税務調査が来たら何をすべきか——元国税調査官が初動対応から終了まで解説

著者：市田佳祐（税理士・元国税調査官）

「税務署から税務調査の電話が来た。最初に何をすればよいのか分からない」
「調査日までに、どの資料を確認しておけばよいのか不安」
「調査当日から終了まで、どのような流れで進むのか知りたい」

税務調査の連絡を受けたときに重要なのは、慌てて説明を始めることではありません。まず、その連絡が税務調査なのか行政指導なのかを確認し、調査であれば対象税目・対象期間・調査日時・場所などを正確に把握します。そのうえで、対象年分の申告書、帳簿、通帳、請求書などを確認し、申告内容を説明できる状態に整えていきます。

私は大阪国税局で個人課税や富裕層に対する調査事務に従事した後、現在は税理士として税務調査対応に力を入れています。この記事では、税務調査の連絡を受けた直後から、調査当日、調査終了までの全体像を順番に整理します。

結論：税務調査が来たら「連絡内容の確認→申告内容の点検→当日の対応→調査結果の確認」の順で進める

税務調査の連絡が来た場合、最初に確認したいのは、担当部署、担当者名、対象税目、対象期間、調査日時、調査場所、準備を求められた資料です。実地調査の事前通知であれば、これらを確認したうえで調査日までの準備を進めます。

次に、対象年分の申告書と帳簿・証拠資料を見直します。売上、経費、在庫、事業用口座、消費税などに気になる点があれば、調査当日を迎える前に事実関係と資料を整理します。顧問税理士がいない場合でも、税務調査の連絡を受けた後から税理士へ相談し、申告内容の確認や調査立会いを依頼することは可能です。

調査当日は、記憶が曖昧な事項を推測で答えず、確認が必要なことは資料を見てから回答します。調査の終盤で修正申告や重加算税を指摘された場合も、その場で結論を急がず、指摘内容と根拠を確認してから対応を判断します。

第1章 税務署から連絡が来たら、まず「調査か行政指導か」を確認する

（1）税務署からの連絡がすべて税務調査とは限らない

税務署から電話や書面が届いても、すべてが税務調査とは限りません。国税庁は、税務職員が調査または行政指導を行う場合、具体的な手続に入る前に、どちらに当たるのかを納税者へ明示する運用としています。

行政指導として申告内容の自主的な見直しを求める場合と、質問検査権に基づく税務調査では、その後の手続や加算税の取扱いが異なることがあります。連絡内容が分かりにくい場合は、「これは税務調査としての連絡でしょうか」と担当者へ確認して構いません。

（2）実地調査であれば通知内容をメモする

実地調査の事前通知を受けた場合は、税務署・部署・担当者名、対象税目、対象期間、調査開始日時、調査場所、対象となる帳簿書類などをメモします。調査日時について予定を確認したい場合は、その場で即答せず、確認後に回答することもできます。

事前通知を受けた直後の確認事項や日程調整については、税務調査の事前通知が来たらで詳しく解説しています。

なお、実地調査は原則として事前通知を行って実施されますが、国税通則法上、事前通知をすることで正確な事実の把握を困難にするおそれや、調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると認められる場合には、事前通知を行わずに調査が始まることもあります。事前通知がなかったという理由だけで違法な調査になるわけではありません。

（3）所得税では「調査等」の大部分が簡易な接触

国税庁が公表した令和6事務年度の所得税の調査等の状況では、実地調査と簡易な接触を合わせた件数は73万6千件でした。このうち実地調査は4万7千件、文書・電話・来署依頼などによる簡易な接触は68万9千件です。追徴税額は調査等全体で1,431億円、実地調査では1,132億円となっており、実地調査1件当たりの追徴税額は241万円でした。

したがって、「税務署から連絡が来た」という事実だけでは、実地調査なのか簡易な接触なのかは分かりません。まず連絡の性質を確認することが初動の基本です。

第2章 調査官が重点的に確認するポイント

実地調査では、申告書の数字だけでなく、その数字がどのような取引や資料に基づくものかを確認します。個人事業主を例にすると、主に次のような項目が確認されます。

（1）売上が漏れなく計上されているか

売上帳、請求書、通帳、現金出納帳、決済サービスの入金記録などを照合し、申告した売上と実際の取引が一致しているかを確認します。事業用口座以外への入金、現金売上、年末前後の入金などは、内容の説明を求められることがあります。

