非居住者の不動産売却と税金｜10.21%の源泉徴収と確定申告を元国税調査官が解説
市田佳祐著者：市田佳祐（税理士・元国税調査官）
「海外に住んでいるが、日本に残してきたマンションを売りたい。税金がどうなるのか分からない」
「売主が海外在住だと、買った側が税金を天引きしなければならないと聞いて不安になった」
「売却代金から10%以上引かれた。この税金は戻ってくるのか知りたい」
海外赴任や海外移住で日本を離れたまま、国内の自宅や投資用不動産を売却する。こうした「非居住者が売主」の不動産取引には、国内の売買にはない特有のルールがあります。
原則として、買主が売買代金の10.21%を源泉徴収して税務署に納付する義務を負い、売主は確定申告で税金を精算するという仕組みです。知らずに決済すると、売主は資金計画が狂い、買主は徴収漏れの追徴を受けるおそれがあります。この記事では、元大阪国税局の税理士が、非居住者の不動産売却の税金を、売主と買主の両方の立場から解説します。
結論：買主が10.21%を源泉徴収するのが原則。売主は確定申告で精算し、還付となる場合もある
先に結論をお伝えします。非居住者が日本国内の不動産を売却した場合、その譲渡による所得は日本の国内源泉所得として課税され、買主は原則として、売買代金を支払う際に、その10.21%（復興特別所得税を含む）を源泉徴収して国に納付する義務を負います。ただし、買主が個人で、自己またはその親族の居住の用に供するために購入し、かつ対価が1億円以下である場合には、源泉徴収は不要とされています。
売主側から見ると、源泉徴収は税金の前払いにすぎません。源泉徴収されるのは「売買代金」の10.21%ですが、実際の税金は「譲渡益」に対して計算されるため、確定申告で精算すると納め過ぎた分が還付される場合があります。逆に、源泉徴収の対象外だった場合や譲渡益が大きい場合には、申告して納付する必要があります。売る前に取得費の資料を揃え、決済の段階で源泉徴収の要否を売主・買主双方で確認しておくことが、この取引をスムーズに終える鍵です。
この記事でわかること
- 調査側が非居住者の不動産売却をどう把握するか（元調査官の内側視点）
- 買主の源泉徴収義務（10.21%）と、不要になる例外の要件
- 売主の税金：譲渡所得の計算、長期・短期の区分、住民税の扱い
- 居住用だった家の売却で3,000万円特別控除が使える場合
- 納税管理人を通じた確定申告と、還付を受けるまでの流れ
第1章 非居住者の不動産売却を取り巻く現状
海外赴任のまま持ち家を貸していた方の売却、海外移住者による国内資産の整理、海外投資家による投資物件の出口。売主が非居住者である不動産取引は、実務上もみられる取引です。一方で、この取引に特有の源泉徴収のルールは、売主本人だけでなく、買主や仲介する不動産会社にも十分に知られているとは言えず、決済後に源泉徴収漏れが判明する例も見られます。
特に注意したいのは、源泉徴収の義務を負うのが「買主」だという点です。売主が非居住者であることを確認しないまま代金の総額を支払ってしまうと、徴収漏れの責任は買主に向かいます。売主にとっても、源泉徴収を前提にしない資金計画（ローン完済や次の購入資金）を立てていると、決済時に想定より手取りが1割以上少なくなり慌てることになります。取引に入る前に、双方がこの仕組みを知っておくことが何より重要です。
第2章 調査側は非居住者の不動産売却をどう把握するか（元調査官の内側視点）
「海外にいるのだから、日本の不動産を売っても分からないのではないか」と考える方がいますが、不動産は、把握されやすい資産の代表例です。元調査官の視点から解説します。
（1）登記と支払調書：取引の記録は残り続ける
不動産の売買は登記を伴い、所有権の移転は公的な記録として残ります。加えて、法人または不動産業者である個人が、非居住者から国内にある不動産を譲り受け、同一の売主に対するその年中の支払金額の合計が100万円を超える場合には、「非居住者等に支払われる不動産の譲受けの対価の支払調書」を税務署に提出する必要があり、誰がいくらで売ったかが把握されます。売買契約書・重要事項説明書は仲介業者にも保管されており、取引の存在そのものを隠すことは事実上できません。
（2）買主側への源泉所得税の確認
売主が非居住者の取引では、買主側が源泉徴収を正しく行ったかどうかも確認の対象になります。買主が法人や不動産業者の場合、源泉所得税の調査でこの論点が確認されることがあり、徴収漏れが見つかれば、追徴は買主に向かいます。売買代金の入出金は口座に記録が残り、「税務調査と通帳」の記事で解説したとおり、資金の流れは後からでも確認できます。
