適格組織再編と非適格組織再編の違い｜課税繰延べと要件を元国税調査官が解説

著者：市田佳祐（税理士・元国税調査官）

「100％子会社を合併すれば、税金は発生しないのか」
「適格組織再編と非適格組織再編では、税務上どのような違いがあるのか」
「会社分割を行う場合、どのような条件を満たせば課税が繰り延べられるのか」

合併や会社分割などの組織再編を検討する際、税務上の重要な論点となるのが、適格組織再編と非適格組織再編の判定です。

組織再編の目的が同じでも、税制適格要件を満たすかどうかによって、移転する資産の譲渡損益の取扱いが異なります。組織再編の実施時に多額の課税所得が発生する場合もあります。

私は大阪国税局で個人課税や富裕層に対する調査事務に従事した後、税理士として法人税務や税務調査に関する相談に携わっています。

この記事では、適格組織再編と非適格組織再編の違い、税制適格要件の基本的な考え方、具体的な計算例、実務上の注意点を解説します。

結論：適格組織再編では一定の譲渡損益の課税が繰り延べられる

適格組織再編とは、法人税法に定める一定の要件を満たす組織再編です。

合併や会社分割などにより法人の資産が他の法人へ移転する場合、原則として時価を基礎とした譲渡損益の認識が問題となります。

しかし、組織再編の前後で移転資産に対する支配が継続するなど、所定の要件を満たす場合には、税務上の帳簿価額による引継ぎ等が認められます。これにより、資産の含み損益について組織再編時点の課税を繰り延べることができます。

ただし、上記は合併や会社分割など、法人間で資産が移転する類型を中心とした整理です。株式交換・株式移転では完全子法人の資産自体は親会社へ移転せず、非適格の場合に一定の資産について時価評価課税が問題となります。

また、適格組織再編による課税繰延べは、税金が免除されることを意味しません。

第1章 適格組織再編と非適格組織再編とは

（1）組織再編では資産の含み損益が問題になる

法人が保有する資産には、税務上の帳簿価額と時価に差が生じているものがあります。

例えば、20年前に1,000万円で取得した土地が、現在では5,000万円の価値になっている場合です。税務上の帳簿価額が1,000万円であれば、4,000万円の含み益があります。

通常、この土地を時価で他社へ譲渡した場合には、譲渡損益を計算する必要があります。会社分割により土地を含む事業を別会社へ移転する場合も、資産の譲渡に関する税務処理が問題となります。

（2）適格組織再編で課税を繰り延べる理由

財務省は、組織再編の前後で経済実態に実質的な変更がない場合には、譲渡損益の計上を繰り延べると説明しています。

例えば、親会社が100％保有する子会社の事業を、所定の要件を満たす会社分割によって同じ企業グループ内の会社へ移転する場合です。

資産の所有法人が変わっても、その資産に対する経済的な支配が実質的に継続していると考えられる取引について、帳簿価額による引継ぎ等を認める仕組みです。

（3）課税繰延べは非課税とは異なる

適格組織再編では、原則として含み益を引き継いだ状態が継続します。

例えば、帳簿価額1,000万円、時価5,000万円の土地を適格会社分割により承継させた場合、移転先の法人は原則として税務上の帳簿価額1,000万円を引き継ぎます。

その後、移転先法人が土地を第三者へ5,000万円で売却すれば、その時点で4,000万円の譲渡益が生じることになります。

適格組織再編は課税のタイミングを繰り延べる制度であり、含み益が消滅する制度ではありません。

合併・会社分割・株式交換など組織再編の全体像は、組織再編とは？｜合併・会社分割・株式交換の違いと税務の基本を解説もあわせてご覧ください。

第2章 組織再編で税務上確認すべきポイント

適格判定では、契約内容だけでなく、再編前後の資本関係や事業の状況を確認する必要があります。以下は法令上の要件と実務上の確認事項であり、国税当局が公表した重点調査項目ではありません。

（1）誰が会社の株式を保有しているか

例えば、A社がB社の株式を100％保有する場合と、60％保有する場合とでは、適用する適格要件が異なります。

同じ経営者や親族が複数社の株式を保有する場合には、直接保有だけでなく、間接保有や同一の者による支配関係も確認します。「同じ社長だから適格」と判断することはできません。