（2）必要経費に事業との関係があるか

領収書があるというだけでなく、その支出が事業のために必要だったかが確認されます。自宅家賃、車両費、通信費、飲食代など私生活との境界がある支出では、事業部分をどのような根拠で区分したのかが論点になります。

（3）申告書・帳簿・客観資料・本人の説明が整合しているか

税務調査では、一つの資料だけで結論を出すのではなく、複数の資料を照合して事実関係を確認します。帳簿の摘要、請求書、契約書、通帳、メール等の内容と本人の説明に食い違いがあれば、その理由を確認されます。

（4）所得税以外の税目に影響しないか

所得税の売上漏れが消費税にも影響する場合や、従業員・外注先への支払いについて源泉所得税が問題となる場合があります。事前通知では対象税目も確認し、所得税だけを見て準備を終えないことが重要です。

調査当日には、事業内容、売上の計上方法、現金や預金の管理、大きな経費の内容などについて質問されることがあります。事前に「自分の事業をどのように説明するか」を整理しておくと、当日の受け答えがしやすくなります。

第3章 調査当日までに申告書・帳簿・証拠資料を整理する

（1）対象年分の申告書を並べる

まず、対象年分の確定申告書、青色申告決算書または収支内訳書、消費税申告書などを準備します。複数年が対象であれば、売上、粗利益、主要経費、所得金額の増減を見て、数字が大きく変化している年を把握します。

（2）帳簿と元資料を確認する

総勘定元帳、売上帳、現金出納帳、請求書、領収書、預金通帳、クレジットカード明細、契約書などを、対象年分ごとに確認できる状態にします。税務署から具体的に準備を求められた資料があれば、それを優先します。

（3）申告内容に気になる点があれば先に事実関係を整理する

売上計上漏れ、私的経費、在庫、外注費、海外取引など、本人が気になっている事項がある場合は、調査当日に初めて考えるのではなく、関連資料を集めて事実関係を整理します。説明を作るのではなく、当時の資料から何が確認できるかを整理することが重要です。

調査当日に必要な資料や準備を一覧で確認したい方は、税務調査当日の持ち物・準備チェックリストをご覧ください。

（4）資料が見つからない場合は、現存する資料から整理する

古い年分の領収書や帳簿の一部が見つからないこともあります。その場合、当時存在しなかった領収書や契約書を作成するのではなく、銀行口座、クレジットカード明細、取引先から取得できる請求書、メール、販売サイトの履歴など、現在確認できる客観資料から取引を整理します。

後日作成した一覧表を調査で使用する場合も、当時作成した帳簿であるかのように扱うのではなく、どの資料を根拠に後から整理したものかを明確にしておきます。税務調査では、資料が不足していること自体よりも、存在しない資料をあるように装うことの方が大きな問題につながり得ます。

第4章 調査当日は「任意だから自由に拒否できる」と考えない

通常の税務調査は、査察調査のように裁判官の許可状に基づいて捜索・差押えを行う犯則調査とは異なります。一方で、税務職員には国税通則法等に基づく質問検査権があり、正当な理由なく質問への答弁や帳簿書類等の提示・提出を拒んだ場合などには罰則の対象となることがあります。

国税庁は、調査は社会通念上相当と認められる範囲で、納税者の理解と協力を得て行い、帳簿書類等の提示・提出を求める際にも、その必要性を説明し、理解と協力の下で承諾を得て行うとしています。

そのため、「任意調査だから何でも拒否できる」「調査官が求めたものは理由を確認せず何でも渡す」という両極端な理解は避けた方がよいでしょう。何のために必要な資料なのか分からない場合は、対象税目や対象期間との関係を確認したうえで対応します。

質問には、分かる範囲で正確に答える

数年前の取引について、その場で正確に思い出せないことはあります。記憶が曖昧な場合は、推測で断定するのではなく、「資料を確認して回答します」と伝えて確認してから答える方が適切です。

調査当日は、事業の概要から確認が始まることがある

実地調査では、いきなり個別の領収書だけを確認するとは限りません。事業内容、取引の流れ、売上の管理方法、従業員の状況、使用している銀行口座や会計ソフトなど、申告書の数字を理解するための前提事情から質問されることがあります。

その後、売上・仕入れ・経費などの帳簿や元資料を確認し、必要に応じて特定の取引について詳しい説明を求められます。調査初日のやり取りだけで全ての論点が決まるとは限らず、後日、追加資料の提出や回答を求められることもあります。

