調査で売上除外と言われたら、すぐ修正申告した方がよいですか?

まず、どの取引を、どの年分・事業年度で、いくら売上から除外したと認定しているのか、その根拠を確認することが重要です。修正申告の勧奨に応じるかは納税者の任意です。修正申告を提出すると、その修正申告そのものについて不服申立てはできないため、事実認定と重加算税の対象範囲を整理してから判断します。

まとめ：売上漏れの原因と隠蔽・仮装の有無を分けて整理する

税務調査で売上除外を指摘されたときは、まず正しい売上額を復元し、その上で、なぜ申告から漏れたのかを確認します。単純な集計漏れ、入金口座の集計漏れ、計上時期の誤り、帳簿への意図的な不記載では、重加算税の判断が同じとは限りません。

特に重加算税は、申告漏れの金額の大きさだけで判断する制度ではありません。どの事実を隠蔽・仮装と認定しているのか、その事実に基づく税額がどこまでなのかを確認します。修正申告を提出する前に、売上除外額、対象年分、消費税への波及、加算税の種類を分けて整理することが重要です。

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引用・参考文献

この記事を書いた人

市田佳祐（いちだけいすけ）
税理士。市田税理士事務所代表（大阪市）。平成23年に大阪国税局入局後、令和5年6月まで国税職員として勤務し、同年8月に税理士登録（登録番号151935、近畿税理士会所属）。大阪国税局では資料調査課にて国際課税や富裕層に対する調査事務に従事したほか、総務課、個人課税課において税務行政に関する事務に従事。1級FP技能士。
共著に『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）、『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）に寄稿。

カテゴリー: 税務調査の基本

タグ: 個人事業主・フリーランス加算税・重加算税現金商売質問応答記録書