税務調査前に修正申告した方がいい？｜調査通知前・通知後・更正予知後で何が変わるか
市田佳祐著者：市田佳祐（税理士・元国税調査官）
「税務調査の連絡が来たが、今から修正申告した方がよいのか」
「調査の前に直せば、加算税は軽くなるのか」
「売上漏れがあり、重加算税まで心配している」
このような相談では、「税務調査前か後か」だけでは正確に判断できません。過少申告加算税を考えるうえでは、税務署から何を通知されたのか、さらに調査による更正を予知した段階に入っているかを分けて確認する必要があります。
私は大阪国税局で個人課税や富裕層に対する調査事務に従事した後、現在は税理士として税務調査対応にも力を入れています。この記事では、主として個人の申告所得税・復興特別所得税を想定し、期限内申告をしたものの税額が少なかったケースを中心に、修正申告の時期と過少申告加算税・重加算税の関係を整理します。
結論：重要なのは「調査通知前・通知後・更正予知後」の3段階
申告内容の誤りが明確であれば、一般論としては早い段階で正しく修正する方が、加算税の面では有利です。ただし、法律上の境界は単純な「実地調査の前か後か」ではありません。
大きく分けると、①調査通知前かつ更正予知前、②調査通知後かつ更正予知前、③調査が進み更正予知後、の3段階です。②では過少申告加算税が5％・一定部分10％、③では10％・一定部分15％となります。
さらに、隠蔽・仮装が認定される場合には、③の段階では過少申告加算税に代えて35％の重加算税が問題となります。一方、修正申告が更正予知前にされたと認められる限り、修正した部分は国税通則法第68条第1項の重加算税の対象から除かれます。
この記事でわかること
- 調査通知前・通知後・更正予知後で過少申告加算税がどう変わるか
- 「調査通知」と「事前通知」が別の概念である理由
- 実地調査が始まった後の修正申告をどう考えるか
- 修正申告と35％の重加算税の関係
- 税務調査の連絡を受けた直後に確認すべき事項
第1章 修正申告の時期で過少申告加算税はどう変わる？
まず前提として、この記事では期限内に申告書を提出したものの、売上漏れや経費の過大計上などによって納付税額が少なかったケースを中心に説明します。当初から申告していない場合や期限後申告の場合は、無申告加算税の制度が中心となり、税率も異なります。
（1）3段階を表で確認する
| 修正申告の時点 | 通常の過少申告 | 隠蔽・仮装が問題となる部分 |
|---|---|---|
| 調査通知前かつ更正予知前 | 原則として課されない | 更正予知前の自主修正部分は重加算税の対象外 |
| 調査通知後・更正予知前 | 5％／一定部分10％ | 更正予知前と認められる修正部分は重加算税の対象外 |
| 更正予知後 | 10％／一定部分15％ | 隠蔽・仮装が認定されれば35％ |
ここでいう「一定部分」とは、初回の修正申告であれば、新たに納付する税額が、期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える場合の、その超える部分を指します。既に同じ国税について修正申告又は更正がある場合には、今回の増差税額に累積増差税額を加えて判定し、今回の増差税額の範囲内で加重部分を計算します。修正申告によって納める本税や延滞税は、加算税とは別に検討します。
なお、調査通知後の提出であっても、当該調査について「更正決定等をすべきと認められない旨の通知」がされた後、又は調査結果に基づく修正申告・更正・賦課決定がされた後に、さらに修正申告書が提出された場合などは、国税庁の事務運営指針上、調査通知前に提出されたものとして扱われることがあります。これは限定的な取扱いであり、単に実地調査が終了しただけで直ちに該当するものではありません。
また、上の税率は過少申告加算税の基本的な率です。令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税では、調査で求められた帳簿を提示しない場合や、売上金額の記載が著しく不足している場合に、5％又は10％を加重する措置が別途設けられています。
（2）「調査通知前なら0％」とだけ覚えるのは危険
