合併とは？｜吸収合併・新設合併の違いと会社法の手続・税務上の注意点を元国税調査官が解説

著者：市田佳祐（税理士・元国税調査官）

「グループ会社を1社にまとめたいが、合併にはどのような方法があるのか」
「100％子会社を吸収合併する場合、会社法上の手続は省略できるのか」
「合併によって会社の資産や繰越欠損金はどのように引き継がれるのか」

複数の会社を経営する場合、管理業務の効率化や事業の統合、事業承継などを目的として、合併を検討することがあります。

しかし、合併には吸収合併と新設合併があり、会社法上の手続や効力発生日が異なります。法人税では適格合併と非適格合併の判定が重要であり、会社だけでなく株主の税務や繰越欠損金の引継ぎも検討する必要があります。

私は大阪国税局で個人課税や富裕層に対する調査事務に従事した後、税理士として税務調査への対応や法人税務に関する相談に携わっています。

この記事では、合併の仕組み、会社法上の実施手続、法人税・消費税の取扱い、株主課税、実務上の注意点まで解説します。

結論：合併とは会社の権利義務を別の会社に包括承継させる制度

合併とは、複数の会社を1つの会社に統合する会社法上の制度です。消滅する会社の権利義務は、原則として存続会社又は新たに設立する会社に包括承継されます。

合併には、既存の会社を存続させる「吸収合併」と、新しい会社を設立する「新設合併」があります。

税務上は、吸収合併か新設合併かという区分だけで課税関係が決まるわけではありません。

適格合併に該当するか、合併対価として何を交付するか、繰越欠損金の引継制限があるかなどを確認する必要があります。

第1章 合併とは何か｜吸収合併と新設合併の違い

（1）吸収合併とは

吸収合併とは、会社が他の会社と合併し、消滅する会社の権利義務を既存の会社に承継させる制度です。

例えば、A社がB社を吸収合併すると、A社が存続し、B社は消滅します。B社が保有していた預金、不動産、売掛金などの資産や、借入金、買掛金などの負債は、原則としてA社に承継されます。

この場合、A社は「吸収合併存続会社」、B社は「吸収合併消滅会社」といいます。

同じ経営者が保有する2社の経理・総務を集約したい場合や、事業を1社にまとめたい場合などに検討されます。

（2）新設合併とは

新設合併とは、2社以上の会社が合併により消滅し、新たに設立する会社が、それらの会社の権利義務を承継する制度です。

例えば、A社とB社が新設合併を行いC社を設立すると、A社・B社は消滅し、C社が両社の権利義務を承継します。

吸収合併とは異なり、合併後の事業主体となる会社を新たに設立する点が特徴です。なお、新設合併で設立する会社は株式会社又は持分会社となる場合があります。

（3）合併と事業譲渡・会社分割の違い

例えば、飲食事業だけを別会社に移したいなら、会社分割や事業譲渡が選択肢となります。一方、2社を統合して一方を消滅させたい場合には合併が考えられます。

事業だけを移すのか、会社そのものを統合するのかによって、利用する制度が異なります。

合併以外の組織再編の手法を含む全体像は、組織再編とは？｜合併・会社分割・株式交換の違いと税務の基本を解説もあわせてご覧ください。

第2章 合併に関して税務上確認すべき主なポイント

合併の税務処理では、適格判定だけでなく、合併前後の資産・負債、株主構成の整合性なども確認します。

以下は法令上の要件と実務上の確認事項であり、国税当局が公表した重点調査項目ではありません。

（1）合併前後の株主構成

適格合併の判定では、合併直前の株主構成と合併後の資本関係等を確認する必要があります。

例えば、A社がB社を100％保有する場合と60％保有する場合では、適用する適格要件が異なります。同一の経営者が複数社を保有する場合も、直接・間接の持株関係や同一の者による支配関係を確認します。

合併直前に株式譲渡や増資が行われた場合には、資本関係が変化した経緯を整理することが重要です。

（2）移転資産の時価と税務上の帳簿価額

非適格合併では、消滅会社が保有する資産・負債について、原則として時価を基礎とした税務処理が問題となります。

例えば、長期間保有する土地について、税務上の帳簿価額と時価に大きな差がある場合です。適格合併では所定の帳簿価額による引継ぎが認められるため、税務簿価と評価資料の整理が必要です。

