滋賀で税務調査の連絡が来たら?｜元国税調査官が対応の流れを解説
市田佳祐著者：市田佳祐（税理士・元国税調査官／大阪国税局 資料調査課 出身）
「大津の税務署から調査の電話が来た。何をすればいいのか分からない」
「会社勤めの傍らで副業をしている。滋賀の自宅にも調査は来るのか」
「滋賀で税務調査に詳しい税理士が見つからない。大阪の税理士に頼めるのか」
私は元国税調査官（大阪国税局 個人課税課・資料調査課）の税理士です。滋賀県内の税務署は、すべて私が勤務していた大阪国税局の管轄です。この記事では、滋賀で税務調査の連絡が来た方に向けて、管轄の仕組み、初動対応、調査の流れ、副業や無申告の場合の考え方を、元調査官の立場から解説します。
結論：滋賀の税務調査は大阪国税局管内。初動で事実関係と資料を整理することが重要
滋賀県内の7つの税務署（大津・草津・水口・近江八幡・彦根・長浜・今津）は、いずれも大阪国税局の管轄です。税務調査の手続は国税通則法に基づく全国共通の枠組みで進み、「滋賀だから調査が来ない」ということはありません。
一方で、調査の連絡（事前通知）が来ても、その場で結論を出す必要はありません。通知内容の確認、資料の整理、税理士への相談を早めに行うことで、説明の正確性を高め、調査対応の負担や不要な誤解を減らすことができます。税理士への依頼に都道府県単位の地域制限はなく、滋賀県内の方が大阪の税理士に依頼することも可能です。
この記事でわかること
- 滋賀県内の7つの税務署と管轄区域
- 調査官が重点的に確認するポイント（元調査官の視点）
- 事前通知が来たときの初動対応と、調査終了までの流れ
- 副業・無申告の場合のリスクと、期限後申告・修正申告の加算税
- 滋賀から税務調査に強い税理士へ依頼する方法
1. 滋賀の税務調査は誰が行うのか：県内7税務署と大阪国税局
滋賀県には国税局が置かれておらず、大阪国税局が滋賀県を管轄しています（大阪国税局の管轄は大阪府・京都府・兵庫県・奈良県・滋賀県・和歌山県の2府4県です）。個人の方への税務調査は、原則として納税地（通常は住所地）を管轄する税務署が担当します。県内の7つの税務署と管轄区域は次のとおりです（国税庁サイトで確認・令和8年7月時点）。
| 税務署 | 主な管轄区域 |
|---|---|
| 大津税務署（大津市京町） | 大津市 |
| 草津税務署（草津市大路） | 草津市・守山市・栗東市・野洲市 |
| 水口税務署（甲賀市水口町） | 甲賀市・湖南市 |
| 近江八幡税務署（近江八幡市桜宮町） | 近江八幡市・東近江市・蒲生郡 |
| 彦根税務署（彦根市立花町） | 彦根市・愛知郡・犬上郡 |
| 長浜税務署（長浜市高田町） | 長浜市・米原市 |
| 今津税務署（高島市今津町） | 高島市 |
また、事案の規模や内容、収集された資料情報等によっては、税務署ではなく大阪国税局の担当部署（資料調査課など）が直接調査する場合があります。私が在籍していた資料調査課は局の管轄区域全体を対象としており、滋賀県内の事案も大阪の局から担当していました。電話で連絡を受けたら、まず「どこの所属の、誰からの連絡か」を確認してください。
2. 調査官が重点的に確認するポイント（元調査官の視点）
調査官は、何も情報を持たずに来るわけではありません。調査先の選定や事前準備では、申告書のほか、取引先から提出された支払調書などの法定調書、過去の申告・調査情報、不動産の登記情報などの資料情報が分析されます。国税庁は、申告漏れの可能性が高い納税者の選定にAIを活用しており、地域を問わずデータに基づいた選定が進んでいます。事案によっては、調査の過程で金融機関への照会や取引先への反面調査が行われることもあります。
「現金で受け取った売上だから分からないだろう」という考えは通用しにくく、仕入や外注費、通帳の入金記録といった周辺情報から、収入の規模は推測される傾向があります。通帳がどのように確認されるかは「税務調査で通帳はどこまで見られる?」で詳しく解説しています。
私が資料調査課（国税局で大口事案・悪質事案を担当する部署。通称「料調」）で調査事務に従事していた経験から言えば、調査官は臨場前の準備段階で、収集した資料からある程度の見立てを立てています。あいまいな記憶のまま答えると、事実と異なる回答が記録に残るおそれがあるため、分からないことは「確認して後日回答します」と伝えて差し支えありません。
