不動産M&Aと会社分割｜不動産の切り出し・株式譲渡を元国税調査官が解説

2026年9月23日 2026年9月23日

市田佳祐

著者：市田佳祐（税理士・元国税調査官）

「会社を売りたいが、売却対象に含めたくない不動産がある」
「不動産だけ別会社へ移してから、事業会社の株式を売ることはできるのか」
「会社分割を使えば、不動産を税務上の帳簿価額で移せると聞いたが本当なのか」

不動産を複数保有する会社のM&Aでは、買主に引き継がせたい事業・不動産と、売主側に残したい不動産が一致しないことがあります。

このような場合に検討される方法の一つが、会社分割によって不動産や事業を別会社へ切り出したうえで、対象会社の株式を譲渡する方法です。

ただし、会社分割を使えば税負担なく自由に不動産を移せるわけではありません。法人税上の適格分割、不動産取得税の非課税、登録免許税、消費税、株主側の課税をそれぞれ確認する必要があります。

私は大阪国税局で個人課税や富裕層に対する調査事務に従事した後、現在は税理士としてM&A・事業承継を含む税務相談に対応しています。この記事では、不動産を保有する会社のM&Aで会社分割を使う場合の税務を整理します。

Table of Contents

結論：不動産M&Aは「最終的に誰がどの会社を持つか」から逆算する

不動産M&Aで会社分割を利用する場合、最初に決めるべきなのは「どの不動産を移すか」だけではありません。

どの会社を買主へ売るのか、どの会社を売主側に残すのか、不動産や借入金をどちらへ承継させるのか、会社分割後に誰がどの会社の株式を保有するのかまで整理する必要があります。

特に重要なのが、「会社分割の後に株式を売る予定がある」という事実だけでは、適格分割になるかどうかを判断できないことです。国税庁は、分割法人株式の売却予定が一定の完全支配関係継続要件に影響しない事例と、分割承継法人株式の売却予定が株式継続保有要件に影響する事例の双方を示しています。

この記事でわかること

不動産M&Aで会社分割を利用する典型的な場面
分割型分割と分社型分割の違い
会社分割後の株式譲渡が適格分割に与える影響
法人側と個人株主側で分けて確認する税務
不動産取得税・登録免許税・消費税の取扱い

第1章不動産M&Aで会社分割を使うのはどのような場面か

例えば、ある会社が本業の事業と複数の不動産を保有しているとします。買主は本業の会社を買収したいものの、その会社が保有する不動産の一部までは必要としていない。一方、売主であるオーナーは、その収益不動産をM&A後も保有し続けたいというケースです。

そのまま会社の株式を譲渡すると、会社が保有している不動産も会社と一緒に買主側へ移ります。そこで、売却対象外の不動産等を会社分割で別会社へ移した後、元の会社の株式だけを第三者へ譲渡する方法が検討対象になります。

反対に、売却したい事業・不動産を別会社へ切り出し、その会社の株式を買主へ譲渡する方法も考えられます。

見た目は似ていますが、税務上は同じではありません。どちらの会社を売却するのか、どの適格類型を使うのかによって確認すべき要件が変わるためです。

第2章分割型分割と分社型分割の違い

（1）分割型分割

税務上の分割型分割は、典型的には会社分割の対価となる資産が分割法人の株主等へ交付される分割です。ただし、法人税法上は一定の無対価分割も分割型分割に含まれます。

例えば、オーナー個人がA社を保有し、A社から不動産事業を新設B社へ分割したとします。典型的な分割型分割としてB社株式がオーナーへ交付されれば、分割後はオーナーがA社とB社の両方を直接保有する形になります。

その後A社の株式だけを第三者へ譲渡すれば、不動産を保有するB社をオーナー側へ残すことができます。

（2）分社型分割

税務上の分社型分割は、典型的には分割対価資産が分割法人の株主等へ交付されず、分割法人側に残る分割です。こちらも一定の無対価分割を含みます。

例えばA社がB社を子会社として保有し、A社の事業をB社へ会社分割で移転した場合、A社がB社株式を保有する親子会社関係になります。その後B社株式を買主へ譲渡すれば、切り出した事業をB社ごと売却できます。

なお、一定の適格分割では、分割承継法人の株式だけでなく、その100％親法人に相当する分割承継親法人の株式を対価とする、いわゆる三角分割も制度上認められています。

第3章会社分割後に株式を売ると非適格になるのか

「会社分割の後に株式を売却すると適格分割にはならない」と一律に考えることはできません。

（1）分割法人を売却するケース

国税庁の「企業グループ内の分割型分割における株式の保有関係について」では、同一の者がA社とB社を保有し、A社からB社へ分割型分割を行った後、A社株式の51％を第三者へ譲渡する事例が示されています。