（3）繰越欠損金の引継ぎ

適格合併であっても、消滅会社の繰越欠損金を無条件に利用できるわけではありません。

当事法人間の支配関係が生じた時期や、みなし共同事業要件等によって、引継制限が問題となる場合があります。特に欠損金を有する会社を取得した後に合併する場合は、適格判定と欠損金引継判定を分けて確認します。

（4）合併の目的と一連の取引の実態

私が大阪国税局で調査事務に従事していた経験から言えば、複数の取引が連続する場合、個々の契約だけでなく取引全体の経緯を整理することが重要です。

例えば、合併前に株式を移動させ、合併後に主要事業を売却する予定がある場合には、各取引の目的や経済的実態を確認します。

もっとも、合併により税負担が軽減されることや、経営効率化のために会社を統合すること自体が直ちに問題になるわけではありません。

税務調査を受ける際の資料整理については、税務調査の準備も参考になります。

第3章 合併を行うための会社法上の手続

（1）合併契約の締結

吸収合併では、消滅会社と存続会社との間で合併契約を締結し、当事会社の商号・住所、交付する対価、効力発生日など、会社法上の所定事項を定めます。

新設合併では、合併契約に、新設会社の商号・目的・定款に関する事項や交付対価などを定めます。

実務上は、契約の作成前に合併比率や対価、財務状況等を確認します。

（2）株主総会の承認と省略できる場合

株式会社が合併する場合には、原則として株主総会の特別決議による承認が必要です。ただし、会社法上、略式合併や簡易合併によって所定の会社の株主総会承認を省略できる場合があります。

略式合併は一定の特別支配関係がある場合、簡易合併は合併対価等が一定の規模以下の場合などに認められる制度です。

例えば、親会社が100％子会社を吸収合併する場合、消滅会社である子会社については略式合併により株主総会の承認を省略できる場合があります。

また、存続会社である親会社についても、合併対価を交付しない場合などには、簡易合併の要件を満たすことがあります。

ただし、株主総会の承認を省略できる場合でも、債権者保護手続や登記が不要になるわけではありません。根拠となる主な規定は会社法第784条・第796条等です。

（3）債権者保護手続

合併では、消滅会社の債務が存続会社等に承継されるため、会社法に定める債権者保護手続が重要です。

株式会社の合併では、原則として公告や所定の債権者への個別催告等が必要です。債権者が異議を述べることのできる期間は、原則として1か月以上確保します。

所定の公告方法を併用することで個別催告を省略できる場合もあります。債権者から異議が述べられた場合には、原則として弁済、担保の提供等が必要ですが、債権者を害するおそれがない場合などには例外があります。

実施日を決める際には、こうした手続に必要な期間を考慮する必要があります。

（4）合併の効力発生日と登記

吸収合併では原則として、合併契約で定めた効力発生日に合併の効力が生じます。

一方、新設合併では新設会社の成立日、すなわち設立登記の日に効力が生じます。

この違いは、法人税の事業年度や申告対象期間を判断する際にも重要です。変更登記、解散登記、新設会社の設立登記など、商業登記法上の手続も必要です。

第4章 合併をした場合の法人税の取扱い

（1）適格合併では原則として帳簿価額を引き継ぐ

適格合併では法人税法第62条の2に基づき、原則として消滅会社の資産・負債を所定の帳簿価額で引き継ぎます。

例えば、消滅会社の土地の税務上の帳簿価額が2,000万円、時価が3,500万円の場合、1,500万円の含み益について合併時点での課税が原則として繰り延べられます。

含み益が消滅するわけではありません。存続会社が後日その土地を売却する場合には、引き継いだ税務上の帳簿価額を基礎として譲渡損益を計算します。

（2）非適格合併では原則として時価課税が問題となる

非適格合併では原則として、消滅会社から存続会社等へ資産・負債を時価で移転したものとして税務処理を行います。

土地の譲渡損益に限り、他の調整を考慮しなければ、次の譲渡益が生じます。

3,500万円（時価）－2,000万円（税務上の帳簿価額）＝1,500万円（譲渡益）

これは土地に限った単純な例です。実際には他の資産・負債、交付対価、資産調整勘定等が関係します。譲渡益1,500万円は所得計算の一要素であり、納税額そのものではありません。