（3）調査現場から見た実感
私が大阪国税局で国際課税や富裕層に対する調査事務に従事していた経験から言えば、不動産の譲渡は、登記・調書・資金という三方向の記録が揃う、検証のしやすい取引の典型です。非居住者側に申告がなければ、記録との食い違いが表面化しやすい構造にあります。逆に言えば、源泉徴収と申告を正しく行った売主・買主にとって、これらの記録は取引の正しさを裏付ける味方になります。
第3章 出発点：売主が非居住者かどうかを取引前に確認する
この取引のルールは、売主が日本の「非居住者」に該当するかどうかで決まります。非居住者とは、国内に住所（生活の本拠）を有さず、かつ、現在まで引き続いて1年以上国内に居所を有しない個人をいい、国籍や住民票の有無だけで決まるものではありません。例えば、1年以上の予定で海外勤務する給与所得者は、一般に国内に住所を有しないものと推定され、非居住者となります。ただし、具体的な判定は住所・居所などの事実関係によります。
実務上の落とし穴は、買主や仲介業者が売主の居住状況を確認しないまま決済してしまうことです。売主の住所地、現在の生活拠点、出国の時期を、契約前の段階で確認し、非居住者に該当し得る場合には源泉徴収を前提に決済金額を組み立てる必要があります。売主側も、自分が非居住者に当たることを取引の相手方に早めに伝えることが、決済直前の混乱を防ぎます。居住者か非居住者かの判定が微妙な場合（帰国直前の売却など）は、判定を誤ると源泉徴収の要否と申告の内容が変わるため、事前に専門家に確認してください。
売主が非居住者に当たるかどうかは、住所の判定という一般的な枠組みで決まります。判定基準は次の記事で詳しく解説しています。
(関連記事:居住者・非居住者の判定基準｜海外移住・海外所得の税務調査リスクを国税OBが解説)
第4章 買主の源泉徴収義務：10.21%と、不要になる例外
非居住者から日本国内の土地や建物を購入して対価を支払う買主は、原則として、その支払の際に支払金額の10.21%（復興特別所得税を含む）を源泉徴収し、原則として支払った月の翌月10日までに国に納付する義務を負います。なお、対価を国外で支払う場合であっても、支払者が国内に住所もしくは居所を有し、または国内に事務所等を有するときは、国内において支払われたものとみなされ、この場合の納付期限は支払った月の翌月末日となります。
源泉徴収後に売主へ支払う金額は、通常、代金の89.79%となり、源泉徴収した分は売主の税金の前払いとして扱われます。
重要な例外が一つあります。買主が「個人」であり、その土地や建物を「自己またはその親族の居住の用に供するため」に購入し、かつ支払対価が「1億円以下」である場合には、源泉徴収は不要です。マイホームとして中古住宅を買ったら売主がたまたま海外在住だった、という一般的なケースの多くはこの例外に当たります。
逆に言えば、買主が法人の場合、賃貸用・事業用として購入する場合、対価が1億円を超える場合には、居住用でも源泉徴収が必要です。徴収を怠ると、買主が源泉所得税の本税に加えて、原則として不納付加算税や延滞税を負担することになり、海外の売主から後で回収することは容易ではありません。要否の判断に迷う取引は、決済前に確認することを強くおすすめします。
第5章 売主の税金：譲渡所得の計算と住民税の扱い
売主である非居住者の側では、日本国内にある不動産の譲渡による所得は国内源泉所得として、日本で申告分離課税の対象になります。税額計算の基本的な構造は居住者の場合と同様で（適用できる所得控除等には違いがあります）、譲渡価額から取得費と譲渡費用を差し引いた譲渡所得に対して、所有期間が譲渡した年の1月1日時点で5年を超える長期譲渡所得は15.315%、5年以下の短期譲渡所得は30.63%（いずれも復興特別所得税を含む）の税率で所得税がかかります。
居住者と比べて特に注意したい点を2つ挙げます。第1に、住民税です。個人住民税は、前年の所得について、賦課期日である1月1日現在の住所地で課税されます。したがって、売却した年の翌年1月1日に国内に住所がない場合には、その譲渡益に対する住民税の所得割は通常課されません（国内に事務所や家屋敷がある場合の均等割は、別途課されることがあります）。