調査通知を受ける前でも、税務署が具体的な非違を指摘し、その調査によって更正されることを予知した後の修正申告であれば、10％・15％の過少申告加算税が問題となり得ます。無予告調査などでは特に、形式的な通知の有無だけで判断できません。
逆に、調査通知を受けた後でも、更正予知前であれば5％・10％の軽減された率が適用される仕組みです。税務調査の連絡を受けた時点で、修正する意味がなくなるわけではありません。
第2章 調査官が重点的に確認するポイント
調査前後に修正申告をした場合、調査官は「修正したから終わり」とは考えません。修正の内容と当初申告の誤りがどのように生じたのかを確認し、ほかの年分や項目にも同種の問題がないかを見ます。
（1）当初申告が誤った理由
単純な集計漏れなのか、売上の計上時期を誤ったのか、経費の判断を誤ったのか、それとも帳簿に載せていない取引があるのかで評価は変わります。修正申告書の数字だけではなく、誤りが生じた経緯を説明できるようにしておくことが重要です。
（2）他の年分にも同じ処理がないか
例えば、ある年の売上計上漏れを修正した場合、同じ取引先・同じ入金方法・同じ会計処理が他年にも続いていないかが確認対象になり得ます。1年分だけ先に修正すると、後から別年分の漏れが見つかることもあります。
（3）隠蔽・仮装に当たる事実があるか
重加算税では、税額が大きいかどうかよりも、課税の基礎となる事実を隠蔽・仮装したかが問題になります。二重帳簿、帳簿書類の改ざん、架空書類、所得を秘匿するための他人名義等の利用などの有無が確認されます。ただし、名義が異なるという事情だけで隠蔽・仮装と決まるものではなく、取引の実態や理由を含めて判断されます。
私が大阪国税局で調査事務に従事していた経験から言えば、修正申告を提出した事実だけではなく、「なぜ当初申告と修正申告で数字が変わったのか」を資料と説明の両面から整理しておくことが実務の分かれ目になります。
税務署からの連絡が調査ではなく行政指導の場合もあります。両者の違いについては、税務署から「お尋ね」が届いたらも参考にしてください。
第3章 「調査通知」と「事前通知」は何が違う？
この記事で特に区別したいのが「調査通知」と「事前通知」です。日常会話では税務署からの電話をまとめて「事前通知」と呼ぶことがありますが、加算税の法律関係では両者を分けて考える必要があります。
（1）調査通知は加算税の境界となる3事項
国税通則法第65条第6項の「調査通知」は、①実地の調査を行う旨、②調査対象となる税目、③調査対象となる期間の通知です。国税庁の税務調査手続に関するFAQでも、加算税との関係で「調査通知」を区別して説明しています。
調査通知は、過少申告加算税が0％の段階から5％・10％の段階へ移る重要な境界になります。税務代理権限証書で所定の同意をしている場合には、税務代理人に対する調査通知も法律上の通知に含まれます。
（2）事前通知は実地調査の詳細を知らせる手続
国税通則法第74条の9の事前通知では、実地調査を行う旨に加え、調査開始日時、場所、目的、対象税目、対象期間、対象となる帳簿書類などが通知されます。調査を受ける側が準備できるようにするための、より広い手続です。
| 項目 | 調査通知 | 事前通知 |
|---|---|---|
| 主な根拠 | 国税通則法第65条第6項 | 国税通則法第74条の9 |
| 主な内容 | 実地調査を行う旨・税目・期間 | 日時・場所・目的・税目・期間・帳簿書類等 |
| この記事での意味 | 加算税率の境界 | 実地調査手続のための通知 |
国税庁のタックスアンサー No.2026 は一般向けに「調査の事前通知の前・後」と説明していますが、国税通則法第65条第6項では「調査通知」が基準です。そのため、この記事では法律上の境界を説明する場面では「調査通知」という用語を使います。
実務では、調査通知の3事項と事前通知の詳細事項が同じ電話の中で続けて伝えられることもあります。連絡が何回あったかではなく、どの事項がいつ通知されたのかで整理するのが適切です。
（3）行政指導の連絡は「調査」とは別
税務署から修正を促す電話があっても、それが税務調査とは限りません。国税庁は、計算誤りや記載漏れなどについて自発的な見直しを求める「行政指導」と、課税標準や税額を認定するための「調査」を区別しています。