調査官が資料を預かる場合は、対象を確認する

税務調査では、必要がある場合に帳簿書類等の提出を求められ、税務署が一定期間預かることがあります。国税庁FAQでは、預かる必要がなくなった場合には速やかに返還することとされています。原本を提出する場合は、どの資料を預けたかを確認し、事業で必要な資料であれば写しを手元に残すなど、業務に支障が出ないよう整理しておくとよいでしょう。

第5章 質問応答記録書への署名を求められたら内容を確認する

税務調査では、重要な事実関係について、調査官が質問応答記録書を作成することがあります。質問応答記録書は、調査で確認した供述内容を記録する書面であり、その後の事実認定や課税判断の資料として用いられることがあります。

署名・押印を求められた場合は、記載された質問と回答が実際のやり取りや本人の認識と一致しているかを読みます。事実と異なる箇所や、意味が違って伝わる表現があれば、その場で確認・訂正を求めます。

質問応答記録書については論点が多いため、署名の意味や対応については、質問応答記録書とは？署名を求められたらで詳しく解説しています。

第6章 「重加算税になる」と言われても、要件を確認する

税務調査で申告漏れが見つかったからといって、それだけで重加算税になるわけではありません。重加算税では、課税標準等または税額等の計算の基礎となる事実について、隠蔽または仮装があったかが問題になります。

国税庁の事務運営指針では、二重帳簿の作成、帳簿書類の改ざん、虚偽の証憑書類の作成など、具体的な行為が例示されています。単なる計算ミスや、税法の解釈・経費性について見解が異なるだけのケースとは区別して検討する必要があります。

また、調査中に事実と異なる説明をしたり、当時存在しなかった資料を作成したりすると、もともとの申告内容とは別の問題を生じさせる可能性があります。調査前・調査中を通じて、客観資料と事実関係に沿って対応します。

重加算税を具体的に指摘されている方は、税務調査で「重加算税になる」と言われたらもあわせてご覧ください。

第7章 調査前・調査中に申告の誤りが分かった場合

調査の準備中や調査の途中で申告の誤りが判明した場合は、修正申告を検討することがあります。ただし、加算税を考えるうえでは単純に「調査日の前か後か」だけではなく、調査通知が行われた時点や、調査による更正等を予知した段階に入っているかなどを確認する必要があります。

また、売上の修正が消費税にも影響する、複数年に同じ誤りがあるなど、一つの論点が複数の申告へ波及することがあります。誤りを見つけたからといって一部分だけを急いで直すのではなく、対象年分・税目・税額への影響を整理します。

修正申告を検討する場合は、調査通知の時期、申告誤りの内容、対象税目、複数年への影響を確認し、調査前だから加算税が生じないと一律に考えないことが重要です。

第8章 税務調査の終了時は「指摘内容・金額・根拠」を確認する

（1）問題がない場合

調査の結果、更正決定等をすべきと認められない場合には、その旨が通知されます。

（2）申告内容に誤りがあると判断された場合

税務署が更正・決定等をすべきと認めた場合は、納税者に対して非違の内容、金額、理由などの調査結果が説明されます。そのうえで、納税者が指摘内容に納得する場合には修正申告を勧められることがあります。

（3）修正申告に応じるかは、指摘内容を確認して判断する

修正申告は納税者自身が行う申告です。調査官から勧められたという理由だけで、その場で提出を決める必要はありません。どの取引について、なぜ申告が誤っていると判断されたのか、その税額計算が妥当かを確認します。

修正申告を提出すると、その修正申告そのものについて通常の不服申立てをすることはできません。一方、税務署が更正処分を行った場合には、その処分に対する不服申立ての手続があります。両者の違いは、修正申告と更正処分の違いで整理しています。

（4）調査結果の説明を聞いたら、年分・税目・論点ごとに整理する

複数年の調査では、売上、経費、減価償却、消費税など複数の論点が同時に指摘されることがあります。調査結果の説明を受けたら、「何年分の」「どの税目について」「どの取引を」「どの理由で」修正するのかを分けて整理します。金額だけを見て判断すると、論点ごとの妥当性を確認しにくくなります。

特に、所得税の修正が住民税や国民健康保険料に影響する場合や、消費税・源泉所得税にも修正が必要となる場合は、国税の追徴額だけでなく、その後に生じる負担も含めて確認しておくことが実務上重要です。

