会計ソフトの現金残高がマイナス？｜個人事業主の原因と税務調査を元国税調査官が解説

2026年9月29日 2026年9月29日

市田佳祐

著者：市田佳祐（税理士・元国税調査官）

「会計ソフトを見ると、現金がマイナス50万円になっているけれど大丈夫だろうか」
「実際には現金を持っているのに、会計ソフトの残高と合わない」
「このまま確定申告したら、税務調査で問題になるのだろうか」

自分で会計ソフトを使って確定申告している個人事業主では、現金残高がマイナスになっていることがあります。

結論からいうと、会計ソフト上の「現金」がマイナスになっているのであれば、まず帳簿の内容を確認した方がよいでしょう。実際の紙幣や硬貨は0円より少なくなることはないため、個人の財布から払った経費を「現金」で登録している、銀行から現金を引き出した記録が漏れている、同じ経費を二重に登録している、開始残高が間違っているなど、帳簿上の不整合がある可能性があります。

ただし、「現金残高がマイナス＝売上を隠している」「現金残高がマイナス＝税務調査で追徴される」という意味ではありません。原因を確認し、実際の取引に合わせて帳簿を直すことが重要です。

私は大阪国税局で個人課税や富裕層に対する調査事務に従事した後、税理士として税務調査への対応に強みを持っています。この記事では、会計ソフトの現金残高がマイナスになる原因、直すときの考え方、税務調査で確認される可能性があるポイントまで解説します。

Table of Contents

結論：現金残高マイナスは「税金の問題」より先に「帳簿の原因」を確認する

現金残高がマイナスになっている場合は、まず「なぜマイナスになったのか」を確認します。国税庁も、現金出納帳について、日々記帳し、帳簿上の現金残高と実際の現金を突き合わせることが大切としています。

帳簿上で現金が▲300,000円となっている一方、実際には財布や金庫に現金があるのであれば、帳簿と実際残高が一致していません。

ただし、原因によって税務上の影響は大きく異なります。個人の財布から払った事業経費を誤って事業用の「現金」で処理していたというだけなら、事業主借への訂正により所得金額が変わらないことがあります。一方、同じ経費を二重計上していた、売上の記帳が漏れていたといった場合には、所得金額や税額が変わる可能性があります。

現金残高がマイナスだからといって、いきなり修正申告をするのではなく、まず原因を特定することが重要です。

この記事でわかること

会計ソフトの現金残高がマイナスになる理由
個人の財布から事業経費を払った場合の考え方
銀行から現金を引き出した場合の処理
税務調査で現金残高をどのように確認するのか
現金残高を直すときの確認手順
確定申告後に間違いに気づいた場合の考え方

第1章会計ソフトの「現金残高」とは？

（1）「現金」は事業で実際に保有している現金

会計上の「現金」は、基本的には事業用の財布やレジ、金庫などにある紙幣・硬貨等を表します。例えば、事業用の現金が10万円あるのであれば、帳簿上の現金残高も原則として10万円になるように記帳します。

国税庁も現金出納帳について、現金の出入りを記録するとともに、その日の帳簿残高を実際の現金と突き合わせることが大切としています。

（2）銀行預金とは別の資産

銀行口座に100万円あっても、それは「普通預金」などであり、「現金100万円」ではありません。銀行から10万円を引き出し、その10万円を事業用の財布へ入れた場合は、現金10万円／普通預金10万円という資金移動になります。

銀行から現金を引き出しただけで10万円の経費が発生するわけではありません。

（3）実際の現金はマイナスにはならない

会計ソフトで「現金 ▲500,000円」と表示されても、「50万円の現金を借金している」という意味ではありません。現金という資産の帳簿残高が0円を下回っているという意味です。

実際の現金はマイナスにならないため、継続的にマイナス残高が表示されている場合には、記帳内容や開始残高などを確認します。

第2章調査官が重点的に確認するポイント

以下は、国税庁が税務調査の公式な選定基準・重点項目として公表しているものではなく、国税庁の公表資料と私自身の調査実務経験を踏まえた確認ポイントです。

（1）本当に事業用現金を使っているのか

大部分の取引を銀行振込やカードで行い、事業用の財布や金庫を持っていないのに、帳簿上の現金取引が多数あるのであれば、その内容を確認する必要があります。

実際には個人の財布から支払った経費を、すべて会計ソフト上の「現金」で登録していることもあります。

（2）現金売上が漏れていないか

現金売上がある事業では、レジ記録、売上帳、予約記録、領収書控え、現金出納帳、実際の現金などの関係を確認することがあります。

帳簿上の現金残高に不自然な動きがある場合、その原因の一つとして現金売上の記帳漏れがないか確認することがあります。ただし、現金残高がマイナスというだけで売上漏れと判断できるわけではありません。