（2）再編後も支配関係や事業が継続するか

適格判定では、再編直前だけでなく再編後の状況も重要です。

資本関係が継続する見込みがあるか、移転事業が継続するか、従業者が引き続き事業に従事するかなどが問題となります。これらの要件の適用関係は、再編の種類や資本関係によって異なります。

（3）交付する対価と資産移転の内容

合併や会社分割では、株式を交付するのか、金銭等を交付するのかも重要です。

適格組織再編では、原則として所定の株式以外の資産を交付しないことが要件となる類型があります。ただし、一定の合併・株式交換には例外があります。

会社分割や現物出資では、移転する事業の主要な資産・負債が適切に承継されるかも検討します。

（4）組織再編の実態を説明できるか

私が大阪国税局で調査事務に従事していた経験から言えば、複数の取引が連続する場合、それぞれの取引だけでなく、一連の経緯を確認する視点が重要です。

再編直前の株式譲渡・増資、再編後の株式売却などが予定される場合には、資本関係の形成目的、再編後の経営体制、事業上の必要性を客観的な資料により説明できるよう整理することが重要です。

これらの取引が直ちに問題になるという意味ではありません。個別の事実関係に基づく判断が必要です。

第3章 適格と非適格で税金はどう変わるか

（1）土地の移転を例に比較する

A社は不動産賃貸事業を営み、その事業に使用する土地を保有しています。

この土地を含む不動産賃貸事業を、A社からB社へ会社分割により承継させる場合を考えます。土地の譲渡損益に着目し、他の移転資産・負債や税務上の調整は考慮しません。

（2）適格会社分割の場合

適格会社分割では、原則として税務上の帳簿価額を基礎に資産が引き継がれます。この例では、B社が土地の税務上の帳簿価額1,000万円を引き継ぎ、600万円の含み益について分割時点の課税が繰り延べられます。

その後にB社が土地を売却すれば、引き継いだ税務上の帳簿価額を基礎として譲渡損益を計算します。

（3）非適格会社分割の場合

非適格分社型分割により土地を移転し、時価1,600万円による譲渡として取り扱われる場合には、A社の譲渡益が問題となります。

1,600万円（時価）－1,000万円（税務上の帳簿価額）＝600万円（譲渡益）

この600万円は、他の税務上の調整を考慮しない場合、A社の所得金額の計算に反映されます。600万円がそのまま納税額になるわけではありません。

実際の課税関係は、分社型分割・分割型分割の区分、対価や移転資産・負債の内容などによって異なります。

（4）適格と非適格の違いを整理する

このように、適格判定は再編時の課税所得だけでなく、移転先法人の税務上の帳簿価額にも影響します。

なお、会社分割と不動産の低額売買は別の取引です。個人と法人間の売買については、自分の会社へ不動産を安く売るとどうなる？も参考になります。

第4章 適格組織再編を判定する3つの基本的な関係

（1）完全支配関係のある法人間の組織再編

完全支配関係とは、基本的には一方の法人が他方の法人の発行済株式等を直接又は間接に100％保有する関係や、同一の者による100％の支配関係などをいいます。

例えば、A社がB社の発行済株式を100％保有する場合です。この場合でも、所定の対価要件や完全支配関係の継続要件などの確認が必要です。

無対価合併や、同一株主が複数社を保有する場合も、個別の適格要件を確認する必要があります。

（2）支配関係のある法人間の組織再編

支配関係とは、基本的には発行済株式等の50％超を直接又は間接に保有する関係などをいいます。例えばA社がB社株式の60％を保有する場合です。

この類型では、資本関係の継続だけでなく、事業の実態に関する要件が設けられています。

• 支配関係が継続する見込みがあるか
• 主要な資産・負債が移転するか（会社分割・現物出資等）
• 従業者のおおむね80％以上が所定の業務に従事する見込みがあるか
• 移転事業等が組織再編後も継続する見込みがあるか