第9章 税理士に相談するなら、調査日より前の方が確認できることが多い

税務調査は、税理士を付けず本人だけで受けることもできます。ただし、申告内容に気になる点がある、数年分の資料が整理できていない、重加算税や無申告が問題になりそう、海外取引があるなどの場合は、調査日前に税理士へ相談することで、対象年分と論点を整理しやすくなります。

税理士に依頼する場合は、税務署名・部署・担当者名、対象税目、対象期間、調査予定日を共有し、対象年分の申告書と主要資料を確認します。税務調査の連絡後からでも、税務代理権限証書を提出して調査対応を依頼することは可能です。

よくある質問

Q1. 税務署から税務調査の連絡が来たら、最初に何を確認すればよいですか？

まず、その連絡が税務調査なのか行政指導なのかを確認します。税務調査であれば、税務署・部署・担当者名、対象税目、対象期間、調査日時、調査場所、準備を求められた資料などを確認します。

Q2. 税務調査の日程は変更できますか？

合理的な理由がある場合は、調査担当者と日程変更を協議できます。仕事や家庭の予定、税理士との調整などが必要な場合は、調査を受ける意思を示したうえで具体的な候補日を伝えます。

Q3. 税務調査では帳簿や通帳を見せないといけませんか？

税務職員には質問検査権があり、調査に必要がある場合には帳簿書類等の提示・提出を求めることができます。正当な理由なく拒否した場合などには罰則の対象となることがあります。一方、国税庁は必要性を説明し、納税者の理解と協力の下で提示・提出を求める運用としています。

Q4. 質問にすぐ答えられないと不利になりますか？

数年前の取引などを正確に思い出せない場合は、推測で答えるより資料を確認してから回答する方が適切です。「確認して回答します」と伝え、通帳、請求書、契約書、メールなどを確認して事実に基づいて回答します。

Q5. 税務調査で重加算税になると言われたら、その場で認めるべきですか？

その場で結論を出す必要はありません。どの行為が隠蔽・仮装に当たると指摘されているのか、どの証拠に基づくのかを確認します。単なる申告誤りと隠蔽・仮装は区別して検討する必要があります。

Q6. 税務調査が始まってからでも税理士に依頼できますか？

依頼できます。事前通知後や調査開始後であっても、税理士に税務代理や調査対応を依頼することは可能です。ただし、調査日前に相談できれば、申告書や資料を確認し、論点を整理する時間を取りやすくなります。

まとめ：税務調査が来たら、段階ごとに確認すべきことを分けて対応する

税務調査の連絡が来たら、まず調査か行政指導かを確認し、実地調査であれば対象税目・対象期間・日時・場所などの通知内容を記録します。その後、対象年分の申告書、帳簿、通帳、請求書等を確認し、申告内容を客観資料で説明できる状態に整理します。

調査当日は、記憶が曖昧な事項を推測で答えず、必要に応じて資料を確認して回答します。質問応答記録書や重加算税、修正申告など重要な判断が必要な場面では、書面や指摘内容を確認してから対応することが重要です。

このページは税務調査全体の流れを整理した記事です。すでに事前通知が来ている、重加算税を指摘されている、修正申告を求められているなど、現在の段階が明確な場合は、それぞれの専門記事もあわせて確認してください。

大阪で税務調査の連絡が来てお困りの方は、「大阪の税務調査に強い国税OB税理士」のページもあわせてご覧ください。

引用・参考文献

• 国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」
• 国税庁「調査手続の実施に当たっての基本的な考え方等について（事務運営指針）」
• 国税庁「令和6事務年度における所得税及び消費税調査等の状況」
• 国税庁「申告所得税及び復興特別所得税の重加算税の取扱いについて（事務運営指針）」
• 市田佳祐ほか『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）
• 市田佳祐「所得税」『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）

この記事を書いた人

市田佳祐（いちだ けいすけ）
税理士。市田税理士事務所代表（大阪市）。平成23年に大阪国税局入局後、令和5年6月まで国税職員として勤務し、同年8月に税理士登録（登録番号151935、近畿税理士会所属）。大阪国税局では資料調査課にて国際課税や富裕層に対する調査事務に従事したほか、総務課、個人課税課において税務行政に関する事務に従事。1級FP技能士。
共著に『質問応答記録書のポイントと税理士の対応策』（税務研究会出版局、2025年12月）、『税務弘報』2026年3月号（中央経済社）に寄稿。

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