3. 滋賀の事業者・会社員でも問題となり得る主な論点
特定の業種や地域に調査が集中するという意味ではなく、事業や収入の構造上、申告誤りが起きやすい論点があるという趣旨で、主な論点を挙げます。
- 副業・兼業の申告漏れ：給与所得者であっても、副業やネット取引による所得に申告漏れがあれば、実地調査や簡易な接触の対象になり得ます。国税庁は、プラットフォームを介したシェアリングエコノミー、ネット通販、ネット広告などについて、資料情報を収集・分析し、積極的に調査するとしています。
- 製造業・建設業の外注費：外注費と給与の区分、工事や作業の実態、契約書・請求書・振込記録、支払先の実在性、源泉徴収の要否などが確認されます。必要に応じて、支払先への反面調査が行われることもあります。
- 観光・宿泊関連：宿泊業や民泊で複数の予約サイトや決済事業者を利用している場合、手数料控除前の売上額と実際の入金額が異なることや、宿泊日と入金時期がずれることがあります。予約記録、売上台帳、入金額の整合性が確認されます。
- 無申告：開業から一度も申告していないケースです。国税庁は無申告を重点課題として調査に取り組む方針を公表しています。
4. 事前通知が来たときの初動対応
実地調査の多くは、税務署からの電話による事前通知（対象税目・対象期間等の通知）から始まります。押さえておきたいのは次の3点です。
（1）日程をその場で即答しない
提示された日程の都合が悪い場合、合理的な理由があれば、税務署と協議して変更を求めることができます。合理的な理由としては、病気やけがによる一時的な入院、親族の葬儀等の一身上のやむを得ない事情、業務上やむを得ない事情などが例示されています。電話口では「予定を確認して折り返します」と伝えて構いません。
（2）通知事項を正確にメモする
税務署名・担当部門・担当者名・対象税目・対象期間・調査場所を控えます。対象期間が何年分かは、準備する資料の範囲を決める重要な情報です。
（3）税理士への相談を早めに決める
税理士に依頼すると、事前の資料整理から当日の立会い、指摘事項への対応まで一貫したサポートを受けられます。個人の方の調査対象の選ばれ方は「個人事業主・フリーランスに税務調査は来る?」も参考になります。
なお、電話ではなく「お尋ね」という文書が届くケースもあります。実地調査と行政指導では対応の考え方が異なるため、まず届いた連絡の性質を見極めることが重要です。詳しくは「税務署から「お尋ね」が届いたら」をご覧ください。また、事前通知をすると違法または不当な行為を容易にし、正確な課税標準等の把握を困難にするおそれがある等と判断された場合には、法令に基づき事前通知のない調査が行われることもあります（国税通則法第74条の10）。現金取引があることだけで事前通知が省略されるわけではありません。その場合の対応は「無予告調査とは何か」で解説しています。
5. 調査当日から終了までの流れと質問応答記録書
調査当日は、事業の概況や仕事の流れの聞き取りから始まり、帳簿や請求書、通帳などの資料確認へ進むのが一般的です。調査に要する日数や期間は事案の内容や規模により異なり、その後も電話や資料のやり取りで調査が続くことがあります。
調査の過程で、調査官が納税者の説明を「質問応答記録書」という書面にまとめ、内容の確認や署名を求めることがあります。この書面は後の課税処分や重加算税の判断に影響することがあるため、署名を求められた場合は、記載内容を十分に確認し、実際の事実関係と異なる点や誤解を招く表現があれば訂正を求めることが重要です。私が共著した『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）でも整理しましたが、調査時の受け答えは記録されるため、事実を正確に確認しながら回答することが、その後の事実認定における不要な誤解を防ぐことにつながります。
調査結果の内容について説明を受け、指摘に納得できれば、修正申告または期限後申告を提出し、追納税額や加算税等を納付します。指摘に納得できず、自主的な申告を行わない場合には、税務署が更正または決定を行うことがあります。調査対象期間は、実務上は当初3年分とされることが多く、状況により5年分に広がります。偽りその他不正の行為があると認められる場合は、最長7年分までさかのぼることがあります（法律上の更正・決定ができる期間は原則5年です）。詳しくは「税務調査は何年分さかのぼる?」をご覧ください。