第2に、取得費の資料です。購入時の契約書や領収書が海外への引越しで散逸しているケースが多く、取得費が分からない場合には譲渡価額の5%相当額を取得費とすることができるとされていますが、実際の取得費がこれを上回るときは、資料がないことで税負担が大きく膨らむおそれがあります。売却を考え始めた段階で、購入時の資料を探し、見つからない場合の立証方法も含めて早めに準備してください。
売却前に賃貸していた期間の不動産所得についても、申告内容が確認されます。次の記事で解説しています。
(関連記事:不動産オーナーに税務調査は来る?｜元国税調査官が家賃収入と経費の注意点を解説)
第6章 居住用だった家の売却：3,000万円特別控除が使える場合
かつて自分が住んでいた家を、海外赴任や移住の後に売却する場合、居住用財産を譲渡した場合の3,000万円特別控除の適用があり得ます。この特例は非居住者であることだけを理由に排除されるものではなく、自己が居住の用に供していた家屋を、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに譲渡することなどの要件を満たすかどうかで判断されます。
適用できれば税額が大きく変わる一方、住まなくなってからの経過期間、家屋を取り壊している場合の取壊しから譲渡までの時期やその後の敷地の利用状況、家屋と敷地の関係など、確認すべき要件が多い特例です。「非居住者だから使えない」と思い込んで申告しないのも、「昔住んでいたから使えるはず」と確認せずに適用するのも、どちらも危険です。売却の前に、居住の履歴と時期の資料を揃えたうえで適用可否を確認してください。
売却以外にも、非居住者が日本で課税される場面は複数あります。非居住者に対する調査の全体像は次の記事で整理しています。
(関連記事:非居住者に税務調査は来る?｜海外移住・出国時の注意点を元国税調査官が解説)
第7章 確定申告と還付：納税管理人を通じた手続
源泉徴収は前払いにすぎないため、売主である非居住者は、原則として翌年2月16日から3月15日までの申告期間に日本で確定申告を行い、税額を精算します。還付を受けるための申告は、翌年1月1日以降であれば、この期間より前でも提出できます。源泉徴収は「売買代金」の10.21%である一方、実際の税金は「譲渡益」に対する計算ですから、取得費が大きい物件や譲渡益が小さい物件では、申告により納め過ぎた源泉徴収税額の還付を受けられる場合があります。申告しなければ、この還付は受けられません。
海外在住のまま申告するには、国内に納税管理人を選任して税務署に届け出て、納税管理人を通じて申告・納税（還付の受領）を行うのが基本の手続です。売買契約書、源泉徴収された金額の分かる資料、取得費・譲渡費用の資料を揃えれば、海外にいながら申告を完結できます。
なお、納税管理人を指定している場合、還付金の振込先はその納税管理人名義の預貯金口座となります。還付後に売主本人へ送金する場合には、その方法もあわせて確認しておくとよいでしょう。
申告義務があり、申告の結果として納付すべき税額が生じる場合にこれを放置すると、無申告加算税や延滞税の対象となることがあります（詳しくは「税務調査は何年分さかのぼるか」の記事をご覧ください）。還付を受けられるはずの方も、納付が必要な方も、売却した年のうちに申告の準備を始めることをおすすめします。
仲介する事業者側で問題になりやすい論点は、次の記事で整理しています。
(関連記事:不動産仲介・管理業に税務調査は来る?｜元国税調査官が手数料の計上時期を解説)
第8章 税理士に相談するメリット：売主側も買主側も
非居住者の不動産売却は、居住者判定、源泉徴収の要否、譲渡所得の計算と特例の適用可否、納税管理人を通じた申告と、国際税務と不動産税務が交差する領域です。売主側であれば、源泉徴収を織り込んだ手取りの試算、取得費資料の整理、3,000万円特別控除の適用検討、還付申告までを一貫して進められます。買主側・不動産会社であれば、源泉徴収の要否判定と納付手続を決済前に確定させることで、後日の追徴リスクを低減できます。
当事務所は、国税局で国際課税に関する調査事務に従事した経験を踏まえ、調査側が何をどの記録で確認するかを前提にした申告と取引の整理を行っています。売却を検討している海外在住の方、非居住者との取引を控えた買主・不動産会社の方は、契約・決済の前の段階でご相談ください。どの程度の割合で調査が行われるかは「税務調査の確率」の記事も参考になります。
よくある質問
Q1. 海外在住です。日本のマンションを売ったら、10.21%引かれるのですか?