これらは、組織再編の種類によって適用関係が異なります。株式交換では完全子法人の資産自体は移転しないため、その事業や従業者に着目して判定します。

（3）共同で事業を行うための組織再編

再編前に一定の資本関係がない法人同士でも、共同事業を行うための組織再編として適格要件を満たす場合があります。

独立したA社とB社が事業統合のために合併する場合などでは、主に次の要件を検討します。

• 両社の事業に関連性があること
• 事業規模がおおむね5倍以内、又は所定の特定役員要件を満たすこと
• 従業者・事業の継続に関する要件を満たすこと
• 所定の株式継続保有要件を満たすこと

事業規模では売上金額、従業者数、資本金の額などを比較します。ただし、5倍以内だけで適格判定が完結するわけではなく、再編類型に応じた他の要件も確認します。

なお、令和7年4月1日以後に行われる一定の協同組合等のみを当事者とする共同事業のための合併又は分割型分割では、事業規模比5倍以内要件と特定役員引継要件を除外する特例があります。一般の株式会社に広く適用されるものではありません。

（4）3つの類型の比較

独立して事業を行うための分割や株式分配についても一定の適格要件があります。上記3類型は組織再編税制の要件を網羅するものではありません。

第5章 金銭等の交付と無対価組織再編の注意点

（1）金銭等不交付要件と3分の2以上の特例

適格組織再編では、原則として所定の株式以外の資産を対価として交付しないことが要件となる類型があります。しかし、一定の合併や株式交換については例外があります。

例えば、合併法人が被合併法人の発行済株式等の3分の2以上を合併直前に保有している場合、合併法人以外の株主等に金銭等を交付しても、その金銭等は適格合併の金銭等不交付要件の判定上、例外として取り扱われます。