6. 無申告の場合はどうなるか：統計が示す現実
国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」（令和7年12月公表）によると、所得税の調査等の合計件数は全国で73万6千件、追徴税額は加算税を含め1,431億円と過去最高になりました。実地調査件数は約4万7千件（この件数には所得税と消費税の実地調査が含まれます）、簡易な接触は約68万9千件です。
特に、所得税の無申告者に対する実地調査（特別調査・一般調査）では、1件当たりの申告漏れ所得金額が2,992万円と、所得税の実地調査（特別調査・一般調査）全体の1,486万円の約2倍にのぼり、1件当たりの追徴税額も524万円と、同調査全体の299万円の1.8倍です。これらは全国の数字であり、滋賀県単独の統計ではありません。ただし、国税庁は全国的な方針として、無申告者に対して資料情報を活用し、実地調査や簡易な接触を積極的に実施するとしています。
7. 事前通知の前にできること：自主的な期限後申告・修正申告
無申告の期間がある方や申告誤りに気づいている方は、早く動くほど加算税の負担を抑えられる可能性があります。
所得税について、税務署から調査の事前通知を受ける前に自主的に期限後申告をした場合、無申告加算税は原則として納付すべき税額の5%です。事前通知後、調査による決定を予知する前に期限後申告をした場合、令和5年分以後は、納付すべき税額のうち50万円以下の部分は10%、50万円を超え300万円以下の部分は15%、300万円を超える部分は25%となります。決定を予知した後または税務署から決定を受けた場合は、それぞれ15%、20%、30%となります。延滞税は別途生じます（過年度分は法定申告期限により区分が異なります）。
一方、すでに期限内申告をしているものの、所得や税額を少なく申告していた場合は修正申告を行います。加算税の判定上の「調査通知」（実地調査を行う旨、調査対象となる税目および調査対象期間の3項目の通知）の前、かつ、調査による更正を予知する前に自主的に修正申告をした場合、過少申告加算税は原則として課されません。調査通知後、更正を予知する前に修正申告をした場合は、新たに納付する税額の5%、その税額のうち期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分については10%の過少申告加算税が原則として課されます。
すでに調査の事前通知を受けた後でも、調査による更正または決定を予知する前に期限後申告や修正申告を行うことで、調査結果を待って更正・決定を受ける場合より、加算税が軽くなることがあります。どの段階にいるかによって取扱いが異なるため、早めに専門家へ相談することをおすすめします。
8. 滋賀から税理士に依頼するには
相談先を選ぶ際は、税務調査の対応経験、特に調査する側の実務を知っているかどうかを確認するとよいでしょう。税理士業務に都道府県単位の地域制限はないため、滋賀県内の方が大阪の税理士に依頼することも可能です。資料のやり取りや打ち合わせの多くはオンラインや電話で完結します。当事務所（大阪市）も、滋賀を含む関西全域の税務調査に対応しています。顧問契約がない方のスポット対応や、顧問税理士がいる方の調査立会いのみのご依頼も可能です。
よくある質問
Q1. 滋賀の税務調査は、どこの組織が担当しますか?
原則として納税地を管轄する税務署が担当します。納税地は通常は住所地ですが、事業所等を納税地としている場合もあります。滋賀県内には大津・草津・水口・近江八幡・彦根・長浜・今津の7つの税務署があり、いずれも大阪国税局の管轄です。事案の規模や内容等によっては、大阪国税局の担当部署が直接調査する場合もあります。
Q2. 滋賀県内の事業者でも、大阪の税理士に調査対応を依頼できますか?
依頼できます。税理士業務に都道府県単位の地域制限はなく、資料のやり取りや打ち合わせの多くはオンラインで完結します。当事務所も滋賀を含む関西全域に対応しており、滋賀県内での調査立会いも承っています。
Q3. 会社員ですが、副業の収入について調査が来ることはありますか?