この事例では、分割後も同一の者とB社との完全支配関係が継続する見込みであるため、A社株式の譲渡予定は、その完全支配関係継続要件の判定には影響しないとされています。

また、単独新設分割型分割についても、平成29年度税制改正後は、一定の場合、分割後の同一の者と分割承継法人との完全支配関係の継続が問題となり、分割法人側との完全支配関係の継続までは求められないことが国税庁から示されています。

したがって、一定の分割型分割では、分割法人株式を売却する予定があるという理由だけで適格性を失うわけではありません。

（2）分割承継法人を売却するケース

一方、分割承継法人の株式を売却する場合には別の確認が必要です。

国税庁の「分割後に分割承継法人が上場する場合の株式継続保有要件について」では、共同事業要件に基づく分社型分割について、分割承継法人株式の売却が分割時点から具体的に予定されていた場合には、株式継続保有要件を満たさないとされています。

反対に、分割時点では具体的な売却予定がなく、分割後に事情が変わって売却を決めた場合には、その事後的な売却は分割時点の株式継続保有要件に影響しないとされています。

つまり、「どの会社の株式を売るのか」だけでなく、「分割時点でどこまで具体的な売却計画が存在しているのか」も重要です。

第4章適格分割と非適格分割では何が違うのか

（1）適格分割

適格分割では、移転する資産・負債について税務上の帳簿価額による引継ぎ・譲渡が行われます。

例えば、税務上の帳簿価額1億円、時価3億円の不動産を会社分割で移転するとします。適格要件を満たす場合、その会社分割の時点で2億円の含み益をそのまま譲渡益として認識する仕組みではありません。

これは税負担が消滅するという意味ではなく、資産に内在する課税関係を承継法人へ引き継ぐ、課税の繰延べです。

（2）非適格分割

非適格分割では、原則として移転する資産・負債を分割時の価額により譲渡したものとして譲渡損益を計算します。

長期間保有して時価が上昇した土地や建物を会社分割で移す場合、非適格となれば多額の譲渡益が生じる可能性があります。

不動産M&Aでは、「会社分割ができるか」だけではなく、「予定する会社分割がどの適格類型の要件を満たすのか」まで確認する必要があります。

（3）分割型分割では株主側の課税も確認する

不動産M&Aでは、法人側の課税だけを見ていてはいけません。

分割型分割では、対価の有無や内容によって、分割法人の株主側にも課税関係が生じることがあります。なお、税務上の分割型分割には一定の無対価分割も含まれるため、すべての分割型分割で株主へ株式等が交付されるわけではありません。

個人株主については、特に「みなし配当が生じるか」と「会社分割時の株式の譲渡損益が認識されるか、それとも繰り延べられるか」を分けて確認する必要があります。

所得税法第25条では、適格分割型分割を除く分割型分割により一定の金銭その他の資産の交付を受けた場合、その一部が配当等とみなされる仕組みがあります。

一方、株式の譲渡損益については、分割対価として分割承継法人または分割承継親法人の株式以外の資産が交付されず、その株式が持株割合に応じて交付されるなど一定の要件を満たす場合には、課税が繰り延べられます。

したがって、法人税上の適格・非適格だけで株主側のすべての課税関係が決まるわけではありません。

オーナー個人が株式を保有する会社では、会社分割時の法人側の譲渡損益、株主側のみなし配当、株主側の株式譲渡損益、その後の株式譲渡に対する課税まで通して試算することが重要です。

第5章適格分割なら不動産取得税も非課税になるのか

法人税上の適格分割と、不動産取得税の非課税判定は別に確認する必要があります。

地方税法第73条の7第2号では、一定の会社分割による不動産取得について、不動産取得税を非課税としています。そのためには地方税法施行令第37条の14に定める要件を満たす必要があります。

（1）主な非課税要件

都道府県の公式案内では、主に次の事項が確認されています。

分割承継法人株式以外の資産を対価として交付しないこと
分割型分割で株式を交付する場合は、持株割合に応じて交付すること
分割事業に係る主要な資産・負債が承継会社へ移転すること
分割した事業が承継会社で引き続き営まれる見込みであること
分割事業に係る従業者のおおむね80％以上が分割後に承継会社の業務に従事する見込みであること