（3）消滅会社の最終事業年度と法人税申告

消滅会社には、合併直前の最後の事業年度について税務申告が必要です。

例えば、3月決算のB社が、9月30日を効力発生日とする吸収合併によって消滅する場合、原則としてB社の最終事業年度は4月1日から9月29日までです。

この期間の所得を計算し、法人税等を申告します。合併により消滅会社がなくなるため、申告・納付に関する義務は関係法令に従って合併法人が承継します。

国税庁のe-Taxの案内では、合併法人が被合併法人の申告をする場合、合併法人の利用者識別番号を使用することとされています。

実務上は消滅会社の最終決算と法人税・地方税申告、納税手続の役割を合併前に整理することが重要です。

第5章 適格合併になるための主な要件

（1）完全支配関係がある法人間の合併

代表的な類型は、完全支配関係のある法人間の合併です。例えば、A社がB社株式を100％保有し、A社がB社を吸収合併する場合です。

この場合、完全支配関係に基づく適格合併が検討されます。ただし、100％子会社であることだけで適格判定が完結するわけではありません。

交付対価、合併後の関係、無対価合併に関する要件等を確認します。

（2）支配関係がある法人間の合併

発行済株式等の50％超を保有する関係などがある場合には、支配関係に基づく適格合併が検討されます。

この類型では、資本関係の継続だけでなく、従業者や事業の継続に関する要件も問題となります。例えば被合併法人の従業者のおおむね80％以上が、合併後も所定の業務に従事する見込みがあるかなどを確認します。

（3）共同事業を行うための合併

合併前に一定の資本関係がない会社同士でも、共同で事業を行うための適格合併に該当する場合があります。

この場合には、事業の関連性、事業規模又は特定役員に関する要件、従業者や事業の継続などを確認します。

また、一定の関係法人間の合併では金銭等が対価に含まれても、金銭等不交付要件の判定で例外として扱われる場合があります。持株割合だけでなく、合併の類型、対価、合併後の状況を確認する必要があります。

具体的な適格要件は、シリーズ第4回「適格合併の要件」で詳しく解説します。

適格・非適格の判定と課税繰延べの仕組みは、適格組織再編と非適格組織再編の違い｜課税繰延べと要件を税理士が解説もあわせてご覧ください。

第6章 合併による株主の課税関係

（1）法人側と株主側の課税は異なる

合併では消滅会社の資産・負債について法人税上の適格判定を行います。一方、株主については受領する対価に応じて、株式譲渡損益やみなし配当の取扱いを確認します。

非適格合併でも、株主が所定の株式のみを受領する場合には、株式譲渡損益の課税が繰り延べられることがあります。ただし、みなし配当の課税関係は別途問題となる場合があります。

（2）株式のみを受領する場合

合併によって消滅会社の株主が、合併法人又は所定の合併親法人の株式のみを受領する場合、旧株式の譲渡損益について課税繰延べが認められる仕組みがあります。

例えば、B社の株主がB社の吸収合併に伴いA社株式のみを受け取る場合には、譲渡損益の繰延要件、株式取得価額の引継ぎ、みなし配当の有無を確認します。

（3）金銭等を受領する場合

合併によって株主が金銭等を受領する場合には、株式譲渡所得やみなし配当が問題となることがあります。

みなし配当の計算には、交付を受けた金銭等の額だけでなく、交付の原因となった株式に対応する資本金等の額が関係します。受領額から株式の取得費を単純に差し引いた額が、そのままみなし配当になるわけではありません。

個人株主と法人株主でも取扱いが異なります。個人株主がM&Aにより株式を譲渡する場合の税務については、M&Aの売却益とミニマムタックスも参考になります。

第7章 合併と繰越欠損金・税務上の資本

（1）適格合併でも繰越欠損金を無条件には引き継げない

適格合併では、所定の要件を満たす場合に被合併法人の未処理欠損金額を引き継げます。ただし、適格合併に該当するだけで、繰越欠損金を制限なく利用できるわけではありません。

例えば、欠損金を有する会社を買収した後、比較的短期間で合併すると、法人税法第57条による制限が問題となる場合があります。合併法人自身が保有する繰越欠損金にも利用制限が問題となることがあります。