あります。給与所得者であっても、事業収入やネット取引の収入について申告漏れや無申告があれば、調査や簡易な接触の対象になり得ます。国税庁は、インターネット取引について資料情報を収集・分析し、調査に活用しています。心当たりがある場合は、連絡が来る前の自主的な申告をおすすめします。
Q4. 税務調査は何年分さかのぼりますか?
実務上は当初3年分とされることが多く、状況により5年分に広がります。偽りその他不正の行為があると認められる場合は、最長7年分までさかのぼることがあります。事前通知が行われる場合、当初の調査対象期間は事前通知の際に伝えられます。
Q5. 無申告のまま調査の連絡が来ました。どうすればよいですか?
放置せず、収入の分かる資料（通帳・支払明細など）を集めたうえで、早急に税理士に相談してください。事前通知を受けた後でも、調査による決定を予知する前に期限後申告を行うことで、加算税が軽くなる場合があります。
Q6. 事前通知なしで調査官が来ることはありますか?
あります。事前通知をすると違法または不当な行為を容易にし、正確な課税標準等の把握を困難にするおそれがある等と判断された場合には、法令に基づき無予告の調査が行われることがあります。現金取引があることだけが理由になるわけではありません。その場合も、税理士へ連絡し、立会いを希望する旨を伝えることはできます。ただし、納税者側の一方的な判断で調査を拒否又は延期できるとは限りません。
まとめ：滋賀の税務調査では、初動で事実関係と資料を整理することが重要
滋賀県内の税務調査は、原則として県内7つの税務署が担当します。いずれも大阪国税局の管轄にあり、調査は全国共通の法令と手続に基づいて行われます。連絡が来たら、相手の所属の確認、合理的な理由がある場合の日程協議、資料の整理、税理士への相談という初動を落ち着いて進めることが、説明の正確性を高め、不要な誤解を防ぐことにつながります。
無申告の場合は、調査の事前通知前に自主的に期限後申告をすれば、無申告加算税は原則5%です。期限内申告済みで税額の不足に気づいた場合も、調査通知前、かつ、更正を予知する前に自主的に修正申告をすれば、過少申告加算税は原則として課されません。早く動くほど、加算税の負担を抑えられる可能性が残ります。一人で抱え込まず、税務調査の実務を知る専門家に早めにご相談ください。
税務調査の連絡が来た方、申告に不安がある方へ
市田税理士事務所は、元国税調査官（大阪国税局 資料調査課 出身）の税理士が運営する事務所です。調査官側の実務を踏まえて、事前準備から調査立会い、指摘事項への対応までサポートします。ご依頼内容に応じて、当事務所で対応するほか、必要に応じて外部専門家との連携も検討し、状況に応じた適切な対応を提供します。
顧問契約・税務調査に関する初回相談は無料です。ただし、個別具体的な税務判断、セカンドオピニオン等はスポット相談として有料にて承ります。関西全域・オンラインで全国対応。
滋賀に限らず、関西で税務調査の連絡が来てお困りの方は、対応の流れや料金をまとめた「大阪の税務調査に強い国税OB税理士」のページもあわせてご覧ください。
引用・参考文献
- 国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」（令和7年12月公表）
- 国税庁「税務署所在地・案内（大阪国税局・滋賀県）」
- 国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」
- 国税庁タックスアンサーNo.2024「確定申告を忘れたとき」
- 国税通則法第65条（過少申告加算税）、第66条（無申告加算税）、第74条の9（事前通知）、第74条の10（事前通知を要しない場合）、第70条（国税の更正、決定等の期間制限）
- 市田佳祐（共著）『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）
- 市田佳祐「所得税 接触方法を見極めた上で対応の検討を」『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）
この記事を書いた人
市田佳祐（いちだ けいすけ）
税理士。市田税理士事務所代表（大阪市）。平成23年に大阪国税局入局後、令和5年6月まで国税職員として勤務し、同年8月に税理士登録（登録番号151935、近畿税理士会所属）。大阪国税局では資料調査課にて国際課税や富裕層に対する調査事務に従事したほか、総務課、個人課税課において税務行政に関する事務に従事。1級FP技能士。
共著に『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）、『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）に寄稿。