A. 原則として、買主が売買代金の10.21%を源泉徴収します。ただし、買主が個人で、自己またはその親族の居住の用に供するために購入し、対価が1億円以下の場合には源泉徴収は不要です。源泉徴収された場合も、それは前払いであり、確定申告で精算することにより還付を受けられる場合があります。
Q2. 買主です。売主が海外在住かどうか、どう確認すればよいですか?
A. 契約前に、売主の現在の住所地・生活拠点・出国時期を確認してください。住民票の有無だけでは判定できず、生活の本拠がどこにあるかの実態によります。非居住者に該当し得る場合は、源泉徴収を前提に決済金額を組み立てる必要があります。判定が微妙な場合は、決済前に専門家に確認することをおすすめします。
Q3. 源泉徴収された税金は戻ってきますか?
A. 確定申告をすれば、実際の譲渡所得に対する税額との差額が還付される場合があります。源泉徴収は売買代金の10.21%ですが、税金の計算は譲渡益に対して行うため、取得費が大きい物件では納め過ぎになっていることがあります。申告しなければ還付は受けられませんので、売却した年の翌年に忘れずに申告の要否を確認してください。
Q4. 海外にいたまま確定申告はできますか?
A. できます。国内に納税管理人を選任して税務署に届け出れば、納税管理人を通じて申告・納税や還付の受領ができます。売買契約書、源泉徴収税額の分かる資料、購入時の契約書などの取得費資料を揃えておくと手続が円滑です。
Q5. 昔住んでいた家です。3,000万円の特別控除は使えますか?
A. 非居住者であることだけを理由に排除されるものではなく、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までの譲渡であることなど、要件を満たすかどうかで判断されます。経過期間のほか、家屋を取り壊している場合には敷地の利用状況などの確認も必要ですので、居住の履歴が分かる資料を揃えて、売却前に適用可否をご確認ください。
Q6. 買主として源泉徴収をせずにそのまま支払ってしまいました。どうすればよいですか?
A. 放置せず、早めに納付することをおすすめします。源泉所得税を法定納期限までに納付しなかった場合、原則として不納付加算税の対象となりますが、納税の告知を予知せずに自主的に納付した場合は原則5%に軽減されます。売主との精算方法も含めて対応を整理する必要があるため、気づいた時点で専門家にご相談ください。
まとめ：源泉徴収は「取られて終わり」ではない。申告までがこの取引の完結
非居住者が売主の不動産取引は、買主による10.21%の源泉徴収（と例外の判定）、売主の譲渡所得の申告、納税管理人を通じた手続、3,000万円特別控除の適用検討と、決済の前後に確認すべき論点が並びます。源泉徴収は前払いであり、申告して初めて税額が確定し、還付もそこで受けられます。
売主の方は取得費の資料と居住の履歴を、買主の方は売主の居住状況と源泉徴収の要否を、それぞれ契約前に確認してください。決済の前に整理を済ませた取引と、後から慌てる取引とでは、手取りも安心感もまったく違います。不安がある方は、契約・決済の前の段階で専門家にご相談ください。
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引用・参考文献
- 国税庁タックスアンサーNo.2879「非居住者等から土地等を購入したとき」、No.2875「居住者と非居住者の区分」、No.3302「マイホームを売ったときの特例」、No.3208「長期譲渡所得の税額の計算」、No.3211「短期譲渡所得の税額の計算」、No.3258「取得費が分からないとき」、No.2030「還付申告」
- 国税庁「非居住者等に支払われる不動産の譲受けの対価の支払調書」関係資料
- 所得税法第161条（国内源泉所得）、第212条・第213条（源泉徴収義務・税率）、所得税法施行令第281条の3（源泉徴収を要しない場合）、所得税法施行規則第90条（不動産等の譲受けの対価の支払調書の提出範囲）
- 租税特別措置法第35条（居住用財産の譲渡所得の特別控除）
この記事を書いた人
市田佳祐（いちだ けいすけ）
税理士。市田税理士事務所代表（大阪市）。平成23年に大阪国税局入局後、令和5年6月まで国税職員として勤務し、同年8月に税理士登録（登録番号151935、近畿税理士会所属）。大阪国税局では資料調査課にて国際課税や富裕層に対する調査事務に従事したほか、総務課、個人課税課において税務行政に関する事務に従事。1級FP技能士。
共著に『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）、『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）に寄稿。