（3）現金経費が過大になっていないか

現金の入金記録がほとんどないのに、現金払いの経費だけが大量に計上されれば、帳簿上の現金はマイナスになります。この場合、本当は個人の財布から支払ったのか、同じ経費を重複して登録していないか、実際に支払った経費なのかといった点を確認します。

（4）帳簿と実際残高が一致しているか

国税庁も、現金出納帳は現金残高を記載し、その日のうちに実際の現金と突き合わせることが大切としています。税務調査でも、帳簿と証憑だけでなく、取引の実態との整合性が重要です。

個人事業主に対する税務調査全般については、個人事業主・フリーランスに税務調査は来る？もあわせてご覧ください。

第3章原因① 個人の財布で払った経費を「現金」で登録している

（1）個人の財布と事業用現金は分けて考える

例えば、事業用の文房具1万円を個人の財布から支払ったとします。しかし会計ソフトでは、消耗品費10,000円／現金10,000円と登録したとします。この仕訳では「事業用の現金1万円を使った」ことになります。

実際には事業用現金を使っていません。これを何度も繰り返すと、帳簿上の現金だけが減っていき、やがてマイナスになります。

（2）個人資金で立て替えた場合は事業主借を使うことがある

個人事業主が家事上の現金などで事業上の必要経費を支払った場合、国税庁の記帳例でも「事業主借」を用いて整理する例があります。

上記の文房具代であれば、取引実態に応じて消耗品費10,000円／事業主借10,000円と整理することがあります。この場合、事業用現金は減りません。

（3）会計ソフト固有の名称と税務上の考え方は分ける

会計ソフトによっては、「プライベート資金」など独自の名称や入力方法を採用している場合があります。どのボタンを押すかはソフトによって異なりますが、税務上重要なのは「実際に誰のお金で支払ったのか」「その支出が事業上の必要経費なのか」です。

第4章原因② 銀行から現金を引き出した記録がない

（1）現金を引き出したら帳簿上も現金が増える

例えば、事業用銀行口座から10万円を引き出し、事業用財布へ入れたとします。実際には銀行預金が10万円減少し、事業用現金が10万円増加しています。

ところが、銀行から現金を引き出した取引を帳簿に登録せず、その後の現金経費だけを登録すると、帳簿上の現金だけが減っていきます。開始残高が0円なら、現金残高はマイナスになります。

（2）銀行からの現金引出しは経費ではない

銀行から10万円を引き出しても、それだけで経費10万円になるわけではありません。銀行預金という資産から現金という資産へ形が変わっただけです。

その後、実際に事業経費を支払った時点で、その支出内容に応じた必要経費を記帳します。

第5章原因③ 二重計上・日付・開始残高が間違っている

（1）同じ経費を二重に登録している

領収書を見て現金払いの経費として手入力した後、同じ取引を別の方法でも登録してしまえば、経費と現金減少が二重になることがあります。自動連携と手入力を併用している場合は注意が必要です。

（2）決済日が間違っている

取引日や決済日を誤って登録すると、本来とは違う時期に現金が減ったことになり、一時的に残高がマイナスになる場合があります。初めてマイナスになった時点を確認すると、原因を見つけやすくなります。

（3）開始残高が間違っている

会計ソフトを使い始めた時点で、実際には事業用現金が20万円あったにもかかわらず、開始残高を0円にしている場合があります。その後20万円の現金経費を記帳すれば、ソフト上の残高はマイナス20万円になります。

前年から引き続き事業をしている場合には、前年末の残高とのつながりも確認します。

（4）口座間振替の登録方法を間違えている

現金と預金の間の資金移動、複数口座間の振替などを売上や経費として登録すると、現金だけでなく損益も誤る可能性があります。「お金が動いた＝売上または経費」と考えないことが重要です。

第6章現金残高マイナスは税務調査で問題になる？

（1）マイナスという数字だけで追徴課税されるわけではない

現金残高がマイナスであるという一点だけで、直ちに追加の所得税が発生するわけではありません。

例えば、個人資金で払った経費を事業用現金払いとして記帳していた場合、事業主借へ適切に訂正しても必要経費の金額自体は変わらないことがあります。この場合、現金残高は変わっても、所得金額や所得税額が変わらない可能性があります。