ここで法人税との違いが表れる場合があります。

法人税上の適格分割では、一定の要件の下で分割承継親法人株式を対価とする三角分割も認められています。一方、不動産取得税の会社分割非課税では、都道府県の公式案内上、分割承継法人の株式以外の資産が交付されないことが要件とされています。

法人税上は適格となる組織再編であっても、不動産取得税の非課税要件をそのまま満たすとは限りません。

第6章不動産取得税が非課税でも登録免許税は別にかかる

会社分割によって不動産の名義を変更する場合、登録免許税も確認する必要があります。

会社分割による不動産の所有権移転登記は、原則として不動産の価額に対して1000分の20、つまり2.0％です。課税標準となる不動産価額は、固定資産課税台帳に登録された価格がある場合には原則としてその価格です。

例えば、登録免許税の課税標準となる不動産価額の合計が3億円であれば、3億円×2.0％＝600万円となります。

不動産を複数移転する組織再編では、法人税の課税繰延べだけを見ていると、登録免許税の負担を見落とすことがあります。

なお、産業競争力強化法に基づく認定事業再編計画等については、一定の登録免許税軽減措置が設けられています。通常の会社分割すべてに適用される制度ではないため、認定要件や適用期限を別途確認します。

第7章会社分割と事業譲渡は何が違うのか

不動産や事業を別会社へ移す方法には、会社分割だけでなく事業譲渡もあります。両者は法務・税務の仕組みが異なります。

論点	会社分割	事業譲渡
資産・負債	分割契約・分割計画に従い承継	原則として個別に譲渡
法人税	適格なら課税繰延べ、非適格なら時価課税が問題	原則として個別資産の譲渡損益を計算
不動産取得税	一定の会社分割は非課税	原則として通常の取得として判定
登録免許税	不動産移転は原則2.0％	売買等の登記原因に応じて課税
消費税	会社分割による資産移転自体は原則として課税対象外	建物等の課税資産は課税対象となり得る。土地は非課税
契約・従業員	会社分割特有の承継手続あり	個別の契約移転等を検討

会社分割による資産移転自体は、消費税上は原則として資産の譲渡等に該当せず、課税対象外と整理されます。

ただし、会社分割後の消費税について確認が不要という意味ではありません。消費税法には分割等があった場合の納税義務の免除の特例があり、承継法人について分割法人の課税売上高等を使って納税義務を判定する場合があります。

一方、事業譲渡では、課税事業者が事業用建物や設備等を有償で譲渡すれば、原則として消費税の課税対象となります。土地や借地権の譲渡は非課税です。

M&A・株式売却に伴う個人株主側の税負担については、M&Aの売却益とミニマムタックスでも解説しています。

第8章不動産M&Aでは税金以外の手続も重要

（1）借入金・抵当権

不動産会社では、不動産と借入金がセットになっているケースが多くあります。どの不動産とどの借入金を承継させるのか、抵当権をどう扱うのか、金融機関との契約上どのような手続が必要なのかを確認します。

主要な資産・負債の移転は、不動産取得税の会社分割非課税要件の一つです。また、法人税上も、支配関係に基づく一定の適格分割や共同事業要件に基づく適格分割では要件となります。

ただし、法人税上のすべての適格分割で主要資産・負債移転要件が要求されるわけではありません。どの適格類型を適用するのかを先に確認する必要があります。

（2）賃貸借契約・管理契約等

会社分割では、分割契約・分割計画に定めた権利義務を承継させることができます。

一方、許認可や契約上の地位がどのように扱われるかは、個別の法律や契約内容によって異なります。賃貸借契約、管理委託契約、保証契約、融資契約などについて、会社分割後も予定どおり事業を続けられるかを確認します。

（3）従業員

会社分割には、会社分割に伴う労働契約の承継等に関する法律による独自の手続があります。分割会社は対象となる労働者へ必要な通知を行い、一定の場合には異議申出の機会を設けます。

（4）債権者保護手続

会社分割では、内容によって債権者が異議を述べることができる場合があります。その場合、会社法上の公告・催告や異議申述期間を見込んでスケジュールを組む必要があります。

不動産を自社グループ内で動かす他の論点については、自分の会社へ不動産を安く売る場合の税務、相続・資産管理会社との関係は不動産オーナーの法人化と相続税対策も参考になります。

第9章不動産M&Aは株式譲渡契約を結ぶ前に設計する

不動産M&Aで会社分割を使う場合、最終的な株式譲渡契約を締結してから組織再編を考えるのでは、選択肢が狭くなることがあります。

少なくとも、次の事項を先に整理します。

最終的に買主へ売却する会社はどの会社か
売主側へ残す不動産はどれか
不動産と借入金をどの会社へ承継させるか
分割型・分社型のどちらを使うか
新設分割・吸収分割のどちらを使うか
分割後の株式を誰が保有するか
分割時点でどの株式の売却が具体的に予定されているか
法人税上の適格要件を満たすか
個人株主にみなし配当や株式譲渡損益が生じるか
不動産取得税の非課税要件を満たすか
登録免許税等を含めた総コストはいくらか

会社分割と株式譲渡は別々に見るのではなく、M&A後の最終的な資本関係から逆算して検討することが重要です。

よくある質問

Q1. 会社分割で不動産を移せば法人税はかかりませんか?