期限内申告をしている人が行政指導に基づいて自主的に修正申告をした場合、国税庁FAQでは過少申告加算税は課されないと説明されています。電話を受けたら、まず「調査なのか行政指導なのか」を確認することが重要です。
（4）事前通知なしで実地調査が始まる場合もある
実地調査では事前通知が原則ですが、事前通知をすると正確な課税標準等の把握が難しくなるおそれなどがある場合には、事前通知をしないことがあります。その場合でも、運用上は調査対象となる税目・課税期間や目的などを臨場後速やかに説明するとされています。
事前通知を受けたときの具体的な対応は、税務調査の事前通知が来たらで詳しく解説しています。
第4章 調査通知前に修正申告した場合
（1）更正予知前なら過少申告加算税は原則として課されない
期限内申告について、自分で誤りに気付き、調査通知前かつ更正予知前に修正申告をした場合、国税通則法第65条第6項により過少申告加算税は原則として課されません。本税と延滞税の問題は残りますが、加算税の差は大きくなり得ます。
そのため、売上漏れや経費の過大計上などが客観的に明らかになった場合には、税務署から連絡が来るまで待つのではなく、対象年分や関連項目を確認したうえで自主的に是正することを検討します。
（2）重加算税が心配な場合もタイミングは重要
国税通則法第68条第1項は、過少申告加算税に代えて35％の重加算税を課す規定ですが、更正予知前にされた修正申告は対象から除いています。したがって、隠蔽・仮装に関係する申告漏れでも、更正予知前に自主修正した部分については重加算税の対象外となるのが原則です。
ただし、自主修正した範囲に含まれていない別の不正事実が後の調査で確認された場合、その別の部分まで同じ扱いになるわけではありません。また、修正時点ですでに更正を予知していたと判断される場合は結論が変わります。
第5章 調査通知後・実地調査前に修正申告した場合
（1）更正予知前なら5％・10％
調査通知後であっても、調査による更正を予知する前に修正申告をした場合、過少申告加算税は5％です。新たに納付する税額が期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える場合、その超える部分は10％となります。
この段階は、「税務調査が決まったので、もう修正しても同じ」という状態ではありません。申告誤りが明確で、修正内容を正確に計算できるなら、実地調査が進んで更正予知後になる前に是正する意味があります。
（2）日程連絡だけで更正予知になるとは限らない
国税庁の申告所得税の事務運営指針では、臨場のための日時の連絡を行った段階で修正申告書が提出された場合は、原則として「更正があるべきことを予知してされたもの」には該当しないとしています。
一方、税務署が具体的な申告漏れを把握して質問や指摘をしている場合には、実地調査日前でも更正予知と評価される余地があります。「何月何日に電話があったか」だけではなく、電話や文書で何を伝えられたかを確認する必要があります。
第6章 実地調査開始後に修正申告した場合
（1）法律上の基準は「実地調査開始後」ではなく更正予知
実地調査が始まった瞬間に機械的に10％・15％へ切り替わる、と理解するのは正確ではありません。国税通則法第65条が問題にしているのは、調査があったことにより更正があるべきことを予知して修正したかどうかです。
ただし、国税庁の事務運営指針では、納税者への臨場調査、取引先への反面調査、申告内容を検討した上での非違事項の指摘などにより、納税者が調査の存在を了知した後の修正申告は、原則として更正予知に該当すると整理しています。
（2）更正予知後は10％・15％
更正予知後の修正申告では、過少申告加算税は10％となり、一定の加重部分は15％です。調査通知後・更正予知前の5％・10％と比べると負担が変わります。
このため、実地調査開始前に誤りが分かっている場合でも、数字を急いで提出するのではなく、修正対象の年分、収入、必要経費、消費税への影響などを一度整理し、正しい修正額を確認することが重要です。
第7章 修正申告しても重加算税35％になるのはどんな場合？
（1）申告が間違っていたことだけでは重加算税にはならない