会社ごとの欠損金残高、発生事業年度、支配関係の発生時期、事業内容などを整理する必要があります。

（2）「共同事業要件」と「みなし共同事業要件」は異なる

適格合併を判定する「共同事業要件」と、繰越欠損金の引継制限に関する「みなし共同事業要件」は同一ではありません。

前者は共同で事業を行う合併が税制適格となるかを判定する要件です。後者は一定の適格合併の欠損金引継制限等を判定する際に問題となります。

後者では事業の関連性・規模に加え、支配関係の発生時からの事業規模の継続等について、別途検討が必要になる場合があります。

具体的な判断方法は第5回「合併と繰越欠損金」で解説します。

（3）資本金等の額と利益積立金額の取扱い

合併では、資産・負債のほか、税務上の資本金等の額や利益積立金額の取扱いも問題となります。

会計上の資本金・資本剰余金・利益剰余金と、税務上の資本金等の額・利益積立金額は異なる概念です。消滅会社の貸借対照表の純資産の部をそのまま合併法人の税務上の金額として引き継げるとは限りません。

適格合併か非適格合併かに応じた規定を確認し、合併前後の別表五（一）等で税務上の金額を整理する必要があります。

第8章 合併と消費税・その他の税金

（1）合併による包括承継は消費税の課税対象外

合併では消滅会社の資産・負債が包括承継されます。この包括承継は通常の資産売買と異なり、消費税法上の「資産の譲渡等」に該当しません。

したがって、消滅会社の建物や設備等を合併で承継すること自体について、通常の資産売買と同様に消費税が課されるわけではありません。

法人税上の適格・非適格の区分と、消費税上の包括承継の取扱いは別の問題です。 ただし、合併前後に行われる個別の資産売買や役務提供まで課税対象外になるわけではありません。

（2）合併後の消費税の納税義務には特例がある

合併による資産移転が消費税の課税対象外でも、合併後の消費税申告には注意が必要です。

消費税法第11条には合併があった場合の納税義務の免除の特例があります。例えば、存続会社の基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも、被合併法人の対応する期間の課税売上高等によって納税義務が免除されない場合があります。

新設合併についても被合併法人の売上高を考慮する特例があります。存続会社又は新設会社自身の売上高だけで判断しないことが重要です。

（3）登録免許税・不動産取得税の違い

合併に伴う会社登記や不動産の所有権移転登記には、登録免許税が問題となります。

一方、合併により不動産を取得した場合、地方税法第73条の7第2号により、不動産取得税は非課税とされています。 合併による承継と通常の売買による取得とでは、課税関係が異なります。

不動産取得税が非課税であっても、所有権移転登記についての登録免許税まで非課税になるわけではありません。両者を区別し、必要な登記・提出書類を確認します。

なお、合併による承継と、個人が自社へ不動産を売却する取引は別です。後者については自分の会社へ不動産を安く売るとどうなる？で解説しています。

（4）許認可・契約・従業員の承継

合併では消滅会社の権利義務が原則として包括承継されますが、許認可は個別法令により取扱いが異なり、当然に承継できるとは限りません。

借入契約や取引基本契約に、合併に関する通知・協議・承諾条項が設けられている場合もあります。従業員との雇用関係は原則として承継されますが、労働条件や社会保険等の手続について確認が必要です。

第9章 合併を検討する際の実務上の注意点

（1）合併の目的と存続会社を明確にする

管理部門の集約、事業承継、重複事業の整理など、まず合併の目的を明確にします。

どの会社を存続させるかは、商号・信用、契約・許認可、税務上の繰越欠損金などにも影響する場合があるため、会社規模だけで決めず、合併後の経営体制を踏まえて検討します。

（2）合併のスケジュールを整理する

合併契約、株主総会、債権者保護手続、効力発生、登記等の手続と、会計決算・税務申告を一つの工程表で整理する必要があります。

消滅会社と存続会社の決算期が異なる場合には、最終決算や申告の準備期間にも注意が必要です。

（3）合併前に確認すべき資料

（4）合併前後の税務処理を照合する

合併後は、消滅会社の最終申告と存続会社の税務処理が整合するか確認します。

適格合併なら税務簿価の引継ぎ、非適格合併なら時価を基礎とする税務処理を確認します。株主への対価、欠損金、資本金等の額・利益積立金額、消費税の納税義務等も整理します。