会社分割であれば法人税がかからないわけではありません。法人税上の適格分割に該当すれば、移転資産・負債について税務上の帳簿価額による引継ぎ等となり、含み益への課税が繰り延べられる場合があります。非適格分割では、原則として移転する資産・負債を分割時の価額で譲渡したものとして譲渡損益を計算します。

Q2. 適格分割なら不動産取得税も非課税ですか?

法人税上の適格分割であることだけでは判断できません。不動産取得税については、地方税法および地方税法施行令に基づき、対価、主要な資産・負債の移転、事業継続、従業者のおおむね80％以上の従事見込みなどの要件を別途確認します。

Q3. 会社分割による不動産移転の登録免許税はいくらですか?

会社分割による不動産の所有権移転登記は、原則として不動産価額の2.0％です。不動産価額が大きい場合は登録免許税も大きくなるため、会社分割を選択する前に具体的な金額を試算します。

Q4. 会社分割の直後に元の会社を売っても適格分割になりますか?

ケースによっては適格性を維持できる可能性があります。国税庁は、一定の分割型分割について、分割後に分割法人株式を第三者へ売却する予定があっても、分割承継法人との完全支配関係継続要件の判定に影響しない事例を示しています。資本関係や分割方式ごとの個別判定が必要です。

Q5. 分割した新会社をすぐ売っても適格分割になりますか?

分社型分割などでは注意が必要です。国税庁は共同事業要件に関する事例で、分割承継法人株式の売却が分割時点から具体的に予定されている場合には株式継続保有要件を満たさない一方、分割後に事後的に売却を決めた場合には同要件に影響しないとしています。

Q6. 不動産M&Aを検討する場合、いつ税理士に相談すればよいですか?

できれば、最終的な株式譲渡契約を締結する前の段階で相談することをおすすめします。何を切り出すか、借入金をどう承継させるか、会社分割後にどの会社を売却するかによって、法人税、株主側課税、不動産取得税、登録免許税の結論や負担額が変わるためです。

まとめ：会社分割と株式譲渡を一つの取引として考える

不動産を保有する会社のM&Aでは、会社分割を使うことで、買主へ引き継がせたい事業・不動産と、売主側へ残したい不動産を分けられる場合があります。

しかし、会社分割を行えば自動的に税負担を抑えられるわけではありません。法人税では適格分割か非適格分割かを判定し、分割型分割では個人株主側のみなし配当と株式譲渡損益を別に確認します。

さらに、不動産取得税では法人税とは別の非課税要件を確認し、不動産の移転登記には登録免許税も発生します。

会社分割後に株式譲渡を予定する場合には、「どの会社の株式を誰が、どの時点から売却する予定なのか」まで確認する必要があります。M&A後の最終形から逆算して、会社分割と株式譲渡を一体で設計することが重要です。

※本記事は令和8年9月20日時点の法令・国税庁公表資料等を基に作成しています。会社分割の適格性、不動産取得税の非課税、株主側課税、会社法上の手続等は、資本関係、承継する事業・資産・負債、対価、従業者、分割後の株式保有・売却計画などによって結論が異なります。個別の事実関係に基づく確認が必要です。

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不動産M&Aの実行後に税務署から確認を受けた場合の相談については、「大阪の税務調査に強い国税OB税理士」のページもあわせてご覧ください。

引用・参考文献

この記事を書いた人

市田佳祐（いちだけいすけ）
税理士。市田税理士事務所代表（大阪市）。平成23年に大阪国税局入局後、令和5年6月まで国税職員として勤務し、同年8月に税理士登録（登録番号151935、近畿税理士会所属）。大阪国税局では資料調査課にて国際課税や富裕層に対する調査事務に従事したほか、総務課、個人課税課において税務行政に関する事務に従事。1級FP技能士。
共著に『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）、『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）に寄稿。

カテゴリー: 不動産業、事業承継・M＆A

タグ: M＆A