株式交換についても、株式交換完全親法人が、株式交換完全子法人の自己株式を除く発行済株式の3分の2以上を交換直前に保有している場合には、所定の例外があります。

ただし、これは交付対価に関する要件の例外です。資本関係の継続や事業・従業者の継続など、適用される他の適格要件は別途確認する必要があります。

したがって、「現金を交付すれば非適格になる」とも、「3分の2以上保有していれば適格になる」とも一律には判断できません。

（2）無対価合併・無対価分割とは

無対価組織再編とは、株主等に株式や金銭等の対価を交付しない組織再編をいいます。

例えば、親会社が100％子会社を吸収合併する場合には、無対価合併が利用されることがあります。

無対価であっても、親子会社間か兄弟会社間かなどによって、適格判定の要件が異なります。無対価であること自体が適格性を保証するわけではありません。

（3）組織再編前に株式を移動する場合

無対価合併の実施に先立ち、少数株主から株式を取得したり、株主間で持株割合を調整したりする場合があります。

この場合、株式の譲渡価額、株主間の利益移転、資本関係の変化、一連の取引の経済的実態などを確認する必要があります。

株式の移動自体が直ちに問題となるわけではありませんが、適格判定は関係する各時点の事実に基づいて行うことが重要です。

第6章 組織再編の種類によって課税関係は異なる

（1）合併の課税関係

合併では、被合併法人の資産・負債が合併法人に承継されます。

非適格合併では、原則として時価を基礎に移転資産等の譲渡損益を計算します。適格合併では、法人税法第62条の2に基づき、所定の帳簿価額による引継ぎが認められます。

ただし、合併により引き継ぐ繰越欠損金の取扱いは、別の規定による判定が必要です。

（2）会社分割の課税関係

適格分割型分割は法人税法第62条の2により、所定の帳簿価額による引継ぎが認められます。

適格分社型分割では、法人税法第62条の3に基づき、所定の帳簿価額による譲渡として取り扱われます。

一方、非適格会社分割では、原則として時価を基礎とした譲渡損益が問題となります。分割型分割と分社型分割では法人・株主の課税関係が異なります。

（3）株式交換・株式移転の課税関係

株式交換・株式移転では、対象法人の株式が完全親法人に取得されます。完全子法人の土地や建物などが親法人に直接移転するわけではありません。

しかし、非適格株式交換等では、法人税法第62条の9に基づき、完全子法人の保有する一定の時価評価資産について評価損益を認識する場合があります。

会社分割などの移転資産の譲渡損益と、株式交換等の時価評価課税は区別して検討します。

合併を行う場合の手続と税務上の取扱いは、合併とは？｜吸収合併・新設合併の違いと会社法の手続・税務上の注意点を解説もあわせてご覧ください。

第7章 法人と株主では課税関係が異なる

（1）法人側の適格判定だけでは完結しない

合併では、被合併法人の資産・負債について適格・非適格を判定します。

一方、株主については受領する対価によって、株式譲渡損益やみなし配当を確認します。法人が適格であることと、株主に課税関係が生じないことは同じではありません。

（2）株式のみを受領する場合

株主が合併法人等の所定の株式のみを受領する場合には、旧株式の譲渡損益について課税が繰り延べられる仕組みがあります。

例えば非適格合併でも、所定の株式のみを受領する株主の株式譲渡損益は繰り延べられることがあります。他方、みなし配当について別途課税関係が生じる場合があります。

法人側の適格要件と、株主側の課税繰延べの要件は区別が必要です。

（3）金銭等を受領する場合

合併等により株主が金銭等を受領する場合には、株式譲渡所得やみなし配当が問題となることがあります。

みなし配当は、受領額と株式取得費との差額を単純に計算するものではありません。交付を受けた金銭等の額や、その株式に対応する資本金等の額などに基づき計算します。

個人株主と法人株主では税務上の取扱いが異なります。M&Aにおける個人株主の課税については、M&Aの売却益とミニマムタックスも参考になります。

第8章 適格組織再編でも注意すべき税務上の制限

（1）適格合併と繰越欠損金の引継ぎ

適格合併では、一定の要件を満たす場合に被合併法人の未処理欠損金額を合併法人へ引き継ぐことができます。

適格合併に該当することと、繰越欠損金を制限なく引き継げることは別の問題です。

例えば、支配関係が生じてから一定期間を経過していない場合には、法人税法第57条に基づく引継制限が問題となります。

適格判定の「共同事業要件」と、繰越欠損金の引継制限に関する「みなし共同事業要件」は同一ではありません。

前者は共同で事業を行う組織再編の税制適格性に関する要件です。後者は一定の適格合併等における欠損金引継制限などの判定で問題となり、支配関係発生時からの事業規模の継続等についても検討が必要となる場合があります。

繰越欠損金を保有する会社を買収して合併する場合には、適格性と欠損金の引継ぎをそれぞれ判定する必要があります。合併法人側の欠損金利用制限にも注意が必要です。

（2）特定資産に係る譲渡等損失の制限

法人税法第62条の7は、一定の組織再編について、特定資産に係る譲渡等損失額の損金算入を制限する規定です。

含み損資産を保有する法人がグループ内で再編される場合には、再編前から存在する含み損の取扱いが問題となることがあります。

ただし、すべての含み損が制限対象ではありません。支配関係の継続期間、共同事業に関する要件、資産取得時期等による個別判定が必要です。

（3）法人税法第132条の2による行為計算否認

法人税法第132条の2は、組織再編に係る行為又は計算を容認した場合、法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるときに、所定の課税処理を行えるとする規定です。