（2）ただし、帳簿の整合性を確認するきっかけにはなり得る

実際には存在しないマイナス現金が帳簿に残っている以上、「なぜこのような残高になっているのか」は確認すべきです。

例えば帳簿上で現金が▲800,000円なのに、「実際にはその間も現金で経費を支払っていました」という場合、「その現金はどこから補充されたのか」という資金の流れを確認することがあります。

（3）原因は売上漏れとは限らない

現金残高のマイナスは、個人資金による立替え、銀行引出しの登録漏れ、開始残高の誤り、経費の二重計上、日付の誤りなどでも発生します。

したがって、「現金残高がマイナスだから、足りない分を売上として計上する」という処理も適切ではありません。実態を確認して原因に応じた訂正を行います。

第7章現金商売の個人事業主は特に残高管理が重要

飲食店、小売業、美容関係、イベント販売、現金集金のあるサービス業など、現金で売上を受け取る事業では現金残高の管理が特に重要です。

（1）現金出納帳と実際残高を合わせる

国税庁も、現金出納帳について、毎日記帳する、現金残高を記載する、実際の現金と突き合わせることが大切としています。

現金商売であれば、決算時に一年分まとめて現金残高を合わせるのではなく、日々または定期的に確認する方が原因を発見しやすくなります。

（2）現金売上の根拠資料も残す

レジデータ、日報、予約記録、領収書控え、売上管理表などがあれば、帳簿の売上高と照合できるようにしておきます。現金残高の整合性だけでなく、売上そのものを説明できる資料を保存することも重要です。

第8章現金残高がマイナスだったらどう直す？

現金残高がマイナスだからといって、すぐに何らかの仕訳を追加して0円に合わせるのではなく、順番に原因を確認します。

（1）実際の事業用現金を確認する

まず、現在事業用として実際にいくら現金を持っているのかを確認します。そもそも事業用現金を使っていないのであれば、なぜ会計ソフトに多数の現金取引があるのかを見ます。

（2）初めてマイナスになった時点を探す

現金元帳や現金出納帳を時系列で確認し、いつからマイナスになったのかを探します。期末残高だけを見るより、最初に不整合が生じた時点を見る方が原因を見つけやすいことがあります。

（3）その前後の取引と開始残高を確認する

個人の財布で支払った経費、銀行からの現金引出し、現金売上、重複登録、大きな現金支出、開業時や会計ソフト導入時の開始残高を確認します。

（4）原因に応じて訂正する

個人資金による立替えであれば、事業主借を用いた処理が適切な場合があります。銀行引出しの記帳漏れなら、預金から現金への振替を追加します。二重計上なら、重複した取引を訂正します。

重要なのは、原因を確認せず、残高を合わせることだけを目的に機械的に事業主借を入れるのではなく、まず原因を確認することです。

実際に事業主が個人資金を事業へ補充していた事実がある場合など、実態に応じて事業主借を用いること自体は問題ありません。会計ソフト固有の残高調整方法と、取引実態を正しく記帳するという税務・会計上の考え方は分けて整理してください。

第9章すでに確定申告していた場合はどうする？

現金残高のマイナスに確定申告後に気づいた場合も、「マイナスだったから修正申告」と一律には判断しません。まず、訂正によって所得金額や税額が変わるかを確認します。

（1）所得金額・税額が変わらない場合

例えば、個人資金で支払った事業経費を「消耗品費／現金」から「消耗品費／事業主借」へ訂正するだけであれば、必要経費の金額そのものは変わらないことがあります。

このような場合、帳簿の貸借対照表項目は変わっても、最終的な所得金額・税額に影響しないことがあります。

所得金額や税額に影響しない場合でも、帳簿は実際の取引に合わせて訂正し、翌年へ繰り越す現金等の残高も正しくつなげておくことが重要です。

（2）経費を二重計上していた場合

同じ経費を二重に必要経費へ算入していたのであれば、経費を減らす必要があり、所得金額や税額が増える可能性があります。

（3）売上が漏れていた場合

現金売上の記帳漏れが判明した場合には、総収入金額が増え、所得税や消費税等に影響する可能性があります。

（4）申告内容の訂正が必要か確認する

国税庁は、確定申告後に誤りが判明し、納める税金が少な過ぎた場合などには修正申告、納める税金が多過ぎた場合などには更正の請求という手続を案内しています。

また、所得金額等に増減があっても、最終的な税額や純損失の金額に異動がない場合には、更正の請求はできないとされています。

したがって、「帳簿を直した＝修正申告」ではなく、「帳簿を直した結果、申告した所得金額・税額等がどう変わるか」を確認します。

税務調査の連絡がすでに来ている場合や、複数年にわたり現金残高が大きくマイナスになっている場合には、修正前に税理士へ相談することも一つの方法です。税務調査の途中から税理士へ依頼することもできます。詳しくは、税務調査の途中から税理士に依頼できる？をご覧ください。