重加算税には、課税標準や税額の計算の基礎となる事実を「隠蔽し、又は仮装」したことが必要です。単純な計算ミス、税法の解釈違い、通常の計上時期の誤りなどがあったという事情だけで、直ちに35％になるわけではありません。
国税庁の申告所得税の重加算税に関する事務運営指針では、二重帳簿、帳簿書類の破棄・隠匿、改ざん・偽造、虚偽書類の作成、所得を秘匿するための架空名義の取引や他人名義預金の取得などが隠蔽・仮装の例として挙げられています。一方、名義が異なるだけで直ちに隠蔽・仮装となるわけではなく、租税を免れる目的が明らかにない場合や正当な理由がある場合など、事実関係を踏まえて判断する必要があります。
（2）「売上漏れ＝重加算税」とも限らない
同じ事務運営指針では、例えば当年の収入を過少計上したものの翌年に繰り越して計上しているケースなどについて、通謀や書類の破棄・改ざん等によるものでなければ、帳簿書類の隠匿・虚偽記載等に該当しない例も示されています。
したがって、調査官から「重加算税の対象」と説明された場合でも、何が隠蔽・仮装と評価されているのか、いつ、誰が、どの資料をどのように処理したのかを具体的に確認する必要があります。
（3）35％が追加税額のすべてにかかるとは限らない
重加算税の計算対象は、隠蔽・仮装された事実に対応する税額です。修正項目の中に単純な申告誤りと不正事実に基づく部分が混在する場合、追加税額を区分して計算する必要があります。
なお、同じ税目について過去5年以内に重加算税等を課されたことがあるなど一定の場合には、重加算税に10ポイントが加重される制度もあります。本記事では通常の35％を中心に説明しています。
重加算税の判断基準や、税務署の主張にどう対応するかは、税務調査で「重加算税になる」と言われたらで詳しく解説しています。
第8章 調査結果の説明後は「修正申告するか」も検討する
（1）税務署は修正申告を勧奨することがある
実地調査の結果、更正等をすべき非違がある場合、調査担当者はその内容を説明し、原則として修正申告を勧奨します。しかし、修正申告の勧奨に応じるかどうかは納税者の判断です。
国税庁の税務調査手続FAQでは、修正申告の勧奨に応じなければ、調査結果に基づく更正等の処分が行われる一方、勧奨に応じなかったこと自体を理由に不利に取り扱うものではないと説明しています。
（2）修正申告そのものと加算税の賦課決定は別
修正申告によって納税者が自ら確定させた課税標準や本税額については、その修正申告自体を対象とする不服申立てはできません。過大であった場合には、一定期間内に更正の請求を行うことになります。
一方、修正申告後に税務署が行う過少申告加算税又は重加算税の賦課決定は別個の処分です。その賦課決定については不服申立てができます。したがって、本税の修正内容に納得して修正申告をした場合でも、重加算税の前提となる隠蔽・仮装の認定まで争えなくなるわけではありません。
第9章 税務調査の連絡が来たら、修正申告前に何を確認する？
（1）現在の段階を確認する
最初に確認したいのは、①調査通知が済んでいるか、②事前通知のどの事項を受けたか、③具体的な非違の指摘を受けているか、④実地調査や反面調査が始まっているかです。電話の着信日時と通知内容をメモしておくと整理しやすくなります。
（2）修正対象を1年だけで判断しない
一つの申告漏れが見つかった場合には、同じ処理が他年にもないか、所得税だけでなく消費税や源泉所得税に影響しないかも確認します。修正申告を何度も追加するより、事実関係を整理して対象範囲を確定してから提出する方が説明もしやすくなります。
（3）重加算税が問題になり得る事実を整理する
売上を帳簿に載せていなかった、所得を秘匿する目的で別名義口座を利用していた、架空の経費資料があるなどの場合には、単純な修正申告だけではなく、隠蔽・仮装の評価まで見据えて対応する必要があります。別名義口座への入金という事情だけで結論は決まらないため、経緯を後から作るのではなく、既存資料に沿って取引の実態と理由を整理します。
税務調査の連絡を受けてから調査終了までの全体の流れは、税務調査が来たら何をすべきかでも整理しています。
よくある質問
Q1. 税務署から電話が来た時点で、過少申告加算税は5％になりますか?