適格要件を形式的に満たすため、通常想定されない取引を組み合わせる場合などには、規定の趣旨との関係で検討が必要です。

ただし、税負担の軽減を考慮したことだけで直ちに否認されるわけではありません。取引の経済合理性、事業目的、組織再編税制の趣旨・目的との関係を個別に判断します。

（4）会社法上の手続と適格判定は別に確認する

合併や会社分割には、契約・計画の作成、株主総会の承認、債権者保護手続などが問題となります。具体的な手続は組織再編の種類や当事者関係によって異なります。

会社法上の手続が有効でも、それだけで税務上の適格要件を満たすことにはなりません。会計上の簿価と税務上の簿価が異なる場合には、申告調整や引継価額の管理も必要です。

第9章 適格判定を誤らないための実務対応

（1）組織再編の目的を整理する

管理部門の集約、事業承継、事業リスクの分離、新規事業への資源集中など、経営上の目的を明確にします。

そのうえで合併、会社分割、株式交換などから方法を選択します。同じ目的でも選択した方法で税務上の取扱いが異なります。

（2）再編前後の資本関係を整理する

株主名簿や資本関係図を用いて、再編前後の株式保有割合を把握します。個人株主や親族、間接保有、再編後の株式異動予定も確認する必要があります。

（3）要件ごとに判定資料を残す

再編後に株式売却や事業譲渡を予定する場合には、その予定も判定に影響する可能性があります。

（4）適格判定と他の税務論点を分ける

法人側の譲渡損益、繰越欠損金、特定資産に係る損失、株主課税などは別々に要件を確認します。

消費税、登録免許税、不動産取得税等も再編方法や資産移転の内容によって検討が必要です。実施前に会社法・会計・税務を総合的に確認します。

事業承継に向けて不動産の法人化を検討する場合は、不動産オーナーの法人化と相続税対策もご覧ください。

よくある質問

Q1. 適格組織再編とは何ですか？

適格組織再編とは、法人税法に定める一定の要件を満たす組織再編です。合併や会社分割等では、帳簿価額による引継ぎ等が認められ、移転資産の譲渡損益に対する課税が原則として繰り延べられます。

Q2. 100％子会社を合併すれば適格合併になりますか？

100％子会社との合併では、完全支配関係に基づく適格合併が検討されます。ただし、無対価合併に関する要件や再編後の支配関係なども確認する必要があり、100％子会社という理由だけで一律には判断できません。

Q3. 適格組織再編では税金がかからないのですか？

適格組織再編では一定の譲渡損益について課税が繰り延べられますが、非課税と同じではありません。株主課税、他の税目、将来の資産譲渡時の課税も確認する必要があります。

Q4. 支配関係がない会社同士でも適格合併できますか？

共同で事業を行うための合併として、事業関連性、事業規模又は特定役員、従業者や事業の継続などの所定の要件を満たす場合には、適格合併に該当することがあります。

Q5. 適格合併なら繰越欠損金を引き継げますか？

適格合併では一定の要件を満たすと被合併法人の繰越欠損金を引き継げます。ただし、支配関係の継続期間やみなし共同事業要件等による制限があり、適格合併に該当することだけでは判断できません。

Q6. 組織再編の前に株式を移動しても問題ありませんか？

再編に先立つ株式譲渡や増資が直ちに問題になるわけではありません。ただし、譲渡価額、資本関係の変化、取引の一体性、事業目的などを確認する必要があります。

まとめ：適格要件と再編全体の課税関係を分けて確認する

適格組織再編では、所定の要件を満たすことにより税務上の帳簿価額による引継ぎ等が認められ、一定の譲渡損益に係る課税が繰り延べられます。

ただし、完全支配関係、支配関係、共同事業などの区分や組織再編の種類によって適格要件が異なります。

適格組織再編に該当しても、繰越欠損金、特定資産の損失制限、株主課税などは別途確認が必要です。経営上の目的と再編前後の資本・事業関係を整理し、総合的に判断することが重要です。

次回は、合併の仕組みについて、吸収合併と新設合併の違いや、会社・株主の課税関係を解説します。

引用・参考文献

• 法人税法（e-Gov法令検索）
• 法人税法施行令（e-Gov法令検索）
• 財務省「組織再編税制に関する資料」
• 国税庁「令和7年度法人税関係法令の改正の概要」
• 経済産業省「企業グループや組織再編に係る税制の整備」
• 経済産業省「『スピンオフ』の活用に関する手引」（令和8年5月改訂）
• 国税庁「組織再編税制における『移転資産に対する支配の継続性』及び『株主の投資の継続性』に関する一考察」

主な関連法令：法人税法第2条、第57条、第62条、第62条の2、第62条の3、第62条の7、第62条の9、第132条の2、法人税法施行令第4条の3、第112条等。

この記事を書いた人

市田佳祐（いちだ けいすけ）
税理士。市田税理士事務所代表（大阪市）。平成23年に大阪国税局入局後、令和5年6月まで国税職員として勤務し、同年8月に税理士登録（登録番号151935、近畿税理士会所属）。大阪国税局では資料調査課にて国際課税や富裕層に対する調査事務に従事したほか、総務課、個人課税課において税務行政に関する事務に従事。1級FP技能士。
共著に『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）、『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）に寄稿。

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