司法書士等の関係専門家と連携し、合併前から会社法・会計・税務を総合的に確認することが重要です。

よくある質問

Q1. 吸収合併と新設合併の違いは何ですか？

吸収合併は既存会社が存続し、消滅会社の権利義務を承継する方法です。新設合併は当事会社が消滅し、新設会社が権利義務を承継する方法です。

Q2. 100％子会社を吸収合併する場合、株主総会を省略できますか？

親会社が100％子会社を吸収合併する場合、子会社で略式合併、親会社で簡易合併の要件を満たし、株主総会の承認を省略できる場合があります。ただし、債権者保護手続や登記は別途必要です。

Q3. 合併した会社の借入金や契約はどうなりますか？

消滅会社の権利義務は原則として存続会社又は新設会社に包括承継されます。ただし、許認可や契約上の通知・協議・承諾等は個別の法令・契約条件を確認する必要があります。

Q4. 合併をすると法人税が発生しますか？

適格合併では原則として税務上の帳簿価額による引継ぎが認められ、一定の譲渡損益に対する課税が繰り延べられます。非適格合併では、原則として時価を基礎とした譲渡損益が問題となります。

Q5. 合併すれば消滅会社の繰越欠損金を引き継げますか？

適格合併で一定の要件を満たす場合には繰越欠損金を引き継げます。ただし、支配関係の継続期間やみなし共同事業要件等による制限があり、適格合併だけでは判断できません。

Q6. 合併によって資産を引き継ぐ際、消費税はかかりますか？

合併による資産・負債の包括承継自体は、消費税の課税対象となる資産の譲渡等には該当しません。ただし、合併後の消費税の納税義務には特例があるため、別途確認が必要です。

まとめ：合併は会社法上の手続と税務上の影響を分けて確認する

合併には吸収合併と新設合併があり、いずれも消滅会社の権利義務を包括承継する制度です。ただし、会社法上の手続や効力発生日、登記方法には違いがあります。

税務上は適格合併と非適格合併の区分が重要であり、譲渡損益、株主課税、繰越欠損金の引継ぎを別々に判定する必要があります。

合併による包括承継は消費税の課税対象外ですが、合併後の納税義務には別途特例があります。また、不動産取得税と登録免許税は異なる制度です。

実施前に、会社法・法人税・消費税・地方税の各論点を総合的に確認することが重要です。

次回は、適格合併の要件について、完全支配関係、支配関係、共同事業、合併対価などを詳しく解説します。

引用・参考文献

• 会社法（e-Gov法令検索）
• 商業登記法（e-Gov法令検索）
• 法人税法（e-Gov法令検索）
• 法人税法施行令（e-Gov法令検索）
• 地方税法（e-Gov法令検索）
• 財務省「組織再編税制に関する資料」
• 国税庁「タックスアンサー No.1536　株式等に係る譲渡所得等の収入金額とみなされる場合」
• 国税庁「タックスアンサー No.6531　新規開業又は法人の新規設立のとき」
• 国税庁「消費税基本通達 第1章第5節　納税義務の免除の特例」
• 国税庁「タックスアンサー No.6105　課税の対象」
• 国税庁e-Tax「吸収合併により法人が消滅した場合の申告方法」
• 国税庁「株式等に係る譲渡所得等の総収入金額の収入すべき時期」
• 京都府「不動産取得税」
• 公益財団法人日本税務研究センター「合併、分割による資産の移転は消費税の課税財産の譲渡となるか」

主な関連法令：会社法第748条から第756条、第783条、第784条、第789条、第795条、第796条、第799条等、法人税法第14条、第57条、第62条、第62条の2、第132条の2、消費税法第11条、地方税法第73条の7第2号等。

この記事を書いた人

市田佳祐（いちだ けいすけ）
税理士。市田税理士事務所代表（大阪市）。平成23年に大阪国税局入局後、令和5年6月まで国税職員として勤務し、同年8月に税理士登録（登録番号151935、近畿税理士会所属）。大阪国税局では資料調査課にて国際課税や富裕層に対する調査事務に従事したほか、総務課、個人課税課において税務行政に関する事務に従事。1級FP技能士。
共著に『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）、『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）に寄稿。

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