よくある質問

Q1. 会計ソフトの現金残高がマイナスでも確定申告できますか？

会計ソフト上で申告書を作成できる場合はありますが、実際の現金はマイナスにならないため、マイナス残高の原因は確認した方がよいでしょう。個人資金による立替え、銀行引出しの登録漏れ、経費の二重計上、開始残高の誤りなどがないか確認します。

Q2. 現金残高がマイナスだと税務調査で怪しまれますか？

マイナスという数字だけで売上漏れや追徴課税が決まるわけではありません。ただし、帳簿上の現金と実際の現金が一致しない理由について確認される可能性はあります。重要なのは、残高ズレの原因と資金の流れを説明できることです。

Q3. 個人のお金で事業経費を払った場合はどう記帳しますか？

個人事業主が個人の財布などから事業上の必要経費を支払った場合には、必要経費を計上し、相手勘定を事業主借として整理することがあります。実際に事業用現金を使っていないのに「現金」で処理すると、現金残高がマイナスになる原因になります。

Q4. 銀行から現金を引き出した場合は経費になりますか？

銀行から事業用現金を引き出しただけでは必要経費にはなりません。銀行預金という資産から現金という資産への資金移動です。その後、事業上の支出に現金を使ったときに、その支出内容に応じて必要経費を記帳します。

Q5. 現金残高を0円にするため事業主借を入れてもよいですか？

原因を確認せず、残高を合わせることだけを目的に機械的に事業主借を入れるのは避けた方がよいでしょう。実際に個人資金で経費を立て替えていた、事業へ自己資金を補充していたなどの事実がある場合には、実態に応じて事業主借を使うことがあります。まず残高ズレの原因を確認してください。

Q6. 申告後に現金残高の間違いに気づいたら修正申告が必要ですか？

一律に修正申告が必要とは限りません。資金移動や事業主借への訂正だけで所得金額・税額が変わらない場合もあります。一方、経費の二重計上や売上漏れが判明し、納める税金が少な過ぎた場合などには修正申告が必要になります。税額が変わらない場合でも、帳簿と翌年へ繰り越す現金等の残高は実態に合わせて正しくしておくことが重要です。

まとめ：現金残高マイナスは「数字を消す」のではなく原因を探す

会計ソフトの現金残高がマイナスになっている場合、実際の現金はマイナスにはならないため、まず帳簿と実態の不一致を確認します。

代表的な原因としては、個人の財布で払った経費を「現金」として登録している、銀行からの現金引出しを記帳していない、同じ経費を二重計上している、開始残高を間違えている、取引日や決済日を間違えているといったものがあります。

現金残高がマイナスだからといって、売上漏れや追徴課税が直ちに決まるわけではありません。一方で、原因を確認せず、残高を合わせるためだけに機械的に事業主借を入れるのも避けた方がよいでしょう。

大切なのは「なぜ帳簿上の現金が足りなくなったのか」を取引ごとに確認し、実態に合わせて訂正することです。

また、確定申告後に間違いが判明した場合には、帳簿を訂正した結果、所得金額や税額が変わるかを確認します。税額に影響しなくても、帳簿と翌期へ繰り越す残高は実態に合わせて正しくしておくことが重要です。

自分で会計ソフトを使って申告すること自体は問題ありませんが、何年も原因不明のマイナス残高を繰り越している場合や、税務調査の連絡が来ている場合には、税理士へスポットで相談することも検討してください。

市田税理士事務所は、国税OBの税理士が税務調査対応・無申告のご相談、顧問契約を承っています。

顧問契約なしのスポット相談も可能。関西全域・オンラインで全国対応。

お問い合わせはこちら

税務署から税務調査の連絡を受けている方は、「大阪の税務調査に強い国税OB税理士」のページもあわせてご覧ください。

引用・参考文献

この記事を書いた人

市田佳祐（いちだけいすけ）
税理士。市田税理士事務所代表（大阪市）。平成23年に大阪国税局入局後、令和5年6月まで国税職員として勤務し、同年8月に税理士登録（登録番号151935、近畿税理士会所属）。大阪国税局では資料調査課にて国際課税や富裕層に対する調査事務に従事したほか、総務課、個人課税課において税務行政に関する事務に従事。1級FP技能士。
共著に『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）、『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）に寄稿。

カテゴリー: 税務調査の基本

タグ: 個人事業主・フリーランス