電話が来たという事実だけでは決まりません。加算税上の調査通知として、実地の調査を行う旨、対象税目、対象期間が通知されたかを確認する必要があります。また、具体的な非違の指摘などにより、すでに更正を予知した後であれば10％・15％が問題となり得ます。
Q2. 調査通知と事前通知は同じものですか?
同じではありません。調査通知は加算税制度上の境界となる通知で、実地の調査を行う旨、対象税目、対象期間が中心です。事前通知は国税通則法第74条の9に基づき、調査日時、場所、目的、対象帳簿書類なども知らせる、より広い手続です。
Q3. 調査通知後でも、実地調査前に修正する意味はありますか?
あります。調査通知後でも更正予知前の修正申告であれば、過少申告加算税は5％で、一定の加重部分は10％です。更正予知後の10％・15％とは率が異なります。ただし、修正内容を十分確認せずに急いで提出すると別の誤りが残る可能性があります。
Q4. 売上を意図的に申告していませんでした。実地調査前に修正すれば重加算税はかかりませんか?
更正予知前にされた修正申告と認められる限り、その自主修正部分は国税通則法第68条第1項の重加算税の対象から除かれます。ただし、意図的な申告漏れという事情だけで直ちに隠蔽・仮装となるわけではなく、帳簿からの除外、虚偽記載その他の外形的事実を含めて判断されます。また、すでに具体的な指摘等を受けて更正を予知していた場合や、修正に含めていない別の隠蔽・仮装が後で確認された場合は結論が変わります。
Q5. 実地調査が始まったら、その時点から重加算税35％になりますか?
実地調査が始まったことだけで35％になるわけではありません。重加算税には隠蔽・仮装が必要です。また、修正申告の時期については更正予知の有無が判断基準です。実地調査や具体的な指摘により更正を予知した後で、隠蔽・仮装が認定される部分に35％が問題となります。
Q6. 調査結果の説明を受けたら、修正申告に応じた方がよいですか?
指摘内容に納得できるかを確認して判断します。修正申告の勧奨に応じるかは納税者の判断で、応じない場合は税務署が更正等を行うことがあります。修正申告そのものを対象とする不服申立てはできませんが、修正申告後に行われる過少申告加算税や重加算税の賦課決定は別個の処分であり、その処分については不服申立てができます。
まとめ：修正申告は「税務調査前か後か」だけで判断しない
修正申告の加算税を考えるときは、調査通知前か、調査通知後・更正予知前か、更正予知後かを分けることが重要です。調査通知後でも更正予知前なら5％・10％の段階があり、実地調査開始後も法律上は更正予知の有無が判断基準となります。
重加算税についても、単に申告が間違っていたから35％になるのではありません。隠蔽・仮装の有無と、更正予知前に自主修正した部分かどうかを切り分けます。税務署から連絡を受けた場合は、通知内容と修正対象を整理してから対応することが大切です。
修正申告のタイミングや加算税を含め、税務調査への対応を整理したい方は、「大阪の税務調査に強い国税OB税理士」のページもあわせてご覧ください。
引用・参考文献
- e-Gov法令検索「国税通則法」 第65条（過少申告加算税）、第68条（重加算税）、第74条の9（納税義務者に対する調査の事前通知等）、第74条の11（調査の終了の際の手続）
- 国税庁 タックスアンサー No.2026「確定申告を間違えたとき」
- 国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」（令和8年7月改訂）
- 国税庁 タックスアンサー No.7210「不服申立てができる場合」
- 国税庁「申告所得税及び復興特別所得税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）」
- 国税庁「申告所得税及び復興特別所得税の重加算税の取扱いについて（事務運営指針）」
この記事を書いた人
市田佳祐（いちだ けいすけ）
税理士。市田税理士事務所代表（大阪市）。平成23年に大阪国税局入局後、令和5年6月まで国税職員として勤務し、同年8月に税理士登録（登録番号151935、近畿税理士会所属）。大阪国税局では資料調査課にて国際課税や富裕層に対する調査事務に従事したほか、総務課、個人課税課において税務行政に関する事務に従事。1級FP技能士。
共著に『税務調査の現場で役立つ！質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）、『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）に寄稿。
